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- PDB-4rhb: Crystal structure of the lipopolysaccharide assembly complex LptD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rhb
タイトルCrystal structure of the lipopolysaccharide assembly complex LptD-LptE from the Escherichia coli outer membrane
要素
  • LPS-assembly lipoprotein LptE
  • LPS-assembly protein LptD
キーワードTRANSPORT PROTEIN / lipopolysaccharide assembly / lipid binding protein / outer membrane of Gram-negative bacteria / 26-stranded beta barrel and 2-layer beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein like domain / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Double Stranded RNA Binding Domain ...Lipoprotein like domain / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Double Stranded RNA Binding Domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LPS-assembly lipoprotein LptE / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.355 Å
データ登録者Malojcic, G. / Garner, R.A. / Kahne, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis of lipopolysaccharide insertion into the bacterial outer membrane
著者: Malojcic, G. / Garner, R.A. / Kahne, D.
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPS-assembly protein LptD
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
C: LPS-assembly protein LptD
D: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,5909
ポリマ－181,4254
非ポリマー1655
水724
1
A: LPS-assembly protein LptD
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7714
ポリマ－90,7132
非ポリマー582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area32830 Å2
手法PISA
2
C: LPS-assembly protein LptD
D: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8195
ポリマ－90,7132
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area33010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.040, 136.620, 108.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILELEULEUAA230 - 78452 - 606
21ILEILELEULEUCC230 - 78452 - 606
12GLYGLYSERSERBB20 - 1692 - 151
22GLYGLYSERSERDD20 - 1692 - 151

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 LPS-assembly protein LptD / Organic solvent tolerance protein


分子量: 71233.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lptD, imp, ostA, yabG, b0054, JW0053 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31554
#2: タンパク質 LPS-assembly lipoprotein LptE / Rare lipoprotein B


分子量: 19479.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lptE, rlpB, b0641, JW0636 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADC1
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.355→200 Å / Num. all: 27863 / Num. obs: 26835 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0.47

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0071 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q35

4q35


解像度: 3.355→108.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 57.935 / SU ML: 0.843 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.786 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3378 1250 4.7 %RANDOM
Rwork0.25668 ---
obs0.2606 25585 96.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 115.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.97 Å20 Å20 Å2
2--1.34 Å20 Å2
3----5.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.355→108.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11498 0 5 4 11507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0210699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4371.9316209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.913324517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.67951433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.13523.976654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.812151912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9511592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213907
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023041
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.28911.4175690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.28911.4175689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.21617.0977119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other13.7617.2027135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.64911.9496220
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.01812.0546240
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.99417.8759115
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.88992.40713617
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.88992.41113618
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A318750.07
12C318750.07
21B90250.06
22D90250.06
LS精密化 シェル解像度: 3.355→3.442 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 75 -
Rwork0.407 1478 -
obs--77.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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