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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4riw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an EGFR/HER3 kinase domain heterodimer | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / RECEPTOR TYROSINE KINASE / PSEUDOKINASE / KINASE / ATP BINDING / MEMBRANE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuregulin binding / positive regulation of cardiac muscle tissue development / cranial nerve development / Schwann cell differentiation / neuregulin receptor activity / negative regulation of secretion / endocardial cushion development / ERBB3:ERBB2 complex / GRB7 events in ERBB2 signaling / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade ...neuregulin binding / positive regulation of cardiac muscle tissue development / cranial nerve development / Schwann cell differentiation / neuregulin receptor activity / negative regulation of secretion / endocardial cushion development / ERBB3:ERBB2 complex / GRB7 events in ERBB2 signaling / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / peripheral nervous system development / ErbB-3 class receptor binding / negative regulation of cell adhesion / negative regulation of motor neuron apoptotic process / response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of protein kinase C activity / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / motor neuron apoptotic process / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / epidermal growth factor binding / response to UV-A / tongue development / PLCG1 events in ERBB2 signaling / midgut development / hydrogen peroxide metabolic process / ERBB2-EGFR signaling pathway / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / morphogenesis of an epithelial fold / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / intracellular vesicle / Signaling by EGFR / protein tyrosine kinase activator activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to cobalamin / Signaling by ERBB4 / eyelid development in camera-type eye / protein insertion into membrane / growth factor binding / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / regulation of JNK cascade / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of mitotic cell cycle / MAP kinase kinase kinase activity / hair follicle development / lateral plasma membrane / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / GAB1 signalosome / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of signal transduction / salivary gland morphogenesis / Schwann cell development / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of phosphorylation / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to cadmium ion / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / myelination / GRB2 events in ERBB2 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of DNA repair / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / ossification / cellular response to dexamethasone stimulus / neurogenesis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of epithelial cell proliferation / neuron projection morphogenesis / basal plasma membrane / epithelial cell proliferation / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of DNA replication 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Littlefield, P. / Jura, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2014 タイトル: Structural analysis of the EGFR/HER3 heterodimer reveals the molecular basis for activating HER3 mutations. 著者: Littlefield, P. / Liu, L. / Mysore, V. / Shan, Y. / Shaw, D.E. / Jura, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4riw.cif.gz | 466.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4riw.ent.gz | 381 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4riw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4riw_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4riw_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4riw_validation.xml.gz | 42.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4riw_validation.cif.gz | 56.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/4riw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/4riw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36490.148 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP residues 698-1020 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB3, HER3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P21860, receptor protein-tyrosine kinase #2: タンパク質 | 分子量: 39167.219 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP residues 682-1022 / Mutation: V924R, F973A, L977A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 7 mg/mL protein, 0.1M HEPES pH 7.5, 14% PEG-6000, 0.2M magnesium chloride, 2mM AMP-PNP, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: KHOZU DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.115869 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→60.48 Å / Num. all: 29435 / Num. obs: 28729 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2GS6 AND 3KEX 解像度: 3.1→60.476 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.91 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→60.476 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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