PDB-4r57: Crystal structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibrio c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r57

タイトル

Crystal structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibrio cholerae in complex with acetyl-CoA

要素

Spermidine n1-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / acetyl coenzyme A / spermidine

機能・相同性

機能・相同性情報

spermidine catabolic process / spermine catabolic process / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / polyamine catabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.079 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Shuvalova, L. / Kuhn, M.L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: A Novel Polyamine Allosteric Site of SpeG from Vibrio cholerae Is Revealed by Its Dodecameric Structure.
著者: Filippova, E.V. / Kuhn, M.L. / Osipiuk, J. / Kiryukhina, O. / Joachimiak, A. / Ballicora, M.A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月27日	Group: Refinement description
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	4jjxC 4mhdC 4mi4C 4nczC 4r87C 3eg7 PDB 未公開エントリS 4jly 5cnp C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4r87-3 3wr7-1 4r87-2 4r87-1 7ky3-1 4mhd-1 6e1x-1 4mj8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp01616

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

D: Spermidine n1-acetyltransferase

E: Spermidine n1-acetyltransferase

F: Spermidine n1-acetyltransferase

G: Spermidine n1-acetyltransferase

H: Spermidine n1-acetyltransferase

I: Spermidine n1-acetyltransferase

J: Spermidine n1-acetyltransferase

K: Spermidine n1-acetyltransferase

L: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

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1

A: Spermidine n1-acetyltransferase

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C: Spermidine n1-acetyltransferase

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A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

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2

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F: Spermidine n1-acetyltransferase

G: Spermidine n1-acetyltransferase

H: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

E: Spermidine n1-acetyltransferase

F: Spermidine n1-acetyltransferase

G: Spermidine n1-acetyltransferase

H: Spermidine n1-acetyltransferase

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3

I: Spermidine n1-acetyltransferase

J: Spermidine n1-acetyltransferase

K: Spermidine n1-acetyltransferase

L: Spermidine n1-acetyltransferase

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I: Spermidine n1-acetyltransferase

J: Spermidine n1-acetyltransferase

K: Spermidine n1-acetyltransferase

L: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

I: Spermidine n1-acetyltransferase

J: Spermidine n1-acetyltransferase

K: Spermidine n1-acetyltransferase

L: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

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261 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	176.732, 176.732, 67.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

#1: タンパク質	Spermidine n1-acetyltransferase 分子量: 20975.646 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0947 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q9KL03
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium Chloride, 20 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月6日 / 詳細: Beryllium lenses

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.224
1	1	-K, -H, -L	2	0.274
1	1	K, H, -L	3	0.292
1	1	-h,-k,l	4	0.209

反射

解像度: 2.079→40.6 Å / Num. all: 140107 / Num. obs: 140107 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 38.1

反射シェル

解像度: 2.079→2.12 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0069	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EG7

