PDB-4rlb: Crystal structure of Acinetobacter baumannii CarO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rlb

タイトル

Crystal structure of Acinetobacter baumannii CarO2

要素

Carbapenem-associated resistance protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / beta-barrel

機能・相同性

Porin - #170 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta / Carbapenem-associated resistance protein

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Zahn, M. / Basle, A. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Small-Molecule Transport by CarO, an Abundant Eight-Stranded beta-Barrel Outer Membrane Protein from Acinetobacter baumannii.
著者: Zahn, M. / D'Agostino, T. / Eren, E. / Basle, A. / Ceccarelli, M. / van den Berg, B.

履歴

登録	2014年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rlb.cif.gz	174.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rlb.ent.gz	140.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rlb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rlb_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rlb_full_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示
XML形式データ	4rlb_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	4rlb_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/4rlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/4rlb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rl9C 4rlcC 4fuv C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4eia-d 4bxv-d 6mky-2 1mel-1 6mky-1 1mel-2 4cri-d 6vbf-1 3rsw-d 6ont-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbapenem-associated resistance protein

B: Carbapenem-associated resistance protein

55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbapenem-associated resistance protein

登録者が定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carbapenem-associated resistance protein

登録者が定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.602, 139.602, 138.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 14 - 226 / Label seq-ID: 41 - 253

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Carbapenem-associated resistance protein 分子量: 27619.365 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-247 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: carO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5DL42

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.19 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 63% MPD, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月23日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→120.899 Å / Num. obs: 22490 / % possible obs: 99.9 %
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
XDS	/ XSCALE	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→60 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 17.183 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22823	1071	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19022	-	-	-
obs	0.19203	21380	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.427 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	0.45 Å²	0 Å²
2-	-	0.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→60 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3240	0	0	0	3240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.02	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	3002
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.796	1.933	4524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.194	3	6880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.86	5	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.945	25.375	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.841	15	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.802	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	808
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.814	4.416	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.808	4.414	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.243	6.628	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.243	6.63	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.435	5.042	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.435	5.042	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.82	7.374	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.289	37.839	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.288	37.847	3651
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10349 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	75	-
R_work	0.283	1533	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9311	-0.3802	-0.325	2.777	-1.2576	3.0709	0.1527	-0.1704	0.1092	-0.1582	0.0331	0.1377	-0.0968	0.14	-0.1859	0.0631	0.0102	0.047	0.1381	-0.0385	0.1255	-30.0928	-46.5495	6.711
2	1.6432	-3.3456	-2.362	8.0609	7.6776	10.3713	-0.1563	0.1142	-0.3411	0.2002	-0.0554	0.6674	0.0276	0.213	0.2117	0.0389	-0.0114	0.007	0.1478	0.0328	0.2031	-15.5959	-70.0169	-5.2709
3	1.4433	-1.3613	-0.5942	1.326	0.4104	1.1528	0.0279	-0.214	-0.0813	-0.0457	0.2354	0.1282	-0.1203	0.106	-0.2633	0.119	-0.0496	0.0621	0.1642	0.046	0.2297	-20.9872	-53.8293	-3.5383
4	1.4443	-0.6394	-0.4221	1.5838	0.7167	0.3529	0.0553	-0.2474	0.3269	-0.3213	0.1696	-0.3785	-0.1347	0.0533	-0.2249	0.1896	0.023	0.0741	0.2301	0.0327	0.1753	-11.8081	-58.9389	-6.8733
5	5.5334	-1.0299	-2.4652	0.8161	0.4659	1.4149	0.3057	0.2047	0.1149	-0.0851	-0.098	-0.1176	-0.2301	-0.0437	-0.2077	0.0797	0.012	0.0613	0.0802	-0.0229	0.0977	-11.9377	-54.602	-5.4182
6	3.0846	0.4303	0.5504	0.2775	0.2598	1.5291	0.0193	-0.2911	-0.1121	0.0781	-0.019	0.0069	-0.1608	-0.3643	-0.0003	0.0869	0.0277	-0.0205	0.184	0.059	0.107	-45.6927	-70.3491	-48.759
7	7.169	0.4913	4.5766	0.0703	0.2465	3.1777	-0.0818	-0.2168	0.317	0.0473	0.0079	0.0376	-0.0557	-0.2023	0.0739	0.1626	0.0146	-0.0734	0.0255	0.0227	0.1222	-21.0143	-70.8766	-38.9051
8	2.707	-0.6432	0.9422	0.2104	-0.4143	1.2278	0.2825	-0.2967	-0.0271	-0.0247	0.0539	0.0409	0.0863	-0.205	-0.3364	0.1738	-0.0652	-0.0795	0.1659	0.1078	0.1965	-29.1301	-75.2	-36.0706
9	2.8565	-2.4626	0.9014	6.8463	-0.0361	1.9102	0.1049	-0.335	-0.1205	0.5196	0.0301	0.6077	0.1352	-0.5371	-0.135	0.0856	-0.0523	0.0407	0.2387	0.1099	0.2312	-44.8459	-71.3491	-41.778
10	3.0535	-0.6776	1.3651	0.8447	-0.4525	0.9708	0.3793	-0.422	-0.4789	-0.0659	-0.028	0.1133	0.1666	-0.2351	-0.3512	0.1126	-0.0598	-0.0811	0.1266	0.0949	0.138	-26.6664	-79.9777	-36.7959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	69 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	122 - 196
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	197 - 226
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	14 - 54
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	55 - 76
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	77 - 142
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	143 - 160
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	161 - 226

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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