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- PDB-4rfn: Crystal structure of ADCC-potent Rhesus macaque ANTIBODY JR4 in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rfn
タイトルCrystal structure of ADCC-potent Rhesus macaque ANTIBODY JR4 in complex with HIV-1 CLADE A/E GP120 and M48
要素
  • FAB HEAVY CHAIN OF ADCC ANTI-HIV-1 ANTIBODY JR4
  • FAB LIGHT CHAIN OF ADCC ANTI-HIV-1 ANTIBODY JR4
  • HIV-1 CLADE A/E 93TH057 (H375S) GP120
  • T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 mimetic M48
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 GP120 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Cocrystal Structures of Antibody N60-i3 and Antibody JR4 in Complex with gp120 Define More Cluster A Epitopes Involved in Effective Antibody-Dependent Effector Function against HIV-1.
著者: Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Acharya, P. / Yu, L. / Liu, T. / Zhao, P. / Orlandi, C. / Visciano, M.L. / Kamin-Lewis, R. / Sajadi, M.M. / Martin, L. / Robinson, J.E. / Kwong, P.D. / DeVico, A. ...著者: Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Acharya, P. / Yu, L. / Liu, T. / Zhao, P. / Orlandi, C. / Visciano, M.L. / Kamin-Lewis, R. / Sajadi, M.M. / Martin, L. / Robinson, J.E. / Kwong, P.D. / DeVico, A.L. / Ray, K. / Lewis, G.K. / Pazgier, M.
履歴
登録2014年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年6月2日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: HIV-1 CLADE A/E 93TH057 (H375S) GP120
H: FAB HEAVY CHAIN OF ADCC ANTI-HIV-1 ANTIBODY JR4
L: FAB LIGHT CHAIN OF ADCC ANTI-HIV-1 ANTIBODY JR4
M: T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 mimetic M48
A: HIV-1 CLADE A/E 93TH057 (H375S) GP120
B: FAB HEAVY CHAIN OF ADCC ANTI-HIV-1 ANTIBODY JR4
C: FAB LIGHT CHAIN OF ADCC ANTI-HIV-1 ANTIBODY JR4
D: T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 mimetic M48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,32626
ポリマ－179,3448
非ポリマー3,98218
水00
1
G: HIV-1 CLADE A/E 93TH057 (H375S) GP120
H: FAB HEAVY CHAIN OF ADCC ANTI-HIV-1 ANTIBODY JR4
L: FAB LIGHT CHAIN OF ADCC ANTI-HIV-1 ANTIBODY JR4
M: T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 mimetic M48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,66313
ポリマ－89,6724
非ポリマー1,9919
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area34240 Å2
手法PISA
2
A: HIV-1 CLADE A/E 93TH057 (H375S) GP120
B: FAB HEAVY CHAIN OF ADCC ANTI-HIV-1 ANTIBODY JR4
C: FAB LIGHT CHAIN OF ADCC ANTI-HIV-1 ANTIBODY JR4
D: T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 mimetic M48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,66313
ポリマ－89,6724
非ポリマー1,9919
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10010 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area34150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.255, 77.827, 127.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.26, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

-
要素

#1: タンパク質 HIV-1 CLADE A/E 93TH057 (H375S) GP120


分子量: 39160.367 Da / 分子数: 2 / 変異: H375S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 env / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31*PLUS
#2: 抗体 FAB HEAVY CHAIN OF ADCC ANTI-HIV-1 ANTIBODY JR4


分子量: 24847.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル)
遺伝子: Fab heavy chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 FAB LIGHT CHAIN OF ADCC ANTI-HIV-1 ANTIBODY JR4


分子量: 22719.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル)
遺伝子: Fab light chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質・ペプチド T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 mimetic M48


分子量: 2944.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: M48 is an engineered CD4 mimetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE DENSITY ALONG WITH THE BIOCHEMICAL DATA SUPPORT THE INCLUSION OF THE NAG'S IN CHAINS A AND G ...THE DENSITY ALONG WITH THE BIOCHEMICAL DATA SUPPORT THE INCLUSION OF THE NAG'S IN CHAINS A AND G EVEN THOUGH THE NAGS HAVE POOR ELECTRON DENSITY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月16日 / 詳細: RH coated flat mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→50 Å / Num. obs: 33553 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3.17→3.23 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.871 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4RFE for JR4, PDB entry 4H8W for gp120, PDB entry 2I5Y for M48

4rfe

4h8w

2i5y


解像度: 3.21→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.884 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.81 / SU B: 124.273 / SU ML: 0.848 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.686 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33226 1643 5 %RANDOM
Rwork0.27335 ---
obs0.27623 30928 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.681 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.72 Å2-0 Å21.18 Å2
2--0.49 Å2-0 Å2
3---4.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12086 0 252 0 12338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01912656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1481.96717104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.794327036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.39251528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.23425.082488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.792152014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4721536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02113792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5412.3476305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.542.3466303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9813.5247746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.877.1297861
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1032.666345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4514.7926379
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.7677.1769437
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.66845.20350998
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.66845.20350999
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.21→3.291 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 123 -
Rwork0.359 2269 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7918-0.0234-1.12832.61310.3274.9884-0.03990.02680.00870.43110.05430.66720.6622-0.6802-0.01441.918-0.06050.17510.28660.02490.175823.0046-14.748623.927
21.69030.4931.38812.1753-0.10274.25580.0171-0.1055-0.05050.2942-0.0771-0.6641-0.51580.6290.061.948-0.0512-0.00980.27190.02920.2188-22.116421.841224.4082
314.95551.6464-11.75492.2904-1.56839.28590.33970.28710.3846-0.48480.00950.6343-0.1205-0.297-0.34921.2173-0.00350.04331.0504-0.05861.17958.72641.161732.2408
44.8057-0.80137.30141.8986-0.927811.14690.05710.1099-0.0808-0.45670.2117-0.8029-0.04190.2461-0.26881.0487-0.00710.06271.0706-0.00071.1033-8.13535.757532.6422
51.03330.51890.45942.14141.53066.16170.00310.16240.0903-0.17360.10810.19020.01190.2406-0.11121.50560.0667-0.02440.05580.02260.040135.6654-12.5407-28.7499
61.27690.3780.07532.2206-2.26277.22420.08430.2565-0.1573-0.15120.1807-0.0572-0.0318-0.0776-0.2651.26850.10920.18160.1394-0.04340.0684-36.534419.8846-27.9763
70.7871-0.08480.00121.18220.26656.15090.04530.1904-0.03580.0389-0.0092-0.28330.40390.7048-0.03611.44670.1333-0.03860.2454-0.02620.078844.2041-26.6513-26.6783
80.6423-0.16270.09812.160.33984.7781-0.03010.2642-0.03960.10060.12820.45-0.3678-0.6581-0.0981.53460.18050.21940.31260.07280.1234-44.418834.0888-25.2176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G44 - 492
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 492
3X-RAY DIFFRACTION3M2 - 27
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 27
5X-RAY DIFFRACTION5H1 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 212
7X-RAY DIFFRACTION7L3 - 208
8X-RAY DIFFRACTION8C3 - 208

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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