PDB-4qqg: Crystal structure of an N-terminal HTATIP fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qqg

タイトル

Crystal structure of an N-terminal HTATIP fragment

要素

Histone acetyltransferase KAT5

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide crotonyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2A acetyltransferase activity / peptidyl-lysine acetylation / positive regulation of protein acetylation / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / piccolo histone acetyltransferase complex / Sensing of DNA Double Strand Breaks / histone H4K16 acetyltransferase activity / peptide butyryltransferase activity ...peptide crotonyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2A acetyltransferase activity / peptidyl-lysine acetylation / positive regulation of protein acetylation / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / piccolo histone acetyltransferase complex / Sensing of DNA Double Strand Breaks / histone H4K16 acetyltransferase activity / peptide butyryltransferase activity / lipid droplet disassembly / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / sperm DNA condensation / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / histone H4 acetyltransferase activity / Swr1 complex / positive regulation of circadian rhythm / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / regulation of double-strand break repair / positive regulation of innate immune response / positive regulation of aggrephagy / Cardiogenesis / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / neural tube development / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / positive regulation of regulatory T cell differentiation / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / protein-lysine-acetyltransferase activity / negative regulation of interleukin-2 production / response to ionizing radiation / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / mitotic spindle pole / DNA repair-dependent chromatin remodeling / NuA4 histone acetyltransferase complex / acetyltransferase activity / establishment of mitotic spindle orientation / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / spermatid development / positive regulation of myoblast differentiation / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / histone acetyltransferase activity / cellular response to glucose starvation / histone acetyltransferase / neurogenesis / positive regulation of autophagy / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / double-strand break repair via homologous recombination / nucleotide-excision repair / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / cellular response to glucose stimulus / cellular response to estradiol stimulus / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / G2/M DNA damage checkpoint / kinetochore / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / cellular senescence / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nucleosome / site of double-strand break / double-strand break repair / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of apoptotic process / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Liu, Y. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Dobrovetsky, E. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Structural and histone binding studies of the chromo barrel domain of TIP60.
著者: Zhang, Y. / Lei, M. / Yang, X. / Feng, Y. / Yang, Y. / Loppnau, P. / Li, Y. / Yang, Y. / Min, J. / Liu, Y.

履歴

登録	2014年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qqg.cif.gz	210.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qqg.ent.gz	170 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qqg_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qqg_full_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示
XML形式データ	4qqg_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	4qqg_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ekoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7jh1-d 4esr-1 1o5u-1 4c26-d 6wav-2 7klr-d 6v2s-2 6log-d 4efo-2 2kug-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (5) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (5)
#85 - 2007年1月
インポーチン (Importins)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (2)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone acetyltransferase KAT5

B: Histone acetyltransferase KAT5

C: Histone acetyltransferase KAT5

D: Histone acetyltransferase KAT5

E: Histone acetyltransferase KAT5

F: Histone acetyltransferase KAT5

G: Histone acetyltransferase KAT5

67.3 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone acetyltransferase KAT5

ソフトウェアが定義した集合体
9.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone acetyltransferase KAT5

ソフトウェアが定義した集合体
9.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Histone acetyltransferase KAT5

ソフトウェアが定義した集合体
9.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Histone acetyltransferase KAT5

ソフトウェアが定義した集合体
9.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Histone acetyltransferase KAT5

ソフトウェアが定義した集合体
9.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Histone acetyltransferase KAT5

ソフトウェアが定義した集合体
9.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Histone acetyltransferase KAT5

