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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qrk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative cell adhesion protein (CLOSPO_03726) from Clostridium sporogenes ATCC 15579 at 1.95 A resolution | ||||||
要素 | Hypothetical protein | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / Right-handed beta-helix / PF09922 family / DUF2154 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | Cell wall-active antibiotics response 4TMS YvqF / Uncharacterised protein DUF2154, N-terminal / Cell wall-active antibiotics response LiaF, C-terminal / N-terminal domain of toast_rack, DUF2154 / metal ion binding / 酢酸塩 / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium sporogenes ATCC 15579 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (CLOSPO_03726) from Clostridium sporogenes ATCC 15579 at 1.95 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qrk.cif.gz | 97.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qrk.ent.gz | 76.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qrk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/4qrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/4qrk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24107.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium sporogenes ATCC 15579 (バクテリア) 遺伝子: CLOSPO_03726, ZP_02996603.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: J7TBR0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.16M calcium acetate, 20.0% Glycerol, 14.4000% polyethylene glycol 8000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.95369,0.97939,0.97920 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月8日 詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.95→62.656 Å / Num. all: 23708 / Num. obs: 23708 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→62.656 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 19.75 / 立体化学のターゲット値: MLHL 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. CALCIUM (CA) AND ACETATE (ACT) IONS FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 137.85 Å2 / Biso mean: 39.8944 Å2 / Biso min: 16.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→62.656 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 20.2128 Å / Origin y: 12.9512 Å / Origin z: 15.7039 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain A and resseq 36:247) |