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- PDB-4efo: Crystal structure of the ubiquitin-like domain of human TBK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4efo
タイトルCrystal structure of the ubiquitin-like domain of human TBK1
要素Serine/threonine-protein kinase TBK1
キーワードTRANSFERASE / ubiquitin like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


IRF3 mediated activation of type 1 IFN / STAT6-mediated induction of chemokines / positive regulation of xenophagy / positive regulation of TORC2 signaling / dendritic cell proliferation / regulation of type I interferon production / T follicular helper cell differentiation / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN ...IRF3 mediated activation of type 1 IFN / STAT6-mediated induction of chemokines / positive regulation of xenophagy / positive regulation of TORC2 signaling / dendritic cell proliferation / regulation of type I interferon production / T follicular helper cell differentiation / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / Interleukin-37 signaling / cGAS/STING signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / TRAF6 mediated IRF7 activation / toll-like receptor 4 signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of macroautophagy / peptidyl-threonine phosphorylation / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type I interferon production / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of autophagy / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / antiviral innate immune response / positive regulation of TORC1 signaling / activation of innate immune response / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of interferon-beta production / Regulation of TNFR1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / phosphoprotein binding / macroautophagy / response to virus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / peptidyl-serine phosphorylation / TRAF3-dependent IRF activation pathway / protein phosphatase binding / defense response to virus / Potential therapeutics for SARS / nucleic acid binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / defense response to Gram-positive bacterium / protein phosphorylation / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TANK binding kinase 1, ubiquitin-like domain / TANK-binding kinase 1, coiled-coil domain 1 / TANK-binding kinase 1 coiled-coil domain 1 / TANK binding kinase 1 ubiquitin-like domain / : / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll ...TANK binding kinase 1, ubiquitin-like domain / TANK-binding kinase 1, coiled-coil domain 1 / TANK-binding kinase 1 coiled-coil domain 1 / TANK binding kinase 1 ubiquitin-like domain / : / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase TBK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.769 Å
データ登録者Li, J. / Li, J. / Miyahira, A. / Sun, J. / Liu, Y. / Cheng, G. / Liang, H.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the ubiquitin-like domain of human TBK1.
著者: Li, J. / Li, J. / Miyahira, A. / Sun, J. / Liu, Y. / Cheng, G. / Liang, H.
履歴
登録2012年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase TBK1
B: Serine/threonine-protein kinase TBK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8832
ポリマ－21,8832
非ポリマー00
水3,855214
1
A: Serine/threonine-protein kinase TBK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9421
ポリマ－10,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase TBK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9421
ポリマ－10,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.353, 47.785, 61.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase TBK1 / NF-kappa-B-activating kinase / T2K / TANK-binding kinase 1


分子量: 10941.543 Da / 分子数: 2 / 断片: ubiquitin-like domain, UNP RESIDUE 302-383 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBK1, NAK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UHD2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.1M BIS-TRIS,0.2M NaCl,21% PEG 3350, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月18日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.769→50 Å / Num. all: 19689 / Num. obs: 19650 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.769→30.857 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 1004 5.12 %
Rwork0.1695 --
obs0.1713 19627 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.159 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0962 Å2-0 Å22.0024 Å2
2--0.945 Å2-0 Å2
3---3.1512 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.769→30.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1401 0 0 214 1615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0151942
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.744521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004241
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7695-1.86270.25561340.1859260698
1.8627-1.97940.21181500.16812627100
1.9794-2.13220.2121510.15872656100
2.1322-2.34670.21571340.16662660100
2.3467-2.68610.22291310.18032690100
2.6861-3.38360.22051480.17552662100
3.3836-30.86190.17171560.15892722100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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