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- PDB-4rsm: Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from myc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rsm
タイトルCrystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol
要素Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SUGAR TRANSPORTER / ABC-TYPE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / STRUCTURAL GENOMICS / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate utilization / cellular response to carbohydrate stimulus / carbohydrate transport / carbohydrate binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-Threitol / D-threitol-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Hillerich, B. / Siedel, R.D. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: A General Strategy for the Discovery of Metabolic Pathways: d-Threitol, l-Threitol, and Erythritol Utilization in Mycobacterium smegmatis.
著者: Huang, H. / Carter, M.S. / Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.
履歴
登録2014年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Structure summary
改定 1.22015年6月10日Group: Non-polymer description
改定 1.32016年6月1日Group: Database references
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
B: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
C: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
D: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,8758
ポリマ－137,3864
非ポリマー4884
水16,033890
1
A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4692
ポリマ－34,3471
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4692
ポリマ－34,3471
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4692
ポリマ－34,3471
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4692
ポリマ－34,3471
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.723, 128.288, 66.579
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.99407, 0.000145, -0.108743), (-0.003984, -0.999376, 0.035087), (-0.108671, 0.035312, 0.99345)93.85368, 47.56119, 37.13964
3given(0.022406, 0.023505, -0.999473), (-0.004322, 0.999717, 0.023414), (0.99974, 0.003795, 0.022501)123.75078, -33.44855, 5.23508
4given(0.065067, -0.027769, -0.997495), (-0.038663, -0.998932, 0.025287), (-0.997132, 0.036921, -0.066071)89.74874, 17.05028, 98.869

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要素

#1: タンパク質
Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator / Sugar-binding transcriptional regulator / LacI family protein


分子量: 34346.574 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-349 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_3599, MSMEI_3516 / プラスミド: pet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QYB5
#2: 化合物
ChemComp-3VB / D-Threitol / トレイト-ル


分子量: 122.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 890 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.82 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PROTEIN (10 MM HEPES PH 7.5, 5 MM DTT, 10 MM D-THREITOL), RESERVOIR: 0.1 M CITRIC ACID:NAOH, PH 4.0, 25% PEG3350, CRYOPROTECTION: RESERVOIR SOLUTION, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 126794 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.948 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21738 3974 3 %RANDOM
Rwork0.17678 ---
obs0.17805 126794 94.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.245 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å2-0 Å2-0.5 Å2
2---2.63 Å2-0 Å2
3---1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9270 0 32 890 10192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0199514
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.97212927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.948321427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.01251284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.08327.213409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56151641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3141531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2460.21514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021896
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7181.5635061
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7181.5635060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0792.6116328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0792.6116329
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.5122.1394453
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.5122.1394453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.8393.2596586
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.3628.23411517
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.4397.76111082
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 270 -
Rwork0.228 8918 -
obs--90.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05930.1355-0.05441.6231-0.51490.9011-0.05080.07650.00220.0062-0.0387-0.1931-0.08610.05340.08950.0142-0.0052-0.00220.09210.00840.028563.749413.828949.3812
22.7497-0.21361.06531.9333-0.13551.93450.11450.02490.0376-0.1174-0.02560.25760.0221-0.2086-0.08890.01750.01710.00040.14590.02410.065928.609134.223414.3456
30.6108-0.3014-0.07592.4501-0.05991.0190.03850.08980.0042-0.4279-0.0490.2177-0.0012-0.04450.01050.08080.0123-0.0330.0927-0.00450.029342.570446.042762.0997
40.8592-0.45390.22521.89460.03741.3420.01560.0968-0.0727-0.1865-0.0092-0.03340.13720.0558-0.00650.0417-0.00630.01510.1271-0.00740.019847.75682.070929.0194
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2B33 - 325
3X-RAY DIFFRACTION3C33 - 324
4X-RAY DIFFRACTION4D34 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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