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- PDB-4qqr: Structural insight into nucleotide rhamnose synthase/epimerase-re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qqr
タイトルStructural insight into nucleotide rhamnose synthase/epimerase-reductase from Arabidopsis thaliana
要素3,5-epimerase/4-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA BARREL / Rossmann Fold / epimerase-reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-4-keto-6-deoxy-glucose-3,5-epimerase activity / UDP-4-keto-rhamnose-4-keto-reductase activity / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / UDP-rhamnose biosynthetic process / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / plasmodesma / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor ...UDP-4-keto-6-deoxy-glucose-3,5-epimerase activity / UDP-4-keto-rhamnose-4-keto-reductase activity / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / UDP-rhamnose biosynthetic process / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / plasmodesma / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / cell wall organization / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase/dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Han, X. / Liu, X.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural insight into nucleotide rhamnose synthase/epimerase-reductase from Arabidopsis thaliana
著者: Han, X. / Liu, X.
履歴
登録2014年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,5-epimerase/4-reductase
B: 3,5-epimerase/4-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,89312
ポリマ－67,2692
非ポリマー62510
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area23050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.589, 61.943, 176.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3,5-epimerase/4-reductase / F16P17.17 protein / Putative uncharacterized protein At1g63000 / UDP-4-keto-6-deoxy-d-glucose-3 / 5- ...F16P17.17 protein / Putative uncharacterized protein At1g63000 / UDP-4-keto-6-deoxy-d-glucose-3 / 5-epimerase-4-reductase 1


分子量: 33634.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g63000, ER, F16P17.17, NRS, NRS/ER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LQ04
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1mM ZnCl2, 1mM DTT and 0.1M Hepes pH 6.5. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1.2826 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 34737 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.7-4.131100
4.13-7.051100
7.05-501100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.3_928) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→41.779 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.68 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2652 3485 10.03 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
all0.247 ---
obs0.2051 34735 94.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.022 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3851 Å20 Å2-0 Å2
2--6.5156 Å2-0 Å2
3----7.9008 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4270 0 14 68 4352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1795899
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.961599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007748
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.603-2.63860.40121310.2668116889
2.6386-2.67630.36531370.2711122092
2.6763-2.71630.34271470.2531128395
2.7163-2.75870.3511470.2645125998
2.7587-2.80390.35311540.25971347100
2.8039-2.85230.30411420.25451309100
2.8523-2.90410.35671500.24161316100
2.9041-2.960.34041510.24751340100
2.96-3.02040.33331430.23961308100
3.0204-3.0860.33191540.24681360100
3.086-3.15780.32621420.21541294100
3.1578-3.23670.32011470.23091336100
3.2367-3.32420.24951500.19451332100
3.3242-3.4220.31671470.20631308100
3.422-3.53240.31031470.20481329100
3.5324-3.65860.3955950.200286395
3.6586-3.80490.2298770.23172994
3.8049-3.9780.25141440.206124195
3.978-4.18750.25881400.1681129298
4.1875-4.44960.19281420.1489130997
4.4496-4.79270.16981440.1351127097
4.7927-5.27420.20091430.1569130599
5.2742-6.03540.24061420.176131899
6.0354-7.59650.23931440.1903130198
7.5965-41.78470.21511250.2068111584

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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