PDB-2h1g: ResA C74A/C77A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h1g

タイトル

ResA C74A/C77A

要素

Thiol-disulfide oxidoreductase resA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ResA / double mutant / C77A / C74A / ResA C74A/C77A / Thioredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome complex assembly / disulfide oxidoreductase activity / antioxidant activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Lewin, A. / Crow, A. / Oubrie, A. / Le Brun, N.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Molecular Basis for Specificity of the Extracytoplasmic Thioredoxin ResA.
著者: Lewin, A. / Crow, A. / Oubrie, A. / Le Brun, N.E.

履歴

登録	2006年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h1g.cif.gz	65.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h1g.ent.gz	48.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h1g_validation.pdf.gz	425.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h1g_full_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示
XML形式データ	2h1g_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	2h1g_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/2h1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/2h1g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h19C 2h1aC 2h1bC 2h1dC 1su9S 1st9 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1st9-1 1su9-2 2h1a-1 2f9s-2 1su9-1 2h1d-2 2h1d-1 2h1b-3 3c73-1 2h1b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol-disulfide oxidoreductase resA

B: Thiol-disulfide oxidoreductase resA

31.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol-disulfide oxidoreductase resA

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol-disulfide oxidoreductase resA

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.031, 59.522, 109.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	LYS	LYS	1	A	A	40 - 53	4 - 17
2	1	1	SER	SER	LYS	LYS	1	B	B	40 - 53	4 - 17
3	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	54	18
4	2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	3	B	B	54	18
5	3	1	ILE	ILE	LYS	LYS	1	A	A	55 - 78	19 - 42
6	3	1	ILE	ILE	LYS	LYS	1	B	B	55 - 78	19 - 42
7	4	1	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	79	43
8	4	1	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	79	43
9	5	1	GLU	GLU	LYS	LYS	1	A	A	80 - 89	44 - 53
10	5	1	GLU	GLU	LYS	LYS	1	B	B	80 - 89	44 - 53
11	6	1	HIS	HIS	HIS	HIS	3	A	A	90	54
12	6	1	HIS	HIS	HIS	HIS	3	B	B	90	54
13	7	1	PHE	PHE	VAL	VAL	1	A	A	91 - 110	55 - 74
14	7	1	PHE	PHE	VAL	VAL	1	B	B	91 - 110	55 - 74
15	8	1	HIS	HIS	HIS	HIS	5	A	A	111	75
16	8	1	HIS	HIS	HIS	HIS	5	B	B	111	75
17	9	1	ASN	ASN	VAL	VAL	1	A	A	112 - 137	76 - 101
18	9	1	ASN	ASN	VAL	VAL	1	B	B	112 - 137	76 - 101
19	10	1	PRO	PRO	PRO	PRO	1	A	A	141 - 174	105 - 138
20	10	1	PRO	PRO	PRO	PRO	1	B	B	141 - 174	105 - 138
1	1	2	SER	SER	LYS	LYS	1	B	B	40 - 53	4 - 17
2	1	2	SER	SER	LYS	LYS	1	A	A	40 - 53	4 - 17
3	2	2	ARG	ARG	ARG	ARG	3	B	B	54	18
4	2	2	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	54	18
5	3	2	ILE	ILE	LYS	LYS	1	B	B	55 - 78	19 - 42
6	3	2	ILE	ILE	LYS	LYS	1	A	A	55 - 78	19 - 42
7	4	2	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	79	43
8	4	2	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	79	43
9	5	2	GLU	GLU	LYS	LYS	1	B	B	80 - 89	44 - 53
10	5	2	GLU	GLU	LYS	LYS	1	A	A	80 - 89	44 - 53
11	6	2	HIS	HIS	HIS	HIS	3	B	B	90	54
12	6	2	HIS	HIS	HIS	HIS	3	A	A	90	54
13	7	2	PHE	PHE	VAL	VAL	1	B	B	91 - 110	55 - 74
14	7	2	PHE	PHE	VAL	VAL	1	A	A	91 - 110	55 - 74
15	8	2	HIS	HIS	HIS	HIS	5	B	B	111	75
16	8	2	HIS	HIS	HIS	HIS	5	A	A	111	75
17	9	2	ASN	ASN	VAL	VAL	1	B	B	112 - 137	76 - 101
18	9	2	ASN	ASN	VAL	VAL	1	A	A	112 - 137	76 - 101
19	10	2	PRO	PRO	PRO	PRO	1	B	B	141 - 174	105 - 138
20	10	2	PRO	PRO	PRO	PRO	1	A	A	141 - 174	105 - 138

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Thiol-disulfide oxidoreductase resA 分子量: 15878.000 Da / 分子数: 2 / 変異: C77A, C74A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: resA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35160
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20 % - 27 % PEG 4,000, 0.1 M MES pH 5.6, 0.1 M Ammonium Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0688 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月7日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0688 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→55.048 Å / Num. all: 5722 / Num. obs: 5722 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.127 / R_sym value: 0.127 / Net I/σ(I): 4.6
反射シェル	解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured all: 4118 / Num. unique all: 761 / R_sym value: 0.296 / % possible all: 91.9

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.2 Å	36.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ProDC		データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1su9

1su9

解像度: 3.1→37.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.848 / SU B: 21.411 / SU ML: 0.383 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.534 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	298	5.2 %	Free set copied from 1SU9 and extended as necessary.
R_work	0.185	-	-	-
all	0.189	5695	-	-
obs	0.238	5695	95.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→37.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2153	0	0	13	2166

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.044	1.953	2994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.952	5	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.033	25.464	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.832	15	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.763	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.333	0.2	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.076	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.856	1.5	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.503	2	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.253	3	926
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.913	4.5	782

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1019	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
1	A	4	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.5
1	A	24	LOOSE POSITIONAL	1.46	5
1	A	1019	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
1	A	4	MEDIUM THERMAL	0.23	2
1	A	24	LOOSE THERMAL	6.83	10
2	B	1019	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
2	B	4	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.5
2	B	24	LOOSE POSITIONAL	1.46	5
2	B	1019	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
2	B	4	MEDIUM THERMAL	0.23	2
2	B	24	LOOSE THERMAL	6.83	10

LS精密化シェル

解像度: 3.102→3.182 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	18	-
R_work	0.242	364	-
obs	-	382	89.25 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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