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万見
- PDB-3r86: Crystal structure of d(CCGGTACCGG)2 as B-DNA duplex grown with 5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r86
タイトルCrystal structure of d(CCGGTACCGG)2 as B-DNA duplex grown with 5 mM CoCl2
要素DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
キーワードDNA / Duplex
機能・相同性: / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Venkadesh, S. / Mandal, P.K. / Gautham, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of d(CCGGTACCGG)2 as B-DNA duplex
著者: Venkadesh, S. / Mandal, P.K. / Gautham, N.
履歴
登録2011年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2695
ポリマ－6,0922
非ポリマー1773
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area3810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.756, 32.756, 93.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1mM DNA, 50mM Sodium Cacodylate buffer, 5mM CoCl2,1mM Spermine, 50% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.604 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月7日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.604 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.485
11h+k,-k,-l20.515
反射解像度: 2.8→28.4 Å / Num. all: 1410 / Num. obs: 1382 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 67.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.803→2.873 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 77 / Rsym value: 0.402 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
AUTOMARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: B-DNA fiber model

解像度: 2.8→28.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 21.376 / SU ML: 0.384 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27001 72 5.2 %RANDOM
Rwork0.26004 ---
all0.27561 1410 --
obs0.27561 1310 97.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.978 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.96 Å20 Å20 Å2
2---7.96 Å20 Å2
3---15.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 3 11 418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.021452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.93694
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1830.278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02210
LS精密化 シェル解像度: 2.803→2.875 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.892 7 -
Rwork0.655 77 -
obs-77 84.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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