PDB-4qfb: 1.99 A resolution structure of SeMet-CT263 (MTAN) from Chlamydia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qfb

タイトル

1.99 A resolution structure of SeMet-CT263 (MTAN) from Chlamydia trachomatis

要素

CT263

キーワード

HYDROLASE / Chlamydia / quinones / nucleosidase / futalosine pathway

機能・相同性

nucleoside metabolic process / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase superfamily / catalytic activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Nucleoside phosphorylase domain-containing protein / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.986 Å

データ登録者

Barta, M.L. / Thomas, K. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Schramm, V.L. / Hefty, P.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Chlamydia trachomatis Hypothetical Protein CT263 Supports That Menaquinone Synthesis Occurs through the Futalosine Pathway.
著者: Barta, M.L. / Thomas, K. / Yuan, H. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Schramm, V.L. / Hefty, P.S.

履歴

登録	2014年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qfb.cif.gz	157.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qfb.ent.gz	131.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qfb_validation.pdf.gz	427.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qfb_full_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示
XML形式データ	4qfb_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	4qfb_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/4qfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/4qfb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4qaqC 4qarC 4qasC 4qatC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ded-1 2p9f-d 5w10-2 6lsp-d 4f1z-d 2a30-2 2cy6-d 5yla-d 4k20-d 1n5k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CT263

B: CT263

45.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: CT263

ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: CT263

ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.853, 74.234, 78.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	CT263 分子量: 22539.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Selenomethionine derivative 由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア) 株: 434/Bu / ATCC VR-902B / 遺伝子: CTL0515 / プラスミド: pT7HmT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: B0B7H9, UniProt: A0A0H3MBV9*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

CT263

分子量: 22539.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Selenomethionine derivative
由来: (組換発現)

Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
株: 434/Bu / ATCC VR-902B / 遺伝子: CTL0515 / プラスミド: pT7HmT / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: B0B7H9, UniProt: A0A0H3MBV9*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 50 mM Ammonium Sulfate, 100 mM BIS-TRIS (pH 6.4) and 32% (w/v) PEG 2K MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月7日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.986→47.99 Å / Num. all: 25102 / Num. obs: 24951 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.99→2.03 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1672 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
JDirector		データ収集
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.986→39.03 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.54 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2116	1880	7.96 %	RANDOM
R_work	0.1665	-	-	-
all	0.17	25072	-	-
obs	0.17	23618	94.2 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.88 Å² / B_iso mean: 27.5289 Å² / B_iso min: 7.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.986→39.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2910	0	0	136	3046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2985
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.109	4075
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	486
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	514
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.645	1069

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9859-2.0395	0.2791	133	0.2136	1581	1714	91
2.0395-2.0996	0.253	146	0.1943	1651	1797	94
2.0996-2.1673	0.2441	143	0.1672	1633	1776	94
2.1673-2.2448	0.2159	139	0.1675	1643	1782	93
2.2448-2.3346	0.2374	125	0.1623	1439	1564	83
2.3346-2.4409	0.2167	143	0.1594	1620	1763	93
2.4409-2.5695	0.2126	142	0.1627	1654	1796	94
2.5695-2.7305	0.1886	147	0.1606	1676	1823	95
2.7305-2.9413	0.2415	147	0.1684	1731	1878	97
2.9413-3.2371	0.2013	137	0.1655	1701	1838	95
3.2371-3.7052	0.202	155	0.1629	1728	1883	97
3.7052-4.6669	0.1805	160	0.1417	1812	1972	100
4.6669-39.0375	0.2094	163	0.1862	1869	2032	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9223	-1.3108	0.3448	6.4224	-0.078	2.4299	-0.1419	-0.331	-0.1784	0.4621	0.1129	0.0651	0.1383	-0.1893	0.0301	0.1207	-0.0295	0.0146	0.164	0.0087	0.1153	9.7412	59.705	44.2483
2	1.8022	0.4126	0.1551	2.356	-0.4876	2.444	-0.0393	-0.0406	0.1362	0.1786	0.0244	-0.086	-0.1031	0.0298	0.0047	0.0829	0.0049	-0.0186	0.1099	-0.0105	0.0766	16.1952	73.4025	42.8658
3	2.439	1.3435	0.4995	2.4626	1.3912	0.8229	0.0187	0.0905	0.6161	0.1522	-0.1263	-0.426	-0.3023	0.2885	0.065	0.3635	-0.0555	-0.0147	0.2007	-0.0283	0.3358	21.443	90.6099	48.4966
4	3.2438	-0.4103	-0.2038	2.5987	-0.1789	3.575	-0.2079	0.2799	0.6157	-0.0473	0.0035	-0.2477	-0.608	-0.0669	0.0469	0.1655	-0.0113	-0.0552	0.124	0.0256	0.1917	19.8886	79.8464	39.2339
5	1.7384	0.2499	0.7091	2.9579	-0.6206	2.5138	-0.0944	-0.0322	0.1071	-0.0108	0.0371	-0.006	-0.2504	-0.1491	0.027	0.0704	0.0108	0.0097	0.1522	0.0071	0.0813	14.3491	71.3432	37.95
6	2.0116	0.0829	-0.2788	4.3532	0.9701	2.9601	0.0566	0.1847	0.0581	-0.4551	-0.2537	0.1474	-0.327	-0.2792	0.1942	0.1441	0.0254	0.001	0.165	-0.0203	0.1619	9.0698	49.5566	17.8121
7	2.5465	-0.5333	-0.6942	3.2092	0.0852	2.0741	-0.047	-0.1777	-0.2022	0.1635	0.1204	-0.3561	0.4664	0.1158	-0.0317	0.1704	0.0166	-0.0373	0.095	-0.0187	0.2126	18.0114	35.4959	26.9131
8	4.1905	2.5244	-0.7811	8.0717	0.4305	1.1358	-0.021	0.2395	0.0279	-0.2709	0.4208	-1.0426	0.1315	0.1042	-0.4245	0.1511	0.0534	0.0175	0.1203	-0.0388	0.2787	23.0675	35.7513	20.6572
9	1.4942	-1.1864	0.0409	3.3304	-0.5568	4.3866	-0.1382	0.0095	-0.2343	0.0867	-0.0227	-0.11	0.4768	-0.1931	0.0988	0.169	0.0021	0.0413	0.1198	-0.0123	0.2378	16.0576	33.6663	21.1735
10	2.4977	-0.8415	0.1649	6.1217	-0.3431	3.1819	0.0661	-0.1016	-0.1841	0.5117	0.031	0.4549	0.2659	-0.1214	-0.0637	0.1227	-0.0151	0.0006	0.1351	-0.0407	0.1155	12.055	43.2807	32.0732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 48 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 93 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 94 through 102 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 133 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 134 through 194 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 0 through 65 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 66 through 93 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 94 through 112 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 113 through 162 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 163 through 194 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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