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- PDB-4qkd: Crystal structure of human ALKBH7 in complex with alpha-ketogluta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qkd
タイトルCrystal structure of human ALKBH7 in complex with alpha-ketoglutarate and Mn(II)
要素Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 7, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / alkbh7 / DIOXYGENASE / METAL-BINDING / programmed necrosis / fat metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lipid storage / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / dioxygenase activity / fatty acid metabolic process / mitochondrial matrix / DNA damage response / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homologue 7 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 7, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Wang, G. / Chen, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: The atomic resolution structure of human AlkB homolog 7 (ALKBH7), a key protein for programmed necrosis and fat metabolism
著者: Wang, G. / He, Q. / Feng, C. / Liu, Y. / Deng, Z. / Qi, X. / Wu, W. / Mei, P. / Chen, Z.
履歴
登録2014年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 7, mitochondrial
B: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 7, mitochondrial
C: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 7, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,59813
ポリマ－67,7753
非ポリマー82310
水13,169731
1
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 7, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8484
ポリマ－22,5921
非ポリマー2563
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 7, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9035
ポリマ－22,5921
非ポリマー3114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 7, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8484
ポリマ－22,5921
非ポリマー2563
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area24530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.426, 82.048, 66.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 7, mitochondrial / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 7 / Spermatogenesis cell proliferation-related protein / ...Alkylated DNA repair protein alkB homolog 7 / Spermatogenesis cell proliferation-related protein / Spermatogenesis-associated protein 11


分子量: 22591.590 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 17-215 / 変異: Q90R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABH7, ALKBH7, SPATA11, UNQ6002/PRO34564 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BT30, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9BT30, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID


分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: PEG pH6, EVAPORATION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.699
11L, K, -H-L20.092
11-H-L, K, H30.21
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 135021 / Num. obs: 124116 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / % possible all: 61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QKB

4qkb


解像度: 1.35→33.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.788 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.012 / ESU R Free: 0.01 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16275 6254 5 %RANDOM
Rwork0.14561 ---
all0.14648 124116 --
obs0.14648 117785 91.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.989 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.62 Å2-0 Å22.82 Å2
2--12.12 Å20 Å2
3----6.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→33.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4499 0 37 731 5267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3481.9716255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.759310031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5045564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.0420.755212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.0915766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4691566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.631.6152268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6231.6142267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8282.4292825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8282.432826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7691.812363
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7711.8112359
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9992.6513426
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.25214.9915778
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.48313.8995323
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.39539010
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.6275208
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.37159441
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 342 -
Rwork0.213 5898 -
obs--62.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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