3eg7
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.079→40.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 8.403 / SU ML: 0.119 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23957	7188	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17064	-	-	-
obs	0.17417	132888	99.42 %	-
all	-	132888	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.079→40.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17191	0	643	278	18112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	18364
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	17094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.755	1.975	24887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.884	3	39048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.42	5	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.185	24.037	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.492	15	3120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.987	15	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	20775
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4785
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.109	2.828	8187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.092	2.825	8174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.025	4.224	10217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.025	4.224	10218
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.178	3.185	10177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.178	3.185	10177
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.238	4.737	14671
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.376	24.157	20992
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.376	24.157	20993
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.079→2.133 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	558	-
R_work	0.172	9539	-
obs	-	-	97.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7075	0.3221	-1.28	0.8061	-0.29	2.4472	-0.0313	-0.0266	-0.0136	-0.3138	0.0097	-0.0345	-0.0518	0.0529	0.0216	0.162	-0.013	-0.0218	0.0097	0.0259	0.116	150.5657	101.8947	-23.6164
2	1.6156	-0.7072	-0.0696	1.7297	1.318	1.1704	0.0863	-0.1986	0.1608	0.016	-0.0649	-0.0877	0.0465	-0.1276	-0.0214	0.0302	0.0082	0.0152	0.1105	-0.0011	0.0299	146.0869	116.1442	-16.7666
3	0.403	0.0357	-0.4857	0.3581	-0.1219	0.6212	0.0325	-0.0768	0.0025	-0.1134	-0.0149	0.0341	-0.0004	0.058	-0.0176	0.0733	-0.0192	-0.005	0.094	0.026	0.0344	150.575	100.7648	-14.4331
4	0.189	-0.0433	-0.0275	0.6691	0.021	0.0049	0.0397	0.0106	-0.0236	-0.0517	-0.0421	0.0659	-0.0113	-0.0062	0.0024	0.0813	0.0027	-0.0245	0.0838	0.0238	0.0538	134.8118	104.3099	-13.257
5	0.2121	0.2264	-0.3641	0.2635	-0.4189	0.6672	-0.0171	0.0689	0.0228	0.0134	0.0396	0.0067	-0.0143	-0.0738	-0.0225	0.0478	-0.0293	-0.0487	0.0906	-0.0146	0.13	163.717	79.4293	-23.4633
6	2.9318	0.9288	0.1134	0.3519	-0.4035	3.3625	0.0542	0.0526	-0.0258	-0.0131	0.0098	-0.0026	0.2369	0.043	-0.064	0.0381	0.0007	-0.0359	0.0497	0.0207	0.0935	149.1701	82.495	-16.6953
7	0.7317	-0.6143	0.1963	0.6645	-0.347	0.3136	0	0.0058	0.076	0.0441	0.0942	-0.0067	-0.007	-0.1352	-0.0942	0.0749	0.0033	-0.0352	0.0817	0.0516	0.0867	164.8493	78.9209	-14.3914
8	0.7276	0.1335	0.1085	0.0256	0.0205	0.0172	-0.0122	0.107	-0.0545	0.0061	0.02	-0.0098	0.0046	0.0092	-0.0077	0.0791	-0.0265	-0.0265	0.0793	0.004	0.0675	153.6071	67.2433	-13.1907
9	0.1806	-0.0067	0.5515	0.9774	0.2553	1.8041	0.044	-0.009	0.0284	0.1167	-0.1163	-0.117	0.1265	-0.0586	0.0724	0.0622	-0.0266	0.0095	0.0314	-0.0018	0.1019	152.0242	110.3413	21.9631
10	0.4529	-0.0288	0.0025	1.6079	2.1643	2.9231	-0.0228	0.3027	-0.2122	-0.0455	-0.1309	0.1238	-0.0828	-0.1398	0.1538	0.0762	-0.0106	-0.0016	0.2422	-0.1072	0.1623	143.1206	98.0122	15.0691
11	1.2124	-0.564	0.3149	0.3356	-0.0386	0.2417	-0.0033	0.1037	0.0366	0.0533	-0.041	0.0036	0.0711	0.0379	0.0444	0.0969	-0.0065	0.0251	0.0596	0.0205	0.0334	152.3944	111.394	12.7789
12	0.1872	0.1984	-0.0897	0.3023	0.1124	0.5261	0.0455	-0.004	0.0155	0.0588	-0.0381	0.0237	-0.0085	-0.0478	-0.0074	0.0317	-0.009	0.0222	0.0889	0.0241	0.0904	136.3374	112.512	11.5072
13	0.3316	-0.4677	0.5209	0.6698	-0.7263	0.8262	-0.0255	0.0006	0.0142	0.0456	0.0267	-0.0405	-0.0423	0.0189	-0.0011	0.0222	0.0054	-0.0199	0.065	-0.0211	0.1555	157.1616	84.7833	21.9795
14	2.2268	1.8194	-0.1467	2.7358	0.5072	0.3297	0.1584	0.2782	0.0159	0.2439	-0.0435	-0.1972	0.0256	-0.1572	-0.1149	0.0932	0.0201	-0.0064	0.1354	0.0243	0.0561	163.2642	71.0978	15.0632
15	0.8756	-0.1543	1.1947	0.1928	0.0486	2.0529	-0.0043	0.0025	0.0965	-0.0055	-0.0259	-0.0676	0.0037	-0.0639	0.0302	0.0605	-0.0188	-0.0296	0.0542	0.0333	0.0733	156.4658	85.6842	12.7236
16	0.3035	-0.1068	-0.1893	0.4768	0.0866	0.3493	-0.0113	-0.002	-0.043	0.1	0.0118	0.018	0.0166	-0.0477	-0.0004	0.0749	-0.0379	-0.0111	0.0718	0.0268	0.0462	147.3732	72.1962	11.532
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30	2.9919	-1.7316	0.0293	1.042	-0.2548	2.3806	0.078	0.0634	0.203	0.0182	0.0162	-0.162	-0.3873	-0.2505	-0.0941	0.1204	0.0495	-0.0434	0.074	-0.0644	0.2064	108.5916	77.9757	-22.5099
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45	1.0935	-0.2542	1.3855	0.0668	-0.3393	1.798	0.0017	0.1348	0.1173	-0.0239	-0.0573	0.0033	0.0734	0.1752	0.0556	0.088	0.0145	-0.0706	0.1034	0.0203	0.1612	83.1526	127.6542	-18.6582
46	1.1899	-0.6708	-0.0317	2.7838	2.7432	3.0897	-0.0865	0.2776	0.1244	0.2991	0.0329	-0.0342	0.2814	0.1945	0.0536	0.0428	-0.0031	0.0069	0.096	0.0091	0.13	68.3413	125.9715	-11.8143
47	0.471	-0.7377	0.0316	1.283	-0.4592	1.356	0.0324	0.0225	0.0224	-0.0299	-0.0184	-0.045	-0.0336	-0.0672	-0.0141	0.0444	-0.0385	-0.0253	0.0649	-0.0001	0.0685	84.1835	127.5685	-9.4222
48	0.1914	-0.091	0.0836	0.1157	0.1739	0.7013	0.0322	0.0717	-0.04	-0.0044	-0.0041	0.0254	0.039	0.0871	-0.0281	0.0636	0.0126	-0.0242	0.0916	-0.004	0.0657	77.4219	113.0025	-8.33

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	37 - 81
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	82 - 171
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 22
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	23 - 36
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	37 - 81
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	82 - 170
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	2 - 22
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	23 - 36
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	37 - 81
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	82 - 171
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	2 - 22
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	23 - 36
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	37 - 81
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	82 - 170
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	2 - 22
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	23 - 36
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	37 - 81
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	82 - 171
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	2 - 22
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	23 - 36
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	37 - 81
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	82 - 170
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	2 - 22
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	23 - 36
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	37 - 81
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	82 - 171
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	2 - 22
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	23 - 36
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	37 - 81
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	82 - 170
33	X-RAY DIFFRACTION	33	I	2 - 22
34	X-RAY DIFFRACTION	34	I	23 - 36
35	X-RAY DIFFRACTION	35	I	37 - 81
36	X-RAY DIFFRACTION	36	I	82 - 170
37	X-RAY DIFFRACTION	37	J	2 - 22
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47	X-RAY DIFFRACTION	47	L	37 - 81
48	X-RAY DIFFRACTION	48	L	82 - 170

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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