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万見
- PDB-6tri: CI-MOR repressor-antirepressor complex of the temperate bacteriop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tri
タイトルCI-MOR repressor-antirepressor complex of the temperate bacteriophage TP901-1 from Lactococcus lactis
要素
  • CI
  • MOR
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex / regulation / DNA-binding / temperate virus
機能・相同性
機能・相同性情報


latency-replication decision / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF739 / Protein of unknown function (DUF739) / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.277 Å
データ登録者Rasmussen, K.K. / Blackledge, M. / Herrmann, T. / Jensen, M.R. / Lo Leggio, L.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research4002-00107 デンマーク
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Revealing the mechanism of repressor inactivation during switching of a temperate bacteriophage.
著者: Rasmussen, K.K. / Palencia, A. / Varming, A.K. / El-Wali, H. / Boeri Erba, E. / Blackledge, M. / Hammer, K. / Herrmann, T. / Kilstrup, M. / Lo Leggio, L. / Jensen, M.R.
履歴
登録2019年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CI
B: MOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5624
ポリマ－19,3702
非ポリマー1922
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, information from mass spectrometry, NMR, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area7950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.405, 94.405, 30.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

SO4

21B-210-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CI


分子量: 10947.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
遺伝子: cI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O48503
#2: タンパク質 MOR


分子量: 8422.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
遺伝子: mor / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O48504
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350 in reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.277→42.7 Å / Num. obs: 7285 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.1 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.95
反射 シェル解像度: 2.277→2.41 Å / Num. unique obs: 1184 / CC1/2: 0.377

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A7L + MOR NMR structure (just deposited 6TO6)

5a7l

6to6


解像度: 2.277→40.879 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 365 5.01 %
Rwork0.1889 --
obs0.1904 7282 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 180.6 Å2 / Biso mean: 58.2949 Å2 / Biso min: 29.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.277→40.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 10 20 1224
Biso mean--83.2 59.44 -
残基数----149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6421648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.799460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRefine-ID
2.277-2.60.326117X-RAY DIFFRACTION
2.6-3.280.3171122X-RAY DIFFRACTION
3.28-40.870.1655126X-RAY DIFFRACTION
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.05640.97521.12696.144-0.26189.5254-0.01760.07390.1541-0.0534-0.0032-0.0442-0.31130.3060.05470.22720.00230.01840.3120.00320.387510.358541.72556.0448
28.1192-1.4693-0.84135.0523-1.15336.08-0.0197-0.0727-0.24580.01440.0866-0.0616-0.00380.1871-0.10.2815-0.06890.00550.25270.00460.3611-5.792731.234414.872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB2 - 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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