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- PDB-4r20: Zebra fish cytochrome P450 17A2 with Abiraterone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r20
タイトルZebra fish cytochrome P450 17A2 with Abiraterone
要素Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Abiraterone / zebrafish / P450 17A1 / 17(alpha)-hydroylation / lysase reaction / steroid biosynthesis / enzyme kinetics
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / hormone biosynthetic process / progesterone metabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Abiraterone / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Kinetic Basis of Steroid 17 alpha, 20-Lyase Activity in Teleost Fish Cytochrome P450 17A1 and Its Absence in Cytochrome P450 17A2.
著者: Pallan, P.S. / Nagy, L.D. / Lei, L. / Gonzalez, E. / Kramlinger, V.M. / Azumaya, C.M. / Wawrzak, Z. / Waterman, M.R. / Guengerich, F.P. / Egli, M.
履歴
登録2014年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22016年6月1日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年11月22日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2
B: Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,22711
ポリマ－108,2922
非ポリマー2,9359
水25214
1
A: Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7146
ポリマ－54,1461
非ポリマー1,5685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5135
ポリマ－54,1461
非ポリマー1,3674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.010, 79.770, 95.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2


分子量: 54146.156 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-495 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
プラスミド: CYP17A2/pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: A7U483
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-AER / Abiraterone / (3S,8R,9S,10R,13S,14S)-10,13-dimethyl-17-pyridin-3-yl-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15-decahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-3-ol / アビラテロン


分子量: 349.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H31NO / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.5% (w/v) tryptone, 25 mM sodium HEPES, and 10% (w/v) polyethylene glycol 3,350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.00395 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月14日 / 詳細: Si(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→42.32 Å / Num. all: 19692 / Num. obs: 19689 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.785 / Mean I/σ(I) obs: 4.29 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2diffractometer software from EMBL (with LS-CAT developed extensions)データ収集
PHENIX(SAD)モデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHENIX(SAD)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.86→42.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 43.544 / SU ML: 0.452 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.527 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30514 1005 5.1 %RANDOM
Rwork0.22296 ---
obs0.22728 18674 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 88.132 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.99 Å2-0 Å2-2.68 Å2
2--0.72 Å2-0 Å2
3----4.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→42.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6398 0 143 14 6555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196676
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6752.0029118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.891314742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9095810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.70523.298285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.048151072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.141553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.126.9293270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.126.9273269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.57410.3754070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.57310.3774071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.27.2223406
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1997.2223407
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.67810.6535049
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.46565.16328182
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.46565.16228182
LS精密化 シェル解像度: 2.863→2.937 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 66 -
Rwork0.316 1342 -
obs--99.51 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.4402 Å / Origin y: 4.9884 Å / Origin z: 72.4692 Å
111213212223313233
T0.011 Å2-0.0119 Å20.0282 Å2-0.2126 Å20.031 Å2--0.1199 Å2
L1.1068 °2-0.0075 °21.2888 °2-0.2245 °20.0619 °2--1.5246 °2
S-0.0605 Å °0.0559 Å °-0.0174 Å °-0.0173 Å °0.0852 Å °-0.0587 Å °-0.0745 Å °0.0986 Å °-0.0247 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A55 - 482
2X-RAY DIFFRACTION1B53 - 482

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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