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- PDB-4rlc: Crystal structure of the N-terminal beta-barrel domain of Pseudom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rlc
タイトルCrystal structure of the N-terminal beta-barrel domain of Pseudomonas aeruginosa OprF
要素Outer membrane porin F
キーワードTRANSPORT PROTEIN / outer membrane protein / beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion of symbiont to host / complement component C3b binding / outer membrane / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / regulation of cell shape / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Outer membrane porin F, N-terminal / OprF membrane domain / TSP type-3 repeat / Porin - #20 / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily ...Outer membrane porin F, N-terminal / OprF membrane domain / TSP type-3 repeat / Porin - #20 / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zahn, M. / Basle, A. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Small-Molecule Transport by CarO, an Abundant Eight-Stranded beta-Barrel Outer Membrane Protein from Acinetobacter baumannii.
著者: Zahn, M. / D'Agostino, T. / Eren, E. / Basle, A. / Ceccarelli, M. / van den Berg, B.
履歴
登録2014年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane porin F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6998
ポリマ－19,5541
非ポリマー2,1457
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.009, 26.779, 54.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.79, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane porin F


分子量: 19553.502 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 25-184) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: oprF, PA1777 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13794
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.76 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 33% PEG200, 0.2 M ammonium sulfate, 0.02 M sodium chloride, 0.02 M sodium citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月7日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→54.612 Å / Num. obs: 20209 / % possible obs: 99.6 %
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XDS/ XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→54.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.231 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22879 1022 5.1 %RANDOM
Rwork0.18853 ---
obs0.19065 19182 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.718 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.12 Å20 Å2-0.42 Å2
2--4.6 Å20 Å2
3----2.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→54.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1045 0 87 29 1161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191157
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.041.9841526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80232544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2475133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63724.64356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35815160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.827153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9291.611541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9271.611540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8392.374671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8382.375672
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0212.662616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0182.664617
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1843.61856
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.13515.4681114
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.13315.491115
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 81 -
Rwork0.301 1371 -
obs--99.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4408-0.0565-0.61680.3329-0.15050.9470.0138-0.0228-0.0815-0.0368-0.02740.0461-0.0095-0.13870.01350.09540.01010.0010.0484-0.01170.141510.80782.383527.1627
27.0276-1.2071-2.01020.20740.35758.14630.06040.5701-0.1616-0.0092-0.09810.02810.0866-0.18490.03770.0185-0.00390.0070.0576-0.02380.015211.67642.589310.0426
31.83340.1167-0.21670.258-0.24580.2422-0.02450.1115-0.1917-0.01520.04530.02990.0272-0.0499-0.02080.0775-0.0078-0.00630.0146-0.01460.09987.408-1.883326.6947
42.721-0.8022-4.42051.3021.19377.21740.0799-0.10910.1041-0.01290.0821-0.1533-0.10180.1405-0.16210.0424-0.015-0.00530.1606-0.00530.01955.10352.6862-1.8498
52.4155-0.101-0.05370.3693-0.12440.04630.0032-0.0025-0.2218-0.0007-0.0272-0.0736-0.00790.00780.0240.09590.00380.01320.0104-0.00660.131611.0905-3.402824.5189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2A46 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3A69 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4A100 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5A110 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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