PDB-4qj8: Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qj8

タイトル

Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (P453L)

要素

Protease
p1-p6 peptide

キーワード

HYDROLASE / co-evolution / protease

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...
類似検索 - 分子機能

Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lin, K.H. / Schiffer, C.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
著者: Ozen, A. / Lin, K.H. / Kurt Yilmaz, N. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2014年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月26日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月3日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qj8.cif.gz	173 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qj8.ent.gz	143.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4qj8_validation.pdf.gz	482.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qj8_full_validation.pdf.gz	485.6 KB	表示
XML形式データ	4qj8_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	4qj8_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/4qj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/4qj8	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (3) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

C: Protease

D: Protease

E: p1-p6 peptide

F: p1-p6 peptide

ヘテロ分子

46.4 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Protease

B: Protease

E: p1-p6 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protease

D: Protease

F: p1-p6 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.306, 62.663, 57.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protease / Retropepsin 分子量: 10828.831 Da / 分子数: 4 / 変異: Q7K, D25N, I50V, A71V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ARV2/SF2 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tap106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド	p1-p6 peptide 分子量: 1189.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 (ARV2/SF2 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P03349*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.58 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月19日
放射	モノクロメーター: Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→56.92 Å / Num. all: 61435 / Num. obs: 23065 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 13.51
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.69 / R_sym value: 0.214 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→56.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 9.218 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23882	1186	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17194	-	-	-
obs	0.1754	21864	93.89 %	-
all	-	61435	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.06 Å²	-0 Å²	-1.3 Å²
2-	-	0.17 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→56.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3160	0	38	170	3368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	3275
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.262	1.993	4452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.644	3	7596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.898	5	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.682	24.576	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.717	15	558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.497	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	686
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.736	1.202	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.706	1.199	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.226	1.792	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.228	1.824	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.797	1.377	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.765	1.393	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.197	2.037	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.512	10.355	3399
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.513	10.369	3400
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	87	-
R_work	0.198	1660	-
obs	-	-	95.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.895	2.6105	-3.3989	7.171	-4.7706	5.3994	-0.1183	0.0148	-0.2729	-0.0749	0.077	0.19	0.4887	-0.2118	0.0412	0.2346	0.0104	0.0357	0.1158	-0.0043	0.1876	-1.9077	0.8927	-28.0345
2	18.6435	-2.1827	-2.5745	0.6123	1.397	4.0208	-0.0205	0.5172	-0.3225	-0.0265	-0.0802	0.1368	0.02	-0.2869	0.1008	0.1649	-0.0561	-0.0392	0.2118	0.0827	0.2692	-9.7286	7.7266	-32.1655
3	10.781	-5.4719	12.665	12.0396	-1.0039	18.1194	0.1022	-0.0944	-0.1444	-0.0776	-0.2797	0.5287	0.0666	-0.468	0.1775	0.2313	-0.1137	-0.0173	0.6856	-0.039	0.3469	-23.5611	10.5943	-31.0475
4	15.4167	1.1013	6.0859	2.9222	-1.4396	10.6893	0.002	0.4477	-0.2742	-0.6476	0.1829	0.4036	0.276	-0.5623	-0.1849	0.2113	-0.0086	-0.0232	0.1233	0.0022	0.1751	-10.4217	11.324	-30.9777
