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- PDB-6ont: Structure of the Francisella response regulator 1452 receiver domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ont
タイトルStructure of the Francisella response regulator 1452 receiver domain
要素Two-component response regulator 1452 receiver
キーワードTRANSCRIPTION / response regulator / transcription regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Two-component response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å
データ登録者Milton, M.E. / Cavanagh, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 GM055769 米国
Other private 米国
引用ジャーナル: Front Cell Infect Microbiol / 年: 2020
タイトル: Francisella novicidaTwo-Component System Response Regulator BfpR Modulates iglC Gene Expression, Antimicrobial Peptide Resistance, and Biofilm Production.
著者: Dean, S.N. / Milton, M.E. / Cavanagh, J. / van Hoek, M.L.
履歴
登録2019年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-component response regulator 1452 receiver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0615
ポリマ－14,9391
非ポリマー1224
水1,53185
1
A: Two-component response regulator 1452 receiver
ヘテロ分子

A: Two-component response regulator 1452 receiver
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: ASU contains one monomer of the dimer. The dimer interface is clearly visible in symmetry mates. Similar response regulator receiver domain structures clearly contain homodimer in the ASU.
  • 30.1 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,12110
ポリマ－29,8782
非ポリマー2438
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation27_555-x+1/2,y,-z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.726, 128.726, 128.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-362-

HOH

21A-386-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Two-component response regulator 1452 receiver


分子量: 14939.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. novicida (strain U112) (バクテリア)
株: U112 / 遺伝子: FTN_1452 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0Q7V5
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Calcium Chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 28% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 17102 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 24.7 % / CC1/2: 0.083 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 83.425
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.205 / Num. unique all: 849 / CC1/2: 0.502 / Rsym value: 0.74 / % possible all: 99.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UIC

5uic


解像度: 1.803→45.512 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2019 1711 10 %
Rwork0.1824 --
obs0.1844 17102 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.803→45.512 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数969 0 4 87 1060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7821329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.691374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051160
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005166
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8032-1.85630.251400.24831268X-RAY DIFFRACTION100
1.8563-1.91620.22341410.2181254X-RAY DIFFRACTION100
1.9162-1.98470.21731380.18881242X-RAY DIFFRACTION100
1.9847-2.06420.20521400.17551272X-RAY DIFFRACTION100
2.0642-2.15810.19951400.17361259X-RAY DIFFRACTION100
2.1581-2.27190.20381410.18341259X-RAY DIFFRACTION100
2.2719-2.41420.18741400.18531267X-RAY DIFFRACTION100
2.4142-2.60060.24471420.18251273X-RAY DIFFRACTION100
2.6006-2.86230.20541430.19091291X-RAY DIFFRACTION100
2.8623-3.27630.18161440.19411297X-RAY DIFFRACTION100
3.2763-4.12740.17371460.17771310X-RAY DIFFRACTION100
4.1274-45.5260.21811560.17391399X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.9365 Å / Origin y: -13.0268 Å / Origin z: -3.286 Å
111213212223313233
T0.2881 Å20.011 Å2-0.082 Å2-0.2608 Å20.0603 Å2--0.2447 Å2
L2.7539 °20.5023 °2-0.1889 °2-1.5529 °2-0.2791 °2--3.5401 °2
S-0.0835 Å °0.1836 Å °0.2374 Å °-0.0576 Å °0.1431 Å °0.0733 Å °-0.039 Å °-0.1994 Å °-0.0199 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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