PDB-4rgm: Structure of Staphylococcal Enterotoxin B bound to the neutralizi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rgm

タイトル

Structure of Staphylococcal Enterotoxin B bound to the neutralizing antibody 20B1

要素

20B1 heavy chain
20B1 light chain
Enterotoxin type B

キーワード

TOXIN/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / Staphylococcal enterotoxin B / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.689 Å

データ登録者

Franklin, M.C. / Dutta, K. / Varshney, A.K. / Goger, M.J. / Fries, B.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Mechanisms mediating enhanced neutralization efficacy of staphylococcal enterotoxin B by combinations of monoclonal antibodies.
著者: Dutta, K. / Varshney, A.K. / Franklin, M.C. / Goger, M. / Wang, X. / Fries, B.C.

履歴

登録	2014年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月28日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rgm.cif.gz	527.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rgm.ent.gz	436 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rgm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rgm_validation.pdf.gz	462.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rgm_full_validation.pdf.gz	470 KB	表示
XML形式データ	4rgm_validation.xml.gz	44.7 KB	表示
CIF形式データ	4rgm_validation.cif.gz	62.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rgnC 4rgoC 1jhkS 1se4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xrc-1 3so3-d 6rps-1 3bn9-2 6lz9-d 6rps-2 1wun-d 1zuw-d 6r2w-d 5vcn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

S: Enterotoxin type B

L: 20B1 light chain

H: 20B1 heavy chain

A: Enterotoxin type B

B: 20B1 light chain

C: 20B1 heavy chain

154 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

S: Enterotoxin type B

L: 20B1 light chain

H: 20B1 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Enterotoxin type B

B: 20B1 light chain

C: 20B1 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.467, 83.669, 174.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	S
2	1	A
1	2	L
2	2	B
1	3	H
2	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	S	1 - 237
2	1	1	4	A	1 - 237
1	1	2	4	L	1 - 213
2	1	2	4	B	1 - 213
1	1	3	4	H	1 - 221
2	1	3	4	C	1 - 221

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

The pharmacologically relevant complex contains one 20B1 Fab and one SEB monomer. There are two such complexes in the asymmetric unit of the crystal, one containing chains S,L,H; the other containing chains A,B,C.

#1: タンパク質	Enterotoxin type B / SEB / Staphylococcal enterotoxin B 分子量: 28975.607 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-266 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: entB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01552
#2: 抗体	20B1 light chain 分子量: 23818.186 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma
#3: 抗体	20B1 heavy chain 分子量: 24127.199 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES sodium, pH 7.5, 20% w/v PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月29日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.689→174.679 Å / Num. all: 44051 / Num. obs: 43919 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.689→2.75 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1SE4 AND 1JHK

1se4

1jhk

解像度: 2.689→174.679 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 29.629 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27656	2194	5 %	RANDOM
R_work	0.22514	-	-	-
obs	0.22777	43728	96.12 %	-
all	-	45493	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.005 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.01 Å²	0 Å²	-0.11 Å²
2-	-	1.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.689→174.679 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10380	0	0	146	10526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	10638
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7199
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.054	1.951	14423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.765	3	17575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.995	5	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.197	24.5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.266	15	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.279	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	11756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.239	1.5	6501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.043	1.5	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.469	2	10550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.703	3	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.166	4.5	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	S	3175	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
1	S	3175	MEDIUM THERMAL	0.2	2
2	L	2818	MEDIUM POSITIONAL	0.41	0.5
2	L	2818	MEDIUM THERMAL	0.16	2
3	H	2775	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
3	H	2775	MEDIUM THERMAL	0.16	2

LS精密化シェル

解像度: 2.689→2.759 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.399	97	-
R_work	0.315	1633	-
obs	-	-	52.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.088	0.7655	-0.4971	2.7187	-0.7292	3.6531	-0.005	-0.02	-0.0088	0.1302	-0.0237	-0.0752	-0.1433	0.0835	0.0287	0.1031	0.0439	-0.0609	0.039	-0.0159	0.131	24.1895	-2.7773	-3.04
2	3.4301	-1.1581	0.588	2.6841	0.2086	1.3416	0.0333	0.0529	-0.0874	-0.0644	-0.0026	0.0507	0.0495	-0.0025	-0.0308	0.1129	-0.0471	-0.0188	0.0397	0.0222	0.0272	-25.7203	-71.1762	-82.3069
3	2.8345	-0.0783	1.1672	2.2182	3.6066	6.5356	0.0479	0.3705	-0.1682	-0.1945	0.0406	0.0022	-0.1864	0.3108	-0.0886	0.166	0.0754	-0.0044	0.243	0.0299	0.1579	21.6952	-16.6	-42.4848
4	5.8451	2.755	2.0213	1.9304	0.6312	5.1264	0.0611	-0.0671	0.0023	0.2189	-0.0962	-0.3267	-0.2404	0.5073	0.0352	0.1208	-0.0073	-0.0544	0.1659	0.0366	0.2002	6.3959	-57.3218	-59.3791
5	7.1827	-3.3564	1.6393	3.5565	-0.9432	2.6984	-0.3857	-0.4529	0.0422	0.037	0.4005	0.0387	-0.1723	-0.096	-0.0149	0.2438	0.0032	-0.0094	0.2143	0.0046	0.1361	-6.9581	-14.5008	-64.8188
6	4.0984	0.5542	-3.189	3.3244	-3.2719	9.501	-0.1322	-0.3093	-0.4399	0.0963	0.0589	0.0647	0.3822	0.7682	0.0733	0.163	0.0425	-0.0684	0.2761	0.0176	0.3082	11.085	-59.4899	-22.841
7	5.7998	-1.464	2.1926	2.2819	0.6685	3.6991	0.0103	0.1113	0.1588	-0.0437	-0.1257	0.1411	0.0397	-0.4475	0.1154	0.0962	-0.0151	0.0066	0.1902	-0.0328	0.1302	6.157	-13.2014	-27.3147
8	2.0493	0.5717	0.3476	1.7492	-0.0358	7.3657	-0.0153	-0.2407	0.0565	0.1679	-0.1536	0.0478	0.2727	-0.2481	0.1689	0.1054	-0.0355	0.028	0.1358	-0.0302	0.1369	-14.4994	-61.0856	-53.8438
9	3.8461	-0.5366	-0.2811	5.1107	3.7968	8.1078	-0.1189	-0.2033	-0.3271	-0.1412	0.0531	0.2102	0.1441	-0.3323	0.0658	0.1601	0.0523	0.0007	0.295	0.1072	0.283	-13.0745	-26.4359	-55.6085
10	7.2898	0.7086	0.0292	3.993	0.3406	5.1935	-0.0241	-0.2109	0.0559	0.3838	-0.0039	-0.1954	-0.2653	0.1877	0.028	0.2429	0.0066	0.0172	0.1362	0.0288	0.1239	-0.366	-48.0501	-22.279

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	S	2 - 237
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	2 - 237
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	1 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	L	109 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	109 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	1 - 120
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	1 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	H	121 - 222
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	121 - 221

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)