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万見
- PDB-4n4r: Structure basis of lipopolysaccharide biogenesis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n4r
タイトルStructure basis of lipopolysaccharide biogenesis
要素
  • LPS-assembly lipoprotein LptE
  • LPS-assembly protein LptD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Beta barrel / Translocase / Lipopolysaccharide transport proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein like domain / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Double Stranded RNA Binding Domain ...Lipoprotein like domain / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Double Stranded RNA Binding Domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / LPS-assembly lipoprotein LptE / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dong, H. / Xiang, Q. / Wang, Z. / Paterson, N.G. / He, C. / Zhang, Y. / Wang, W. / Dong, C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural basis for outer membrane lipopolysaccharide insertion.
著者: Dong, H. / Xiang, Q. / Gu, Y. / Wang, Z. / Paterson, N.G. / Stansfeld, P.J. / He, C. / Zhang, Y. / Wang, W. / Dong, C.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPS-assembly protein LptD
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
C: LPS-assembly protein LptD
D: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,8168
ポリマ－225,4124
非ポリマー4054
水18010
1
A: LPS-assembly protein LptD
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9084
ポリマ－112,7062
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area32140 Å2
手法PISA
2
C: LPS-assembly protein LptD
D: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9084
ポリマ－112,7062
非ポリマー2022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area32600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.430, 76.082, 213.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERMSEMSEAA226 - 786226 - 786
21SERSERMSEMSECC226 - 786226 - 786
12CYSCYSALAALABB19 - 16919 - 169
22CYSCYSALAALADD19 - 16919 - 169

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 LPS-assembly protein LptD / Organic solvent tolerance protein


分子量: 90852.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2/ SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: imp, lptD, ostA, STM0093 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q8ZRW0
#2: タンパク質 LPS-assembly lipoprotein LptE


分子量: 21853.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: lptE, rlpB, STM0647 / プラスミド: pACYC-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q8ZQZ7
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M zinc acetate, 0.1M sodium cacodylate, 18% PEG8000 , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97887, 0.97835, 0.98181, 0.97750
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月24日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978871
20.978351
30.981811
40.97751
反射解像度: 2.8→107.49 Å / Num. obs: 64252 / % possible obs: 9.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 1.6
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.904 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.93 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→107.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 44.165 / SU ML: 0.371 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.667 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30508 3253 5.1 %RANDOM
Rwork0.28535 ---
obs0.28638 60999 99.83 %-
all-67200 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 120.272 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.88 Å2-0 Å2-0.84 Å2
2--5.33 Å2-0 Å2
3----3.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.02 Å0.02 Å
Luzzati d res low-7 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.025 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→107.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11095 0 12 10 11117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211373
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7181.94315455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49951357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.42824.18610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.706151712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5831578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.448311328
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free74.20459
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded38.785511064
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A7710.1
12C7710.1
21B1810.19
22D1810.19
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.525 223 -
Rwork0.523 4287 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77520.0523-0.37910.2901-0.44981.7315-0.07140.4820.08670.07490.12330.0245-0.11460.1331-0.05190.7074-0.04410.00440.6519-0.09970.682768.341840.039776.6263
23.77961.3915-2.46960.5562-0.85062.2441-0.2353-0.5614-0.4406-0.2171-0.0046-0.1747-0.28650.17740.23991.29410.2142-0.04650.9484-0.07661.250563.411732.225493.2263
31.4816-0.0303-0.27730.41470.25091.1857-0.0235-0.65110.1468-0.05340.0726-0.03870.0752-0.0217-0.04920.5864-0.11620.00761.0584-0.13330.5771.33655.031727.4759
41.7872-0.4709-1.18710.14580.30190.7985-0.0956-0.2639-0.0145-0.08810.0467-0.0410.1370.12940.04890.7624-0.06850.0230.8688-0.02490.69572.6543-1.74099.5951
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A226 - 786
3X-RAY DIFFRACTION1A801 - 802
4X-RAY DIFFRACTION2B19 - 169
5X-RAY DIFFRACTION3C226 - 786
7X-RAY DIFFRACTION3C801 - 802
8X-RAY DIFFRACTION4D19 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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