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- PDB-4rrx: Crystal Structure of Apo Murine V89W Cyclooxygenase-2 Complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rrx
タイトルCrystal Structure of Apo Murine V89W Cyclooxygenase-2 Complexed with Lumiracoxib
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / NSAID / protein-drug complex / prostaglandin-endoperoxide synthase / glycosylation / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / positive regulation of fibroblast growth factor production ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / prostanoid biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / cyclooxygenase pathway / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of fever generation / positive regulation of smooth muscle contraction / response to selenium ion / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / prostaglandin secretion / positive regulation of synaptic plasticity / cellular response to fluid shear stress / response to nematode / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of smooth muscle contraction / nuclear inner membrane / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / bone mineralization / maintenance of blood-brain barrier / decidualization / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of cell cycle / nuclear outer membrane / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / keratinocyte differentiation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to cytokine / embryo implantation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / brown fat cell differentiation / learning / peroxidase activity / positive regulation of protein import into nucleus / caveola / regulation of blood pressure / memory / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / angiogenesis / response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LUR / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Xu, S. / Blobaum, A.L. / Banerjee, S. / Marnett, L.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Action at a Distance: MUTATIONS OF PERIPHERAL RESIDUES TRANSFORM RAPID REVERSIBLE INHIBITORS TO SLOW, TIGHT BINDERS OF CYCLOOXYGENASE-2.
著者: Blobaum, A.L. / Xu, S. / Rowlinson, S.W. / Duggan, K.C. / Banerjee, S. / Kudalkar, S.N. / Birmingham, W.R. / Ghebreselasie, K. / Marnett, L.J.
履歴
登録2014年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,74512
ポリマ－134,8402
非ポリマー2,90610
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8520 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area42600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.985, 132.433, 120.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGH synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / TIS10 protein


分子量: 67419.789 Da / 分子数: 2 / 変異: V89W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): baculovirus
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 3種, 8分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 2種, 215分子

#5: 化合物 ChemComp-LUR / {2-[(2-chloro-6-fluorophenyl)amino]-5-methylphenyl}acetic acid / Lumiracoxib


分子量: 293.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13ClFNO2 / コメント: 抗炎症剤, 阻害剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM EPPS pH 8.0, 20~25% PEG MME 550, 80~120 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→45.25 Å / Num. all: 36548 / Num. obs: 36512 / % possible obs: 98.99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 49.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141
反射 シェル解像度: 2.78→2.88 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 3360 / % possible all: 92.59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NT1

