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万見
- PDB-4r50: Crystal Structure of CNG mimicking NaK-ETPP mutant cocrystallized... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r50
タイトルCrystal Structure of CNG mimicking NaK-ETPP mutant cocrystallized with Li+
要素Potassium channel protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Alpha helical membrane protein / chimera channel
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Potassium channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者De March, M. / Napolitano, L.M.R. / Onesti, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: A structural, functional, and computational analysis suggests pore flexibility as the base for the poor selectivity of CNG channels.
著者: Napolitano, L.M. / Bisha, I. / De March, M. / Marchesi, A. / Arcangeletti, M. / Demitri, N. / Mazzolini, M. / Rodriguez, A. / Magistrato, A. / Onesti, S. / Laio, A. / Torre, V.
履歴
登録2014年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8229
ポリマ－21,2532
非ポリマー5697
水86548
1
A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,28736
ポリマ－85,0128
非ポリマー2,27428
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_664-x+1,-y+1,z-11
crystal symmetry operation3_654-y+1,x,z-11
crystal symmetry operation4_564y,-x+1,z-11
Buried area15630 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area33030 Å2
手法PISA
2
A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,88020
ポリマ－42,5064
非ポリマー1,37316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area16110 Å2
手法PISA
3
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,40716
ポリマ－42,5064
非ポリマー90112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.570, 67.570, 88.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21A-316-

HOH

31A-317-

HOH

41A-323-

HOH

51A-324-

HOH

61A-325-

HOH

71B-301-

HOH

81B-302-

HOH

91B-303-

HOH

101B-312-

HOH

111B-320-

HOH

121B-321-

HOH

131B-322-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 22 - 109 / Label seq-ID: 5 - 92

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細Tetrameric channel with filter on the 4-fold axis.

-
要素

#1: タンパク質 Potassium channel protein


分子量: 10626.555 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 20-110 / 変異: D66E, G67T, N68P, F69P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: BC_0669 / プラスミド: pQE60 / 細胞株 (発現宿主): XL1-Blue / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81HW2
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE AUTHORS STATE THAT THE LITHIUM ION COULD BE AT THE BRIDGE OF TWO WATER MOLECULES IN THE CENTRAL ...THE AUTHORS STATE THAT THE LITHIUM ION COULD BE AT THE BRIDGE OF TWO WATER MOLECULES IN THE CENTRAL CAVITY OF THE K-CHANNELS. SINCE IT HAS ONLY 3 ELECTRONS THE RESOLUTION IS NOT SUFFICIENT TO DETERMINE ITS POSITION WITH A HIGH DEGREE OF RELIABILITY. THEREFORE, ONLY THE TWO WATER MOLECULES WERE INCLUDED IN THE COORDINATES.

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 40-70% MPD, 20-100mM Glycine, pH 6.5 - 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
PH範囲: 6.5 - 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月8日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -H,K,-L / Fraction: 0.4761
反射解像度: 2.85→33.81 Å / Num. obs: 4692 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(F): 1.9 / Observed criterion σ(I): 1.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.85-33.780.1485.1199.9
2.85-30.3811.91100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ElettraXRD1 softwareデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K0D: chain A without filter and solvent

3k0d


解像度: 2.85→33.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 17.387 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.319
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18295 480 10.2 %RANDOM
Rwork0.12505 ---
obs0.13103 4212 99.85 %-
all-4692 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.082 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→33.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1371 0 38 48 1457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021441
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9991969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03333187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0195181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.9822.95544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.59815202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg31.98153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02312
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0192.047748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.032.078729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6783.089921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8312.074693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4385 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 35 -
Rwork0.146 304 -
obs--99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.61490.9886-0.37823.20760.58790.207-0.02810.47410.0201-0.2867-0.04960.3428-0.0759-0.11290.07770.14820.0115-0.02680.2117-0.02130.039220.74230.98321.817
22.8765-0.48440.46561.45420.31911.68790.00280.0467-0.1405-0.1398-0.04890.12670.2064-0.07750.04610.1818-0.0428-0.00030.1926-0.04420.02326.91522.49466.646
30.85680.443-0.1010.2462-0.05970.01580.0722-0.47820.07420.0621-0.0906-0.0153-0.0061-0.01020.01840.55220.2995-0.22561.6366-0.44370.256723.56930.9451.556
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2B20 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3A202 - 204
4X-RAY DIFFRACTION3B201 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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