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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r4d | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Racemic crystal structure of a magnesium-bound B-DNA duplex | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / racemic DNA / racemates | 機能・相同性 | DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Kauffmann, B. / Huc, I. | ![]() ![]() タイトル: Racemic DNA crystallography. 著者: Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Kauffmann, B. / Huc, I. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 403.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 405.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: B-DNA duplex / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1 mM DNA, 50 mM sodium cacodylate, 200 mM magnesium chloride, 2.5 mM spermine, 30% v/v MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9998 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.29→43.54 Å / Num. all: 42395 / Num. obs: 38749 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 47.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 14.11 |
反射 シェル | 解像度: 1.29→1.37 Å / % possible all: 86.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3R86 解像度: 1.29→43.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.747 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.519 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.29→43.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.29→1.326 Å / Total num. of bins used: 20
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