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- PDB-4qex: Crystal structure of PfEBA-175 RII in complex with a Fab fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qex
タイトルCrystal structure of PfEBA-175 RII in complex with a Fab fragment from inhibitory antibody R217
要素
  • Antibody Heavy Chain
  • Antibody Light Chain
  • Erythrocyte-binding antigen-175
キーワードIMMUNE SYSTEM / Duffy Binding Like (DBL) domain / Immunoglobulin domain / Invasion / adhesion / immunity / PFEBA-175 / Antibody / Cell Surface / Extrecellular / Cell Adhesion / Receptor / Ligand
機能・相同性Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal domain superfamily / Erythrocyte binding antigen 175 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / host cell surface receptor binding / membrane / Erythrocyte-binding antigen-175
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Chen, E. / Paing, M.M. / Salinas, N. / Sim, B.K. / Tolia, N.H.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Basis for Inhibition of Erythrocyte Invasion by Antibodies that Target Plasmodium falciparum EBA-175.
著者: Chen, E. / Paing, M.M. / Salinas, N. / Sim, B.K. / Tolia, N.H.
履歴
登録2014年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年6月4日ID: 4K4M
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Erythrocyte-binding antigen-175
L: Antibody Light Chain
H: Antibody Heavy Chain
B: Erythrocyte-binding antigen-175
M: Antibody Light Chain
I: Antibody Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,4106
ポリマ－237,4106
非ポリマー00
水00
1
A: Erythrocyte-binding antigen-175
L: Antibody Light Chain
H: Antibody Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,7053
ポリマ－118,7053
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Erythrocyte-binding antigen-175
M: Antibody Light Chain
I: Antibody Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,7053
ポリマ－118,7053
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)208.100, 101.260, 117.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'B' and (resseq 8:55 or resseq 57:508 or resseq 517:596 ) and (not element H)
211chain 'A' and (resseq 17:49 or resseq 57:129 or resseq...
112chain 'I' and (resseq 2:52 or resseq 52:82 or resseq...
212chain 'H' and (resseq 2:52 or resseq 52:82 or resseq...
113chain 'M' and (resseq 1:30 or resseq 30:30 or resseq...
213chain 'L' and (resseq 1:30 or resseq 30:30 or resseq...

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Erythrocyte-binding antigen-175


分子量: 72184.391 Da / 分子数: 2 / 変異: N3Q, S50A, S195A, T206A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: EBA-175 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q05644
#2: 抗体 Antibody Light Chain


分子量: 23622.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Antibody Heavy Chain


分子量: 22897.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.3 M magnesium chloride, 8% benzamidine hydrochloride, 7.5% glycerol, 18% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→20 Å / Num. all: 14361 / Num. obs: 13322 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 4.5→4.6 Å / % possible all: 52.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.5→19.842 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2855 666 5 %RANDOM
Rwork0.2321 ---
obs0.2348 13315 93.97 %-
all-14361 --
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→19.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16029 0 0 0 16029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66522102
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7726164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032819
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B4734X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A4734X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
21I1548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22H1548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
31M1645X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32L1645X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.5002-4.8430.29951040.28311983X-RAY DIFFRACTION74
4.843-5.32190.3541390.26882648X-RAY DIFFRACTION99
5.3219-6.07260.30461400.26332649X-RAY DIFFRACTION99
6.0726-7.57920.3231400.24092654X-RAY DIFFRACTION99
7.5792-19.84170.22831430.18432715X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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