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万見
- PDB-4rgd: The structure a AS-48 G13K/L40K mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rgd
タイトルThe structure a AS-48 G13K/L40K mutant
要素Bacteriocin AS-48
キーワードANTIBIOTIC / Circular Bacteriocin / membrane interaction / plasma membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriocin AS-48 / Bacteriocin AS-48 / Circular bacteriocin / Bacteriocin class IId cyclical uberolysin-like / Bacteriocin As-48; Chain A / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / AS-48 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Sanchez-Barrena, M.J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: The bacteriocin AS-48 requires dimer dissociation followed by hydrophobic interactions with the membrane for antibacterial activity.
著者: Cebrian, R. / Martinez-Bueno, M. / Valdivia, E. / Albert, A. / Maqueda, M. / Sanchez-Barrena, M.J.
履歴
登録2014年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriocin AS-48
B: Bacteriocin AS-48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7243
ポリマ－14,5312
非ポリマー1921
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.820, 49.910, 41.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bacteriocin AS-48 / AS-48A / Enterocin proprotein / Peptide antibiotic AS-48


分子量: 7265.688 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 36-105 / 変異: G13K, L40K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: as-48, as48A / 発現宿主: Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: Q47765
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 30% PEG4K, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate plus ANAPOE-58, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.2→24.9 Å / Num. all: 41746 / Num. obs: 41746 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O82

1o82


解像度: 1.2→24.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14704 2103 5 %RANDOM
Rwork0.11819 ---
obs0.11969 39619 99.96 %-
all-39619 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å2-0.34 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→24.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1020 0 13 305 1338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021104
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0391.9911493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.46632795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2795155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66522.524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.07415227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.613155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0220.02211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9930.677576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9980.677575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2011.028721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2021.028722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6491.257528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6451.258529
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.161.639764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.0049.8471711
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.1347.6721477
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr13.95532312
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free51.32527
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.40152570
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 135 -
Rwork0.212 2938 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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