5	12.2981	-3.7804	5.7179	4.1958	-2.6062	3.4974	0.0252	0.2363	0.0808	-0.1585	0.0085	0.2822	0.0128	-0.0046	-0.0337	0.1546	0.0045	0.0153	0.1098	0.0012	0.1332	-9.2809	18.4404	-26.4641
6	10.7698	-3.7047	-2.5752	2.0753	2.7341	5.893	0.205	0.007	0.0466	-0.0037	0.0295	0.1588	-0.1672	-0.2763	-0.2345	0.2994	0.0532	0.1432	0.2752	0.1543	0.474	-22.7617	21.8194	-31.5232
7	11.8961	2.5182	-5.8419	3.2574	-1.6305	3.1476	0.334	-0.5429	0.5315	0.3818	-0.102	0.3096	-0.3252	0.144	-0.232	0.1902	0.0665	0.0222	0.2242	-0.0074	0.2432	-19.1078	29.9361	-24.8178
8	1.2893	-2.4405	-1.7215	5.0144	2.6512	3.2381	0.0416	-0.0463	0.073	-0.068	0.0681	-0.1094	-0.0745	0.0881	-0.1097	0.1698	0.0054	0.006	0.1059	0.0104	0.2443	-3.2805	27.5633	-29.4654
9	12.5349	3.0391	-3.564	6.7603	-3.7147	5.9739	-0.0808	-0.2607	0.0439	0.1827	0.0226	0.1111	-0.1417	-0.235	0.0582	0.1394	0.0417	-0.0034	0.111	0.0049	0.1668	-15.5556	27.3993	-28.0738
10	13.5287	1.4303	-4.3259	10.4837	-0.2371	1.3896	0.0744	-0.1678	0.2396	0.8105	-0.0352	0.5507	-0.0048	0.0508	-0.0392	0.4415	0.0001	0.063	0.2445	-0.0067	0.3655	-21.5458	17.4538	-21.3837
11	4.0361	-0.8942	-0.4154	12.354	0.8705	22.4572	-0.0542	0.0876	-0.7489	0.5007	-0.108	0.6634	0.3233	-0.4179	0.1622	0.2869	-0.0199	0.0451	0.3046	0.0667	0.3873	-18.1952	5.4308	-23.1096
12	1.6992	-2.0374	1.6842	10.8513	-4.0845	2.1847	-0.0381	-0.2723	-0.064	0.4162	0.2619	0.5208	-0.1067	-0.2707	-0.2238	0.151	-0.0257	0.0135	0.1756	0.0158	0.1869	-17.4404	18.6026	-22.8764
13	4.8624	-5.2777	-3.097	10.0357	-2.09	8.8851	0.2985	0.1135	0.0008	-0.4521	-0.3185	0.0069	-0.0377	0.2224	0.02	0.1845	-0.0379	-0.0269	0.1882	0.0364	0.134	-10.59	20	-34.8022
14	2.9643	-1.2253	3.4242	0.8506	-0.4437	9.3399	-0.0948	-0.088	0.0929	0.1015	0.0769	0.0982	-0.1298	-0.2505	0.0179	0.1432	0.0032	0.038	0.1221	0.0215	0.166	-9.684	14.2876	-21.5634
15	21.087	-2.7936	-2.23	4.8372	0.0071	7.3898	-0.2886	-0.3661	-0.0614	0.2299	0.2165	0.1391	0.0285	0.043	0.0721	0.2107	-0.0257	0.0019	0.084	0.0025	0.0941	-4.416	6.0297	-17.935
16	7.8296	-3.7705	-1.9383	11.7582	1.882	6.1146	-0.1606	-0.4659	0.0627	0.54	0.1434	-0.1002	0.3767	0.3147	0.0172	0.1833	0.013	0.0046	0.1472	-0.0033	0.0363	-1.9164	10.0128	-13.6991
17	9.5981	-2.2594	-0.7544	0.5526	0.1843	0.0631	-0.0309	-0.0664	0.039	0.0652	0.023	-0.0203	0.0218	0.0114	0.0079	0.1642	0.0026	-0.0201	0.1302	-0.0016	0.126	5.0512	15.7674	-17.5918
18	20.2551	4.3812	-5.2474	3.7094	-0.0624	13.4202	0.0099	-0.3502	-0.0514	-0.1767	0.1524	-0.5982	-0.1132	0.8617	-0.1622	0.1811	-0.0427	-0.0603	0.1349	0.0464	0.2987	19.4713	15.2612	-22.0265
19	14.0969	2.858	4.7098	2.2059	1.972	2.2354	-0.0418	-0.3453	0.4038	0.1231	-0.047	-0.0004	-0.0069	-0.1072	0.0887	0.2345	-0.0056	-0.0117	0.1069	0.0092	0.1042	8.8102	16.2511	-21.0157
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21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	33 - 37
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	38 - 44
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	45 - 50
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	51 - 58
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	59 - 63
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	64 - 69
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	70 - 75
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	76 - 88
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	89 - 94
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	95 - 99
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	1 - 10
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	11 - 17
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	18 - 22
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	23 - 30
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	31 - 35
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	36 - 43
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	44 - 49
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	50 - 56
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	57 - 60
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	61 - 65
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	66 - 71
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	72 - 78
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	79 - 88
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45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	95 - 99
46	X-RAY DIFFRACTION	46	D	1 - 6
47	X-RAY DIFFRACTION	47	D	7 - 13
48	X-RAY DIFFRACTION	48	D	14 - 19
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52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	38 - 44
53	X-RAY DIFFRACTION	53	D	45 - 54
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59	X-RAY DIFFRACTION	59	D	89 - 94
60	X-RAY DIFFRACTION	60	D	95 - 99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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