ソフトウェアが定義した集合体
9.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.544, 59.986, 101.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.650, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID	Beg label alt-ID
1	1	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	3 - 71	4 - 72
2	1	GLU	GLU	PRO	PRO	B	B	3 - 71	4 - 72
1	2	ALA	ALA	PHE	PHE	A	A	2 - 70	3 - 71
2	2	ALA	ALA	PHE	PHE	C	C	2 - 70	3 - 71	A
1	3	GLU	GLU	PHE	PHE	A	A	3 - 70	4 - 71
2	3	GLU	GLU	PHE	PHE	D	D	3 - 70	4 - 71
1	4	MET	MET	PHE	PHE	A	A	1 - 70	2 - 71
2	4	MET	MET	PHE	PHE	E	E	1 - 70	2 - 71
1	5	GLU	GLU	PHE	PHE	A	A	3 - 70	4 - 71
2	5	GLU	GLU	PHE	PHE	F	F	3 - 70	4 - 71
1	6	MET	MET	PHE	PHE	A	A	1 - 70	2 - 71
2	6	MET	MET	PHE	PHE	G	G	1 - 70	2 - 71
1	7	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	3 - 72	4 - 73
2	7	GLU	GLU	LYS	LYS	C	C	3 - 72	4 - 73
1	8	GLU	GLU	PRO	PRO	B	B	3 - 71	4 - 72
2	8	GLU	GLU	PRO	PRO	D	D	3 - 71	4 - 72
1	9	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	3 - 72	4 - 73
2	9	GLU	GLU	LYS	LYS	E	E	3 - 72	4 - 73
1	10	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	3 - 72	4 - 73
2	10	GLU	GLU	LYS	LYS	F	F	3 - 72	4 - 73
1	11	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	3 - 72	4 - 73
2	11	GLU	GLU	LYS	LYS	G	G	3 - 72	4 - 73
1	12	GLU	GLU	PHE	PHE	C	C	3 - 70	4 - 71
2	12	GLU	GLU	PHE	PHE	D	D	3 - 70	4 - 71
1	13	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	2 - 72	3 - 73	A
2	13	ALA	ALA	LYS	LYS	E	E	2 - 72	3 - 73
1	14	GLU	GLU	LYS	LYS	C	C	3 - 72	4 - 73
2	14	GLU	GLU	LYS	LYS	F	F	3 - 72	4 - 73
1	15	ALA	ALA	PRO	PRO	C	C	2 - 71	3 - 72	A
2	15	ALA	ALA	PRO	PRO	G	G	2 - 71	3 - 72
1	16	GLU	GLU	PHE	PHE	D	D	3 - 70	4 - 71
2	16	GLU	GLU	PHE	PHE	E	E	3 - 70	4 - 71
1	17	GLU	GLU	PHE	PHE	D	D	3 - 70	4 - 71
2	17	GLU	GLU	PHE	PHE	F	F	3 - 70	4 - 71
1	18	GLU	GLU	PHE	PHE	D	D	3 - 70	4 - 71
2	18	GLU	GLU	PHE	PHE	G	G	3 - 70	4 - 71
1	19	GLU	GLU	PRO	PRO	E	E	3 - 71	4 - 72
2	19	GLU	GLU	PRO	PRO	F	F	3 - 71	4 - 72
1	20	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 71	2 - 72
2	20	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 71	2 - 72
1	21	GLU	GLU	PRO	PRO	F	F	3 - 71	4 - 72
2	21	GLU	GLU	PRO	PRO	G	G	3 - 71	4 - 72

NCSアンサンブル:

詳細

AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Histone acetyltransferase KAT5 / 60 kDa Tat-interactive protein / Tip60 / Histone acetyltransferase HTATIP / HIV-1 Tat interactive ...60 kDa Tat-interactive protein / Tip60 / Histone acetyltransferase HTATIP / HIV-1 Tat interactive protein / Lysine acetyltransferase 5 / cPLA(2)-interacting protein 分子量: 9613.062 Da / 分子数: 7 / 断片: unp residues 1-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAT5, HTATIP, TIP60 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q92993, histone acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成

#1: タンパク質

Histone acetyltransferase KAT5 / 60 kDa Tat-interactive protein / Tip60 / Histone acetyltransferase HTATIP / HIV-1 Tat interactive ...

分子量: 9613.062 Da / 分子数: 7 / 断片: unp residues 1-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAT5, HTATIP, TIP60 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q92993, histone acetyltransferase

#2: 化合物

ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION

分子数: 13 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 20% PEG3350, 0.2 M calcium acetate. The protein sample may have been treated with trypsin, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 1.283 Å

検出器

タイプ: adsc q315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.283 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→42.26 Å / Num. obs: 12878 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	% possible all
2.8-2.95	3.7	0.565	2.8	6923	1879	99.9
8.85-42.26	3.4	0.034	24	1466	429	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.3.6	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2EKO