3nt1


解像度: 2.78→45.246 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2773 1091 3 %RANDOM
Rwork0.2486 ---
all0.2498 36512 --
obs0.2495 36346 98.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→45.246 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8962 0 192 213 9367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65312872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8913506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031660
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7802-2.90670.36811280.33214129X-RAY DIFFRACTION94
2.9067-3.05990.37661350.31334388X-RAY DIFFRACTION100
3.0599-3.25160.29671380.29564423X-RAY DIFFRACTION100
3.2516-3.50260.31021360.27554391X-RAY DIFFRACTION100
3.5026-3.85490.25321360.24374441X-RAY DIFFRACTION100
3.8549-4.41230.28041370.22544435X-RAY DIFFRACTION100
4.4123-5.55740.21411390.21534472X-RAY DIFFRACTION100
5.5574-45.25220.27451420.22774576X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.06310.31621.96511.74791.01644.0928-0.49010.80030.29920.1550.14920.9492-1.0390.6712-0.16130.39760.0614-0.03760.5406-0.0011.046330.2647-61.4217-34.905
21.6242-0.9766-1.62840.82030.51092.5315-0.34710.779-0.50840.9341-0.53560.58641.109-0.8049-0.18040.7124-0.03750.07140.5331-0.15340.802436.2252-65.3348-40.4988
31.933-1.4572-1.43361.31270.75271.7211-0.6013-0.3317-0.0460.53460.16491.14680.70030.0109-0.04790.739-0.1518-0.15460.4970.04560.801934.5345-68.4595-24.5872
41.9092-1.4575-1.16661.32341.41431.3039-0.5457-0.1772-0.2835-0.460.93641.14060.15210.34090.02351.0697-0.21550.00520.72510.21830.998525.7512-62.4441-11.4683
53.31831.1916-0.22221.52131.24941.62780.4124-0.38920.20090.4671-0.21740.0707-0.725-0.1206-0.35850.7901-0.1050.06240.64690.22240.649724.7568-46.84931.0745
62.8181.12930.95552.10751.23443.25480.52520.466-0.92011.1394-0.0638-0.69810.1937-0.9721-0.4980.6721-0.12520.05480.5240.10491.325332.755-50.8012-12.5038
71.59120.1144-0.74060.7934-0.22261.3669-0.04080.1611-0.15110.3488-0.3749-0.02130.1433-0.20670.25060.3805-0.0381-0.01460.4147-0.03820.380238.5674-46.9436-33.3728
81.6696-0.4031-0.70731.4469-0.4581.0477-0.02210.6902-0.3733-0.57530.1836-0.0161-0.1560.0153-0.04670.61780.0057-0.12660.6019-0.07540.591315.5154-48.4167-40.3605
91.88930.1631.88081.54960.10032.0045-0.5752-0.2375-0.24810.1540.00430.496-0.037-0.69890.01180.46940.01810.06940.8304-0.03010.4527.0091-34.9403-19.3195
103.1033-1.02640.15230.25390.87892.4389-0.10350.48860.0663-0.3874-0.06760.0555-0.236-0.3885-0.09030.4340.0528-0.0210.41-0.02780.512532.0858-29.6776-25.4678
113.1552-0.83670.8081.5464-0.39881.50520.12430.2720.9201-0.0413-0.2198-0.2684-0.3216-0.1420.27390.5730.0857-0.03960.3841-0.04350.422837.8299-11.5091-19.9113
123.6146-0.03790.83252.1199-1.02212.104-0.38830.14590.5732-0.7386-0.14870.0575-0.5764-0.27070.25390.72390.0532-0.2480.51260.00820.694831.4466-12.8901-32.6296
134.0563-0.45541.10792.6614-0.53541.8323-0.4983-0.24441.0257-0.96131.0976-0.9865-0.2134-0.25090.21560.4894-0.032-0.03740.4643-0.10930.787128.9863-14.4206-28.2571
141.05220.0692-0.28211.8026-0.80350.1832-0.0374-0.21680.18940.02780.00420.1111-0.1194-0.07720.03020.42890.04820.00210.4397-0.02540.371136.8629-22.6721-11.5419
151.7770.31770.47251.0285-0.04861.4515-0.6485-1.8056-0.30480.260.198-0.03090.7220.01770.08370.68120.00750.10990.59620.04440.51930.8709-41.6043-4.2238
162.303-0.0929-1.0804-0.03480.73931.4636-0.1538-0.3645-0.01870.0530.01710.1140.2934-0.44080.09470.4493-0.01660.03840.27320.03380.552631.7078-41.3057-20.8858
172.36851.67040.74664.2411-1.60712.7159-0.0539-0.07950.5116-0.16410.31370.7792-0.1861-0.6843-0.24320.49220.1319-0.07980.7538-0.05040.655614.4691-17.1129-19.7454
182.48110.4925-0.55912.0867-0.5351.9315-0.10880.1068-0.2819-0.31220.08250.24340.1928-0.32540.00070.4547-0.0679-0.08590.52110.04210.576814.7936-47.1706-29.2357
192.38770.63150.34791.12660.48951.59130.0042-0.32590.0368-0.0081-0.03420.1590.0066-0.06090.06010.43390.0579-0.02150.39640.02210.385132.2701-33.5199-9.8037
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380.79750.5870.52091.8041-0.06251.75031.02480.7518-1.06780.4089-0.5473-1.1710.14310.44860.24150.5045-0.0551-0.08191.3013-0.18430.861190.0593-35.6473-13.2182
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 33:45)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 46:56)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 57:74)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 75:89)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 90:114)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 115:123)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 124:156)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 157:183)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 184:193)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 194:239)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 240:266)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 267:278)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 279:292)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 293:352)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 353:366)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 367:391)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 392:429)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 430:511)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 512:578)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 579:583)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 33:52)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 53:70)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 71:81)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 82:92)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 93:110)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 111:122)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 123:160)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 161:186)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 187:212)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 213:222)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain B and resid 223:267)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain B and resid 268:278)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain B and resid 279:364)
34X-RAY DIFFRACTION34(chain B and resid 365:394)
35X-RAY DIFFRACTION35(chain B and resid 395:407)
36X-RAY DIFFRACTION36(chain B and resid 408:430)
37X-RAY DIFFRACTION37(chain B and resid 431:482)
38X-RAY DIFFRACTION38(chain B and resid 483:493)
39X-RAY DIFFRACTION39(chain B and resid 494:578)
40X-RAY DIFFRACTION40(chain B and resid 579:583)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る