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- PDB-4rib: FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dT) single flap DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rib
タイトルFAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dT) single flap DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*C)-3')
  • Fanconi-associated nuclease 1
キーワードhydrolase/dna / nuclease / hydrolase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / ubiquitin-modified protein reader activity / 5'-3' exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / interstrand cross-link repair / intercellular bridge / nucleotide-excision repair ...flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / ubiquitin-modified protein reader activity / 5'-3' exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / interstrand cross-link repair / intercellular bridge / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / cilium / DNA repair / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Fanconi-associated nuclease 1, SAP subdomain / Fanconi-associated nuclease 1, TPR domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain ...: / : / : / Fanconi-associated nuclease 1, SAP subdomain / Fanconi-associated nuclease 1, TPR domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain / VRR_NUC / Rad18-like CCHC zinc finger / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Fanconi-associated nuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Pavletich, N.P. / Wang, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: DNA repair. Mechanism of DNA interstrand cross-link processing by repair nuclease FAN1.
著者: Wang, R. / Persky, N.S. / Yoo, B. / Ouerfelli, O. / Smogorzewska, A. / Elledge, S.J. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2014年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fanconi-associated nuclease 1
B: Fanconi-associated nuclease 1
X: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*C)-3')
U: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*T)-3')
V: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*T)-3')
Z: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
W: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,06410
ポリマ－175,9848
非ポリマー802
水00
1
A: Fanconi-associated nuclease 1
X: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*T)-3')
Z: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0325
ポリマ－87,9924
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area36430 Å2
手法PISA
2
B: Fanconi-associated nuclease 1
U: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*C)-3')
V: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*T)-3')
W: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0325
ポリマ－87,9924
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area37380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.697, 110.989, 105.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B
16A
26B
17A
27B
18A
28B
19A
29B
110A
210B
111A
211B
112A
212B
113W
213U
114X
214V
115W
215U
116X
216V

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A370 - 426
2112B370 - 426
1122A538 - 552
2122B538 - 552
1132A427 - 459
2132B427 - 459
1142A533 - 537
2142B533 - 537
1152A460 - 532
2152B460 - 532
1162A593 - 773
2162B593 - 773
1172A774 - 787
2172B774 - 787
1182A791 - 799
2182B791 - 799
1192A810 - 834
2192B810 - 834
11102A956 - 1009
21102B956 - 1009
11112A572 - 592
21112B572 - 592
11122A835 - 955
21122B835 - 955
11131W16 - 19
21131U16 - 19
11141X4 - 11
21141V4 - 11
11151W3 - 10
21151U3 - 10
11161X14 - 19
21161V14 - 19

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16

-
要素

#1: タンパク質 Fanconi-associated nuclease 1 / FANCD2/FANCI-associated nuclease 1 / Myotubularin-related protein 15


分子量: 73926.023 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 364-1017 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAN1, KIAA1018, MTMR15 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y2M0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ, phosphodiesterase I
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*C)-3')


分子量: 6014.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*T)-3')


分子量: 3718.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')


分子量: 4332.810 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 7
詳細: PEG 3350, NaCl, pH 7.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月2日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→70 Å / Num. all: 33197 / Num. obs: 32799 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.25-3.374.50.704198.1
3.37-3.55.20.518199.5
3.5-3.665.10.403199.5
3.66-3.855.10.285199
3.85-4.094.70.202198.3
4.09-4.415.10.142199.2
4.41-4.855.20.117199.2
4.85-5.564.90.099198
5.56-75.30.086199.4
7-7050.044197.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 26.951 / SU ML: 0.437 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.541 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26526 1323 4 %RANDOM
Rwork0.22576 ---
obs0.22744 31391 94.33 %-
all-33277 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 103.089 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å20 Å24.48 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9977 1592 2 0 11571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01811974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.82916516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85551240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.34423.181481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.901151832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6431591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7755.0984969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.19411.4646200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7765.1857005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A216TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A84TIGHT POSITIONAL0.040.05
1A484TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A77TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A169TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A158TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A127TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A251MEDIUM POSITIONAL0.040.5
1A228TIGHT THERMAL20.5799
1A251MEDIUM THERMAL20.1299
2A60MEDIUM POSITIONAL0.040.5
2A60TIGHT THERMAL17.6499
2A60MEDIUM THERMAL17.0199
3A136MEDIUM POSITIONAL0.030.5
3A132TIGHT THERMAL20.2399
3A136MEDIUM THERMAL19.5499
4A21MEDIUM POSITIONAL0.030.5
4A20TIGHT THERMAL22.1199
4A21MEDIUM THERMAL19.9999
5A233MEDIUM POSITIONAL0.030.5
5A256TIGHT THERMAL10.2499
5A233MEDIUM THERMAL9.6199
6A788MEDIUM POSITIONAL0.040.5
6A724TIGHT THERMAL7.3799
6A788MEDIUM THERMAL7.7199
7A52MEDIUM POSITIONAL0.030.5
7A56TIGHT THERMAL5.7399
7A52MEDIUM THERMAL5.6399
8A24MEDIUM POSITIONAL0.020.5
8A24TIGHT THERMAL4.1699
8A24MEDIUM THERMAL8.199
9A95MEDIUM POSITIONAL0.030.5
9A100TIGHT THERMAL7.5299
9A95MEDIUM THERMAL8.2699
10A210MEDIUM POSITIONAL0.040.5
10A216TIGHT THERMAL8.0899
10A210MEDIUM THERMAL8.2999
11A86MEDIUM POSITIONAL0.040.5
11A84TIGHT THERMAL11.3899
11A86MEDIUM THERMAL11.299
12A473MEDIUM POSITIONAL0.040.5
12A484TIGHT THERMAL4.5399
12A473MEDIUM THERMAL4.9299
13W77TIGHT THERMAL11.9199
14X169TIGHT THERMAL9.9299
15W158TIGHT THERMAL5.9499
16X127TIGHT THERMAL4.2699
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 79 -
Rwork0.355 1943 -
obs--80.08 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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