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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qvg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase SibL in its apo form | ||||||
要素 | SibL | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 S-adenosyl-L-methionine binding / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methyltransferase activity / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptosporangium sibiricum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, J.S. / Chen, S.C. / Huang, C.H. / Yang, C.S. / Chen, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015 タイトル: Structure and mechanism of an antibiotics-synthesizing 3-hydroxykynurenine C-methyltransferase 著者: Chen, S.C. / Huang, C.H. / Lai, S.J. / Liu, J.S. / Fu, P.K. / Tseng, S.T. / Yang, C.S. / Lai, M.C. / Ko, T.P. / Chen, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qvg.cif.gz | 262 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qvg.ent.gz | 215.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qvg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qvg_validation.pdf.gz | 458.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4qvg_full_validation.pdf.gz | 473.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4qvg_validation.xml.gz | 46 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qvg_validation.cif.gz | 63.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/4qvg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/4qvg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4u1qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38923.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptosporangium sibiricum (バクテリア) 遺伝子: sibL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0LTM6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.73 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 10%(v/v) Polyethylene glycol 200, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 9.0, 18%(w/v) Polyethylene glycol 8,000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 54894 / Num. obs: 54730 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.211 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4U1Q 解像度: 2.9→28.116 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→28.116 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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