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- PDB-3fia: Crystal structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fia
タイトルCrystal structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 protein. Northeast Structural Genomics Consortium target HR3646e.
要素Intersectin-1
キーワードPROTEIN BINDING / Intersectin-1 / EH 1 domain / NESG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Alternative splicing / Calcium / Cell junction / Cell projection / Coiled coil / Endocytosis / Membrane / Phosphoprotein / SH3 domain / Synapse / Synaptosome
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / proline-rich region binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / endosomal transport / NRAGE signals death through JNK / intracellular vesicle / RHOQ GTPase cycle / exocytosis / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle ...clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / proline-rich region binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / endosomal transport / NRAGE signals death through JNK / intracellular vesicle / RHOQ GTPase cycle / exocytosis / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / clathrin-coated pit / EPHB-mediated forward signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / recycling endosome / intracellular protein localization / nuclear envelope / protein transport / G alpha (12/13) signalling events / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / lamellipodium / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / molecular adaptor activity / neuron projection / intracellular signal transduction / calcium ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / : / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. ...Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / : / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / EF-Hand 1, calcium-binding site / SH3-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Devices, C. / Zhao, L. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Devices, C. / Zhao, L. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 protein.
著者: Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Devices, C. / Zhao, L. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intersectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9533
ポリマ－13,8171
非ポリマー1362
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.848, 32.021, 33.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細monomer according to aggregation screening

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要素

#1: タンパク質 Intersectin-1 / SH3 domain-containing protein 1A / SH3P17


分子量: 13816.960 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-111 / 変異: M1V, I14T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITSN, ITSN1, SH3D1A / プラスミド: pET 14-15c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q15811
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8.5
詳細: 1.5M ammonium sulfate, 12% glycerol, 0.1M TrisHCl, pH 8.5, microbatch under oil , temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 33173 / Num. obs: 31879 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 33.75
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 3311 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SnB位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.427 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17643 866 5.1 %RANDOM
Rwork0.15963 ---
obs0.16047 16237 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.003 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å20.04 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数778 0 6 133 917
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022804
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8311.9631091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.142599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.6132536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59715136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.558153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.274
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0640.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6991.5506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3642799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5063315
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2534.5292
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.8953821
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.2753134
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.2393784
LS精密化 シェル解像度: 1.451→1.489 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 61 -
Rwork0.139 1155 -
obs--97.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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