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Yorodumi- PDB-4qaq: 1.58 A resolution structure of CT263 (MTAN) from Chlamydia trachomatis -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qaq | ||||||
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Title | 1.58 A resolution structure of CT263 (MTAN) from Chlamydia trachomatis | ||||||
Components | CT263 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Chlamydia / quinones / nucleosidase / futalosine pathway | ||||||
Function / homology | nucleoside metabolic process / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase superfamily / catalytic activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Nucleoside phosphorylase domain-containing protein / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Chlamydia trachomatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.58 Å | ||||||
Authors | Barta, M.L. / Thomas, K. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Schramm, V.L. / Hefty, P.S. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2014 Title: Structural and Biochemical Characterization of Chlamydia trachomatis Hypothetical Protein CT263 Supports That Menaquinone Synthesis Occurs through the Futalosine Pathway. Authors: Barta, M.L. / Thomas, K. / Yuan, H. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Schramm, V.L. / Hefty, P.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4qaq.cif.gz | 166.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4qaq.ent.gz | 133.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4qaq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4qaq_validation.pdf.gz | 438.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4qaq_full_validation.pdf.gz | 440.1 KB | Display | |
Data in XML | 4qaq_validation.xml.gz | 17.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4qaq_validation.cif.gz | 24.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qaq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qaq | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22351.621 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chlamydia trachomatis (bacteria) / Strain: 434/Bu / ATCC VR-902B / Gene: CTL0515 / Plasmid: pT7HmT / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B0B7H9, UniProt: A0A0H3MBV9*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate trihydrate (pH 4.6) and 30% (w/v) PEG 2K MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 24, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.58→55.77 Å / Num. all: 56011 / Num. obs: 56011 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.58→1.618 Å / Redundancy: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2751 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.58→40.951 Å / FOM work R set: 0.867 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 138.2 Å2 / Biso mean: 33.34 Å2 / Biso min: 14.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.58→40.951 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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