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- PDB-4ri5: Crystal structure of PTPN3 (PTPH1) D811E mutant in complex with m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ri5
タイトルCrystal structure of PTPN3 (PTPH1) D811E mutant in complex with metavanadate
要素Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
キーワードHYDROLASE / Alpha Beta
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane depolarization during action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of mitotic cell cycle / sodium channel regulator activity / protein dephosphorylation / cytoskeletal protein binding / phosphotyrosine residue binding / protein tyrosine phosphatase activity ...regulation of membrane depolarization during action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of mitotic cell cycle / sodium channel regulator activity / protein dephosphorylation / cytoskeletal protein binding / phosphotyrosine residue binding / protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / liver regeneration / EGFR downregulation / cytoplasmic side of plasma membrane / Negative regulation of MAPK pathway / MAPK cascade / ATPase binding / cytoskeleton / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-3, -4 / PTPN3/4, FERM domain C-lobe / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-3, -4 / PTPN3/4, FERM domain C-lobe / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
oxido(dioxo)vanadium / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Chen, K.-E. / Meng, T.C. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Substrate specificity and plasticity of FERM-containing protein tyrosine phosphatases.
著者: Chen, K.E. / Li, M.Y. / Chou, C.C. / Ho, M.R. / Chen, G.C. / Meng, T.C. / Wang, A.H.
履歴
登録2014年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3066
ポリマ－69,9242
非ポリマー3824
水13,637757
1
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1533
ポリマ－34,9621
非ポリマー1912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1533
ポリマ－34,9621
非ポリマー1912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.162, 96.071, 141.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1213-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3


分子量: 34961.762 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain (UNP RESIDUES 628-909) / 変異: D811E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPH1, PTPN3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P26045, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-VN4 / oxido(dioxo)vanadium


分子量: 98.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 757 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 21% PEG 800, 5% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→30 Å / Num. all: 170606 / Num. obs: 170606 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 37.1
反射 シェル解像度: 1.26→1.31 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 15626 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceGUIデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 4RH5

4rh5


解像度: 1.26→25.535 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.12 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1732 7401 5.06 %RANDOM
Rwork0.1591 ---
all0.1599 170606 --
obs0.1599 146326 84.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→25.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4532 0 20 757 5309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3926695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9421877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006868
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.2599-1.27420.1754720.1764126923
1.2742-1.28920.1933790.1773153328
1.2892-1.30490.18211110.1748184134
1.3049-1.32140.20731230.1856233543
1.3214-1.33880.20421450.1918291553
1.3388-1.35720.18781810.1987344662
1.3572-1.37660.20742030.1904376369
1.3766-1.39710.22612280.1875407375
1.3971-1.41890.20252210.1909446181
1.4189-1.44220.19712580.1817481288
1.4422-1.46710.21332980.1877523896
1.4671-1.49370.18273070.1795537699
1.4937-1.52250.18592970.17565477100
1.5225-1.55350.19172820.17055484100
1.5535-1.58730.19382800.16785488100
1.5873-1.62420.1672670.16775501100
1.6242-1.66480.19572930.16845495100
1.6648-1.70980.17862960.16465482100
1.7098-1.76010.18292870.16565511100
1.7601-1.81690.16742870.1675469100
1.8169-1.88190.18472600.16325562100
1.8819-1.95720.16862800.1612545799
1.9572-2.04620.16693040.1591547799
2.0462-2.1540.15913080.1511544299
2.154-2.28890.15513030.149547599
2.2889-2.46550.16642840.1457551799
2.4655-2.71340.17692940.1513544998
2.7134-3.10540.1712680.159536596
3.1054-3.91020.15363150.1509522093
3.9102-25.54040.18812700.1577499286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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