[日本語] English
万見
- PDB-4rdx: Structure of histidinyl-tRNA synthetase in complex with tRNA(His) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rdx
タイトルStructure of histidinyl-tRNA synthetase in complex with tRNA(His)
要素
  • Histidine--tRNA ligase
  • tRNA(his)
キーワードLIGASE/RNA / aminoacyl-tRNA synthetase / classII aaRS / aminoacylation / histidine / tRNA / LIGASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / HISTIDINE / : / RNA / RNA (> 10) / Histidine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Xie, W. / Tian, Q. / Wang, C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for recognition of G-1-containing tRNA by histidyl-tRNA synthetase
著者: Tian, Q. / Wang, C. / Liu, Y. / Xie, W.
履歴
登録2014年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histidine--tRNA ligase
C: tRNA(his)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0954
ポリマ－72,5922
非ポリマー5032
水1,36976
1
A: Histidine--tRNA ligase
C: tRNA(his)
ヘテロ分子

A: Histidine--tRNA ligase
C: tRNA(his)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,1918
ポリマ－145,1844
非ポリマー1,0074
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_577x,-y+2,-z+21
Buried area18510 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area53540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.061, 159.703, 123.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Histidine--tRNA ligase / Histidyl-tRNA synthetase / HisRS


分子量: 47264.129 Da / 分子数: 1 / 断片: histidinyl-tRNA synthetase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: hisS, TT_C0360 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62374, histidine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 tRNA(his)


分子量: 25327.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: GenBank: 46197919
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.5
詳細: 5% PEG4000, 0.1M NaOAc pH4.5, EVAPORATION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 27434 / Num. obs: 27099 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 48.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.55→2.55 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2692 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H4V and 3WC1

