[日本語] English
万見
- PDB-5ean: Crystal structure of Dna2 in complex with a 5' overhang DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ean
タイトルCrystal structure of Dna2 in complex with a 5' overhang DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
  • DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease DNA2
キーワードHydrolase/DNA / DNA binding protein / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Removal of the Flap Intermediate / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / DNA replication, Okazaki fragment processing / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / Processing of DNA double-strand break ends ...Removal of the Flap Intermediate / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / DNA replication, Okazaki fragment processing / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / Processing of DNA double-strand break ends / : / gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / nuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA double-strand break processing / DNA replication checkpoint signaling / DNA replication, removal of RNA primer / single-stranded DNA helicase activity / mitochondrial DNA repair / mitochondrial nucleoid / telomere maintenance / positive regulation of DNA replication / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromosome, telomeric region / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #270 / : / Dna2 Rift barrel domain / DNA replication factor Dna2, N-terminal / DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease Dna2 / DNA replication factor Dna2 / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7-like helicase ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #270 / : / Dna2 Rift barrel domain / DNA replication factor Dna2, N-terminal / DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease Dna2 / DNA replication factor Dna2 / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease DNA2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Zhou, C. / Pourmal, S. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Dna2 nuclease-helicase structure, mechanism and regulation by Rpa.
著者: Zhou, C. / Pourmal, S. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2015年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease DNA2
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6436
ポリマ－123,7842
非ポリマー8594
水724
1
A: DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease DNA2
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子

A: DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease DNA2
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,28612
ポリマ－247,5684
非ポリマー1,7188
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565x,-y+1,-z1
Buried area13430 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area90500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.153, 118.488, 149.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease DNA2 / DNA replication ATP-dependent helicase-like homolog


分子量: 119180.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dna2, Dna2l, Kiaa0083
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6ZQJ5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, DNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3')


分子量: 4603.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 80 mM MES, 20 mM CaCl2, 10 mM spermidine, 4-9 % isopropanol, 0.5 mM TCEP, pH 6.5, and 1 mM ADP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 63876 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.503 / Net I/av σ(I): 16.429 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 316314
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.433.90.65662650.750.3660.7560.92998.6
2.43-2.534.50.58363460.8370.3010.6590.96299.6
2.53-2.655.10.49863040.880.2390.5541.01499.2
2.65-2.795.40.39163800.9260.1840.4341.0999.8
2.79-2.965.30.28663560.9570.1380.3191.18199.3
2.96-3.194.90.2163690.9580.1050.2361.43599.3
3.19-3.515.30.15963930.9740.0780.1791.71299.5
3.51-4.025.10.12264120.980.0620.1372.05999
4.02-5.0650.09864350.9860.0490.112.35698.6
5.06-504.90.0866160.9940.0390.092.06897.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EAW

5eaw


解像度: 2.36→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 18.904 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1799 3 %RANDOM
Rwork0.2083 ---
obs0.2094 57871 92.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 176.74 Å2 / Biso mean: 66.556 Å2 / Biso min: 26.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.72 Å20 Å20 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3----3.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.36→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8302 309 37 4 8652
Biso mean--63.42 59.62 -
残基数----1066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0198856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5541.95212034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24851048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.53423.619373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.871151559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2991572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4983.6354206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3655.6095246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5824.6344650
LS精密化 シェル解像度: 2.355→2.416 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 93 -
Rwork0.329 3568 -
all-3661 -
obs--77.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.33350.47820.06314.1915-0.22942.9824-0.0288-0.5441-0.66580.3739-0.0101-0.34730.78030.39940.03880.75270.1626-0.0320.59860.06840.517357.6749.37113.64
21.58660.30381.0591.6004-0.27724.49320.00370.0065-0.1960.06780.1021-0.01880.580.2166-0.10570.29850.03520.02120.2531-0.01080.232648.51720.758-13.559
31.1617-1.5145-0.89033.75472.51123.7475-0.00820.02330.1083-0.25280.1225-0.5340.12850.6114-0.11440.18360.071-0.01310.47720.03370.353955.00637.74314.606
41.5707-2.2975-1.34594.9142.7582.8326-0.08360.0629-0.1424-0.09950.01880.12640.21360.04280.06490.1287-0.0318-0.010.25490.02380.152435.4939.393-16.824
54.50670.3007-0.41132.2390.07780.6563-0.0113-0.29020.14820.0202-0.09470.99250.0837-0.71450.1060.9013-0.09260.04290.98860.05540.872825.24916.4343.813
60.9905-0.30290.23130.9669-0.41652.2307-0.0026-0.0086-0.10060.01240.03550.11570.1768-0.2235-0.03290.0196-0.00820.02320.25420.02030.150326.93151.25319.284
72.44510.38110.05442.56-0.45611.66860.0252-0.0397-0.53140.14590.05730.30080.4662-0.2964-0.08260.2489-0.11170.04170.50110.0740.386413.22227.30641.77
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2A122 - 127
3X-RAY DIFFRACTION2A229 - 357
4X-RAY DIFFRACTION3A128 - 152
5X-RAY DIFFRACTION3A358 - 460
6X-RAY DIFFRACTION3A1101
7X-RAY DIFFRACTION4A153 - 228
8X-RAY DIFFRACTION5A461 - 567
9X-RAY DIFFRACTION6A568 - 826
10X-RAY DIFFRACTION7A827 - 1056

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る