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万見
- PDB-4qhm: I3.1 (unbound) from CH103 Lineage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qhm
タイトルI3.1 (unbound) from CH103 Lineage
要素
  • I2 light chain
  • I3 heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab fragment / HIV-1 / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Fera, D. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Affinity maturation in an HIV broadly neutralizing B-cell lineage through reorientation of variable domains.
著者: Fera, D. / Schmidt, A.G. / Haynes, B.F. / Gao, F. / Liao, H.X. / Kepler, T.B. / Harrison, S.C.
履歴
登録2014年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22014年7月30日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: I3 heavy chain
E: I3 heavy chain
C: I3 heavy chain
G: I3 heavy chain
F: I2 light chain
B: I2 light chain
D: I2 light chain
H: I2 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,0088
ポリマ－191,0088
非ポリマー00
水00
1
A: I3 heavy chain
B: I2 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7522
ポリマ－47,7522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
2
E: I3 heavy chain
F: I2 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7522
ポリマ－47,7522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
3
C: I3 heavy chain
D: I2 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7522
ポリマ－47,7522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
4
G: I3 heavy chain
H: I2 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7522
ポリマ－47,7522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.311, 132.311, 209.586
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

-
要素

#1: 抗体
I3 heavy chain


分子量: 24894.764 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX6*PLUS
#2: 抗体
I2 light chain


分子量: 22857.270 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月31日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→50 Å / Num. all: 33948 / Num. obs: 33930 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 77.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 0.873 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.23-3.2920.6531230.586197.6
3.29-3.3520.56332610.616198
3.35-3.4120.46332540.619198
3.41-3.4820.39632490.71197.9
3.48-3.5520.3731510.712198.3
3.55-3.6420.30332480.725198.4
3.64-3.7320.25432290.883198.5
3.73-3.8320.24432690.748198.9
3.83-3.941.90.21732910.897199
3.94-4.071.90.15332820.87199.3
4.07-4.211.90.12932280.94199.3
4.21-4.381.90.10733030.968199.4
4.38-4.581.90.09633130.961199.6
4.58-4.821.90.08632401.061199.7
4.82-5.131.90.07832621.048199.6
5.13-5.521.90.07833161.094199.5
5.52-6.081.90.08332580.944199.5
6.08-6.951.90.06632680.967199.2
6.95-8.751.90.04332321.142198
8.75-5020.039331711100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.81 Å48.04 Å
Translation4.81 Å48.04 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 37606
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
13.42-10058.60.095502
10.51-13.4248.90.74539
8.93-10.5142.30.832640
7.89-8.9351.90.807733
7.15-7.8957.70.757819
6.59-7.1561.70.746877
6.14-6.5960.90.757955
5.77-6.1460.90.7371016
5.46-5.7759.10.7621085
5.2-5.4658.60.7581131
4.97-5.257.10.7871180
4.77-4.9759.70.7771222
4.59-4.77640.7451276
4.43-4.5958.30.7621333
4.28-4.4359.70.7551391
4.15-4.2858.10.7251415
4.03-4.1564.20.7141457
3.92-4.0366.10.6941505
3.82-3.92680.6631536
3.73-3.8268.50.6551596
3.64-3.7367.80.6591627
3.56-3.6467.80.6341640
3.48-3.5668.50.6631661
3.41-3.4870.70.6261732
3.34-3.4174.10.621768
3.28-3.3472.50.6191820
3.22-3.2874.60.6121802
3.12-3.2277.10.5673348

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
直接法6.3位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JAN

4jan


解像度: 3.23→48.036 Å / FOM work R set: 0.8098 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 1709 5.04 %
Rwork0.2244 --
obs0.2258 33905 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 222.54 Å2 / Biso mean: 85.5 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.23→48.036 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12840 0 0 0 12840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97818004
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662068
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9434632
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.23-3.3250.33141340.305826542788
3.325-3.43230.32371330.280426742807
3.4323-3.5550.33751400.28726382778
3.555-3.69730.28451410.272127032844
3.6973-3.86550.31011430.272526312774
3.8655-4.06920.34851200.246327202840
4.0692-4.32390.24161650.212726372802
4.3239-4.65750.24021490.189326612810
4.6575-5.12580.19951490.181626872836
5.1258-5.86640.21851360.194926982834
5.8664-7.38670.27481450.224527362881
7.3867-48.04120.18261540.199827572911
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 65.8985 Å / Origin y: -8.6675 Å / Origin z: -13.5854 Å
111213212223313233
T0.4298 Å20.0156 Å2-0.0293 Å2-0.3549 Å20.0142 Å2--0.3669 Å2
L0.6345 °20.1709 °2-0.3319 °2-0.1682 °2-0.0125 °2--0.2641 °2
S-0.0223 Å °0.0422 Å °-0.0024 Å °0.0387 Å °-0.0004 Å °-0.0005 Å °-0.0229 Å °-0.0242 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 215
2X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 215
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 215
4X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 215
5X-RAY DIFFRACTION1allF2 - 209
6X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 209
7X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 209
8X-RAY DIFFRACTION1allH2 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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