1h4v

3wc1


解像度: 2.55→29.469 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / σ(I): 2.6 / 位相誤差: 33.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2617 1362 5.04 %5.04% of the reflections
Rwork0.2073 ---
obs0.21 27018 97.86 %-
all-27018 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3217 1654 34 76 4981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87349
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6152220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048866
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004667
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.55-2.64020.43731140.345232989
2.6402-2.74580.33691420.3018255999
2.7458-2.87070.32281440.26982574100
2.8707-3.02190.31671330.25312612100
3.0219-3.2110.28781270.2216258699
3.211-3.45860.24891470.19912584100
3.4586-3.8060.23861240.17382618100
3.806-4.35520.22581490.1737258599
4.3552-5.48130.21741360.1788261798
5.4813-29.4710.25831460.2074259294
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4002-0.4953-0.37472.4031-0.80111.63450.0261-0.05710.1646-0.1898-0.05420.092-0.29520.03280.07070.569-0.0023-0.02570.4183-0.0240.2737.2996158.9661129.3146
25.46-1.16971.16975.0296-1.42244.97360.00870.1872-0.5253-0.1250.44090.95370.0257-0.5118-0.19950.5780.0373-0.01420.4228-0.02080.490119.3135152.4888125.5182
31.7075-0.7291-0.05713.0984-0.20621.52660.0450.0906-0.1073-0.2966-0.12660.13060.08620.01220.10950.4471-0.0011-0.00590.3991-0.01360.267734.9927146.2112131.3197
43.49852.6896-1.42784.7875-1.61592.06180.3375-0.6435-0.14670.151-0.3192-0.2314-0.05720.43070.08670.5829-0.017-0.01010.54230.04060.27342.6018147.2224145.3436
50.6199-0.46241.01887.47520.61882.2513-0.2582-0.1139-0.13470.66710.34471.51120.0602-0.4036-0.01850.5902-0.0330.14540.56940.11780.613416.8417138.0021155.8546
67.01421.3307-4.07577.15431.32077.80830.27780.9740.6975-0.39320.12530.5215-0.4634-0.5573-0.11050.86310.1065-0.06210.72070.08110.669713.5538146.9892152.9698
73.86261.4663-1.39353.4044-0.45773.87490.05560.09990.60860.105-0.2723-0.119-0.3034-0.1301-0.18240.71870.06350.07170.48280.06340.523822.0578147.0966158.3262
83.2620.6007-2.62960.651-0.15192.40360.0727-0.187-0.19790.3069-0.04420.07030.26810.0050.17180.6576-0.00820.00360.37340.04540.35534.9748136.036148.8448
99.00246.4931-2.74482.0052-1.19072.15430.257-1.16130.88950.9255-0.1217-0.1209-0.78520.4221-0.61721.17680.08650.01210.520.01270.313240.1058155.9702149.6839
101.0715-0.5462-0.49851.019-1.00024.15990.0361-0.1415-0.02290.4836-0.1371-0.06860.0380.16030.03820.48410.03910.06040.38360.04720.310437.0869150.962137.7076
116.4162-0.23651.10131.7237-3.04767.23350.1623-0.2365-0.10810.6411-0.123-0.0754-0.26940.0362-0.01230.5483-0.0979-0.0230.4075-0.01740.318353.9885186.0871116.8061
126.78031.4996-0.18026.9103-0.87649.68760.3968-0.5218-0.00860.7283-0.1986-0.8258-0.8470.4207-0.01410.5963-0.1024-0.16790.5531-0.03670.494663.592187.0863118.7687
13-0.12760.05380.0534-0.04190.01920.0086-0.2718-0.00260.72670.8833-0.27010.2157-0.942-0.167100.44420.11160.31440.3368-0.07040.198318.641170.617149.904
140.08620.03810.23050.19420.05110.09990.0514-0.68730.31330.2511-0.09920.09970.2662-0.5347-00.65060.16980.08760.8174-0.06530.622829.7519189.2896147.5049
15-0.024-0.0023-0.04420.0404-0.0279-0.0246-0.2717-0.2801-0.32730.1762-0.1287-0.3854-0.4284-0.499900.5112-0.08270.08080.19480.01820.549624.4151200.9197149.5561
16-0.01940.0023-0.01530.00660.0012-0.0024-0.21180.070.30950.0207-0.063-0.2551-0.11070.184400.8824-0.00610.26280.65030.17311.102142.802193.7463134.5269
170.0012-0.00070.0017-0.00330.00310.0029-0.12670.009-0.01480.0412-0.00940.1892-0.01730.0324-02.22510.1448-0.18912.2082-0.26211.53453.865206.9718128.7582
18-0.00190.0245-0.0338-0.01660.04340.00510.0285-0.4699-0.0196-0.062-0.02140.06310.21930.19101.0018-0.2290.02210.6234-0.06740.601858.3723197.1375131.757
19-0.00810.01650.0013-0.0028-0.00430.00280.0779-0.090.14960.1179-0.0306-0.1623-0.16170.018201.27620.08630.05840.84960.12811.279339.6156202.6903134.9231
200.0052-0.0038-0.0228-0.00270.00510.0085-0.04610.160.1556-0.3676-0.31340.17930.03750.045700.64970.13570.28080.54220.15930.641625.169193.8515137.4113
21-0.0806-0.0543-0.223-0.0030.101-0.1548-0.09150.1754-0.05470.3356-0.88720.67270.14860.233100.56030.13760.37940.2747-0.16850.485811.527190.5592148.4805
22-0.0158-0.01670.11240.0028-0.0533-0.00060.1183-0.04960.00730.1852-0.16380.1747-0.2797-0.2585-00.71020.04510.05680.3445-0.0060.394622.5096163.3578145.0847
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:48 )A2 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 49:81 )A49 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 82:147 )A82 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 148:169 )A148 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 170:192 )A170 - 192
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 193:200 )A193 - 200
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 201:218 )A201 - 218
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 219:270 )A219 - 270
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 271:275 )A271 - 275
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 276:326 )A276 - 326
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 327:369 )A327 - 369
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 370:421 )A370 - 421
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 1:7 )C1 - 7
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 8:17 )C8 - 17
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 18:23 )C18 - 23
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 24:29 )C24 - 29
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 30:33 )C30 - 33
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 34:40 )C34 - 40
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 41:44 )C41 - 44
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 45:48 )C45 - 48
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND RESID 49:65 )C49 - 65
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN C AND RESID 66:76 )C66 - 76

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る