PDB-3c73: Structure of CEHC variant ResA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c73

タイトル

Structure of CEHC variant ResA

要素

Thiol-disulfide oxidoreductase resA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin-like fold / Cytochrome c-type biogenesis / Membrane / Redox-active center / Signal-anchor / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

disulfide oxidoreductase activity / cytochrome complex assembly / antioxidant activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Crow, A.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2008
タイトル: Effects of substitutions in the CXXC active-site motif of the extracytoplasmic thioredoxin ResA.
著者: Lewin, A. / Crow, A. / Hodson, C.T. / Hederstedt, L. / Le Brun, N.E.

履歴

登録	2008年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c73.cif.gz	67.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c73.ent.gz	50.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/3c73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/3c73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3c71C 1st9 1su9 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1su9-1 2h1d-2 2h1b-3 2h1b-2 1st9-1 1st9-2 3h1e-d 2h1g-2 2zhl-1 2h1g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol-disulfide oxidoreductase resA

B: Thiol-disulfide oxidoreductase resA

ヘテロ分子

31.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol-disulfide oxidoreductase resA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol-disulfide oxidoreductase resA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.219, 60.169, 110.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	GLY	GLY	A	A	40 - 52	1 - 13
2	1	1	SER	SER	GLY	GLY	B	B	40 - 52	1 - 13
3	2	1	ARG	ARG	ASP	ASP	A	A	54 - 59	15 - 20
4	2	1	ARG	ARG	ASP	ASP	B	B	54 - 59	15 - 20
5	3	1	LYS	LYS	THR	THR	A	A	61 - 72	22 - 33
6	3	1	LYS	LYS	THR	THR	B	B	61 - 72	22 - 33
7	4	1	CYS	CYS	ALA	ALA	A	A	77 - 109	38 - 70
8	4	1	CYS	CYS	ALA	ALA	B	B	77 - 109	38 - 70
9	5	1	HIS	HIS	GLY	GLY	A	A	111 - 175	72 - 136
10	5	1	HIS	HIS	GLY	GLY	B	B	111 - 175	72 - 136
1	1	2	SER	SER	GLY	GLY	B	B	40 - 52	1 - 13
2	1	2	SER	SER	GLY	GLY	A	A	40 - 52	1 - 13
3	2	2	ARG	ARG	ASP	ASP	B	B	54 - 59	15 - 20
4	2	2	ARG	ARG	ASP	ASP	A	A	54 - 59	15 - 20
5	3	2	LYS	LYS	THR	THR	B	B	61 - 72	22 - 33
6	3	2	LYS	LYS	THR	THR	A	A	61 - 72	22 - 33
7	4	2	CYS	CYS	ALA	ALA	B	B	77 - 109	38 - 70
8	4	2	CYS	CYS	ALA	ALA	A	A	77 - 109	38 - 70
9	5	2	HIS	HIS	GLY	GLY	B	B	111 - 175	72 - 136
10	5	2	HIS	HIS	GLY	GLY	A	A	111 - 175	72 - 136

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Thiol-disulfide oxidoreductase resA 分子量: 15709.917 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 40-179 / 変異: P76H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: resA, ypxA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35160
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 27% PEG 4000, 0.1 M tri-Sodium Citrate pH 5.6, 0.2M Ammonium acetate, 10 mM DTT. Protein concentration 12mg/ml in 20 mM MOPS pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0688 Å
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月14日
放射	モノクロメーター: ESRF ID 23-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0688 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→52.85 Å / Num. all: 11418 / Num. obs: 11418 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / R_sym value: 0.104 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 1636 / R_sym value: 0.276 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→35.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 8.586 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.534 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25298	582	5.1 %	COPIED AND EXTENDED FROM 1SU9
R_work	0.17843	-	-	-
obs	0.18231	10799	99.78 %	-
all	-	11418	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.008 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2220	0	5	61	2286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.786	1.944	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.643	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.915	25.096	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.941	15	395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.78	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.211	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.141	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.004	1.5	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.713	2	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.65	3	988
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.155	4.5	835

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	516	medium positional	0.24	0.5
2	B	516	medium positional	0.24	0.5
1	A	500	loose positional	0.47	5
2	B	500	loose positional	0.47	5
1	A	516	medium thermal	1.23	2
2	B	516	medium thermal	1.23	2
1	A	500	loose thermal	2.52	10
2	B	500	loose thermal	2.52	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	46	-
R_work	0.187	762	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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