2eko

解像度: 2.8→99.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / WR_factor R_free: 0.2245 / WR_factor R_work: 0.1991 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7826 / SU B: 43.352 / SU ML: 0.378 / SU R Cruickshank DPI: 0.3992 / SU R_free: 0.4265 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: molecular replacement coordinates, based on an nmr model, were initially processed by the program phaser, before input to MOLREP. PARROT was used for NCS- and solvent-based density ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2595	771	6 %	THIN SHELLS (SFTOOLS)
R_work	0.2257	-	-	-
obs	0.2277	12868	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.49 Å² / B_iso mean: 36.3753 Å² / B_iso min: 2.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.69 Å²	0 Å²	-1.77 Å²
2-	-	3.72 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→99.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3956	0	13	0	3969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	4070
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	3853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.384	1.958	5520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.389	3	8806
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.196	5	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.814	23.713	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.27	15	694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.877	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4533
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.282	1.687	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.282	1.687	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.177	2.528	2437

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3693	0.11
1	2	B	3693	0.11
2	1	A	3837	0.1
2	2	C	3837	0.1
3	1	A	3800	0.1
3	2	D	3800	0.1
4	1	A	3878	0.11
4	2	E	3878	0.11
5	1	A	3594	0.11
5	2	F	3594	0.11
6	1	A	3723	0.13
6	2	G	3723	0.13
7	1	B	3796	0.09
7	2	C	3796	0.09
8	1	B	3732	0.08
8	2	D	3732	0.08
9	1	B	3734	0.09
9	2	E	3734	0.09
10	1	B	3544	0.1
10	2	F	3544	0.1
11	1	B	3580	0.11
11	2	G	3580	0.11
12	1	C	3681	0.11
12	2	D	3681	0.11
13	1	C	3903	0.08
13	2	E	3903	0.08
14	1	C	3652	0.1
14	2	F	3652	0.1
15	1	C	3669	0.11
15	2	G	3669	0.11
16	1	D	3731	0.09
16	2	E	3731	0.09
17	1	D	3576	0.1
17	2	F	3576	0.1
18	1	D	3641	0.11
18	2	G	3641	0.11
19	1	E	3610	0.11
19	2	F	3610	0.11
20	1	E	3723	0.12
20	2	G	3723	0.12
21	1	F	3593	0.12
21	2	G	3593	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	113	-
R_work	0.343	858	-
all	-	971	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7502	-1.0258	1.0512	1.5801	0.8601	6.7437	-0.2087	-0.0652	0.2557	-0.0233	0.0804	0.045	-0.3386	-0.0299	0.1283	0.1263	-0.013	-0.0087	0.016	0.0215	0.0637	36.268	30.3838	-3.9589
2	2.1332	-0.0113	3.6616	6.0278	-0.5189	8.3575	-0.0387	0.0194	0.2122	0.2553	0.0282	0.0579	-0.2643	-0.2108	0.0106	0.0924	0.0458	0.0126	0.0833	0.0037	0.1108	41.6444	1.5694	29.6134
3	6.5404	-0.1522	1.8432	3.2673	2.2871	7.3166	-0.0946	-0.2384	-0.2227	0.2698	-0.0083	-0.0264	0.3324	-0.0871	0.1029	0.1275	0.0206	0.0227	0.0842	0.0124	0.0669	12.5345	28.2248	54.1374
4	3.5811	-0.4246	2.0155	3.1497	-0.7547	5.0117	-0.0751	0.1804	0.1018	-0.4057	-0.0214	-0.128	-0.1185	0.4206	0.0965	0.1492	0.0142	-0.0194	0.2132	-0.1012	0.1453	26.1368	28.4324	23.3913
5	6.204	0.6602	1.1611	5.2684	0.7783	6.0549	-0.0788	-0.253	0.1504	0.3623	0.1945	0.0242	0.2181	0.2647	-0.1156	0.1755	0.0119	-0.0292	0.0388	-0.0158	0.0207	49.9184	27.2063	13.1172
6	6.9835	-1.047	1.6988	4.5588	-2.3681	6.0467	-0.0277	-0.0788	-0.2089	-0.14	-0.027	-0.1325	0.2281	0.2101	0.0546	0.0919	0.0156	0.0076	0.115	-0.0441	0.1396	25.7739	56.7966	15.0826
7	6.0683	1.4628	2.1082	5.5189	-1.954	2.8856	0.0151	-0.0783	-0.0617	0.1353	-0.015	0.0724	-0.1455	0.0235	-0	0.1527	0.001	0.0063	0.0994	-0.0404	0.0281	37.8325	31.0412	41.3517

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 71
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	0 - 72

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)