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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fia | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 protein. Northeast Structural Genomics Consortium target HR3646e. | ||||||
要素 | Intersectin-1 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Intersectin-1 / EH 1 domain / NESG / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Calcium (カルシウム) / Cell junction (細胞結合) / Cell projection / Coiled coil (コイルドコイル) / Endocytosis (エンドサイトーシス) / Membrane (生体膜) / Phosphoprotein / SH3 domain (SH3ドメイン) / Synapse (シナプス) / Synaptosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / proline-rich region binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / endosomal transport / intracellular vesicle / NRAGE signals death through JNK / エキソサイトーシス / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle ...clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / proline-rich region binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / endosomal transport / intracellular vesicle / NRAGE signals death through JNK / エキソサイトーシス / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / クラスリン / EPHB-mediated forward signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein localization / recycling endosome / G alpha (12/13) signalling events / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / lamellipodium / Clathrin-mediated endocytosis / 核膜 / molecular adaptor activity / neuron projection / intracellular signal transduction / calcium ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Devices, C. / Zhao, L. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Devices, C. / Zhao, L. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 protein. 著者: Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Devices, C. / Zhao, L. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fia.cif.gz | 55.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fia.ent.gz | 43 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fia.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/3fia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/3fia | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | monomer according to aggregation screening |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13816.960 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-111 / 変異: M1V, I14T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITSN, ITSN1, SH3D1A / プラスミド: pET 14-15c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q15811 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.89 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8.5 詳細: 1.5M ammonium sulfate, 12% glycerol, 0.1M TrisHCl, pH 8.5, microbatch under oil , temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97869 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97869 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 33173 / Num. obs: 31879 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 33.75 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 3311 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.427 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.003 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.451→1.489 Å / Total num. of bins used: 20
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