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万見
- PDB-4rid: Human FAN1 nuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rid
タイトルHuman FAN1 nuclease
要素Fanconi-associated nuclease 1
キーワードHYDROLASE / nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / ubiquitin-modified protein reader activity / 5'-3' exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / interstrand cross-link repair / intercellular bridge / nucleotide-excision repair ...flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / ubiquitin-modified protein reader activity / 5'-3' exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / interstrand cross-link repair / intercellular bridge / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / cilium / DNA repair / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Fanconi-associated nuclease 1, SAP subdomain / Fanconi-associated nuclease 1, TPR domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain ...: / : / : / Fanconi-associated nuclease 1, SAP subdomain / Fanconi-associated nuclease 1, TPR domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain / VRR_NUC / Rad18-like CCHC zinc finger / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Fanconi-associated nuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Pavletich, N.P. / Wang, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: DNA repair. Mechanism of DNA interstrand cross-link processing by repair nuclease FAN1.
著者: Wang, R. / Persky, N.S. / Yoo, B. / Ouerfelli, O. / Smogorzewska, A. / Elledge, S.J. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2014年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fanconi-associated nuclease 1
B: Fanconi-associated nuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,9162
ポリマ－145,9162
非ポリマー00
水00
1
A: Fanconi-associated nuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9581
ポリマ－72,9581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fanconi-associated nuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9581
ポリマ－72,9581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Fanconi-associated nuclease 1
B: Fanconi-associated nuclease 1

A: Fanconi-associated nuclease 1
B: Fanconi-associated nuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,8324
ポリマ－291,8324
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area9710 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area107100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.882, 156.885, 205.396
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B
16A
26B
17A
27B
18A
28B
19A
29B
110A
210B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A371 - 426
2112B371 - 426
1122A538 - 552
2122B538 - 552
1132A427 - 459
2132B427 - 459
1142A533 - 537
2142B533 - 537
1152A460 - 532
2152B460 - 532
1162A593 - 773
2162B593 - 773
1172A774 - 834
2172B774 - 834
1182A956 - 1017
2182B956 - 1017
1192A572 - 592
2192B572 - 592
11102A835 - 955
21102B835 - 955

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

#1: タンパク質 Fanconi-associated nuclease 1 / FANCD2/FANCI-associated nuclease 1 / Myotubularin-related protein 15


分子量: 72958.062 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 370-1009 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAN1, KIAA1018, MTMR15 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y2M0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ, phosphodiesterase I

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月2日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→70 Å / Num. all: 68933 / Num. obs: 68520 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 0.434 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.3-3.426.70.71469040.415199.7
3.42-3.557.20.48268620.4321100
3.55-3.727.10.35169260.4361100
3.72-3.916.90.22868610.451199.9
3.91-4.166.50.16968670.452199.5
4.16-4.487.20.11868790.465199.9
4.48-4.937.10.09268950.46199.9
4.93-5.646.60.08168720.447199.6
5.64-7.117.10.06868330.419199.6
7.11-706.70.03166210.356195.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 24.266 / SU ML: 0.407 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.531 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1076 3.1 %RANDOM
Rwork0.2457 ---
obs0.2471 33593 96.05 %-
all-34975 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 266.94 Å2 / Biso mean: 115.65 Å2 / Biso min: 63.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.7 Å2-0 Å20 Å2
2--2.92 Å20 Å2
3---2.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9981 0 0 0 9981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01910186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3351.95913770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.52551236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94423.181481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.704151832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8781591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5275.7634965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.53712.9596194
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3525.7715220
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1484TIGHT POSITIONAL0.030.05
1248MEDIUM POSITIONAL0.030.5
1224TIGHT THERMAL11.999
1248MEDIUM THERMAL12.9199
260MEDIUM POSITIONAL0.040.5
260TIGHT THERMAL11.5599
260MEDIUM THERMAL10.4199
3136MEDIUM POSITIONAL0.030.5
3132TIGHT THERMAL20.7899
3136MEDIUM THERMAL20.6299
421MEDIUM POSITIONAL0.030.5
420TIGHT THERMAL28.0299
421MEDIUM THERMAL23.7999
5233MEDIUM POSITIONAL0.020.5
5256TIGHT THERMAL54.9599
5233MEDIUM THERMAL51.0599
6788MEDIUM POSITIONAL0.040.5
6724TIGHT THERMAL16.2299
6788MEDIUM THERMAL16.2699
7171MEDIUM POSITIONAL0.030.5
7180TIGHT THERMAL4.1499
7171MEDIUM THERMAL5.2699
8210MEDIUM POSITIONAL0.040.5
8216TIGHT THERMAL3.999
8210MEDIUM THERMAL4.4499
986MEDIUM POSITIONAL0.040.5
984TIGHT THERMAL4.5399
986MEDIUM THERMAL5.0899
10473MEDIUM POSITIONAL0.040.5
10484TIGHT THERMAL3.7199
10473MEDIUM THERMAL4.4299
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 64 -
Rwork0.329 2216 -
all-2280 -
obs--86.96 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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