PDB-4qat: 1.75 A resolution structure of CT263-D161N (MTAN) from Chlamydia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qat

タイトル

1.75 A resolution structure of CT263-D161N (MTAN) from Chlamydia trachomatis bound to MTA

要素

CT263

キーワード

HYDROLASE / Chlamydia / quinones / nucleosidase / futalosine pathway / substrate-bound

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Barta, M.L. / Thomas, K. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Schramm, V.L. / Hefty, P.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Chlamydia trachomatis Hypothetical Protein CT263 Supports That Menaquinone Synthesis Occurs through the Futalosine Pathway.
著者: Barta, M.L. / Thomas, K. / Yuan, H. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Schramm, V.L. / Hefty, P.S.

履歴

登録	2014年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qat.cif.gz	234.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qat.ent.gz	193.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qat.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qat	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qaqC 4qarC 4qasC 4qfbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ydd-1 4gpf-3 6k0o-d 4gpc-1 1iw1-2 4gpf-1 6ydc-3 2btw-2 6fs6-5 6ydf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CT263

B: CT263

ヘテロ分子

45 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CT263

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CT263

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.879, 104.258, 58.216
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	CT263 分子量: 22350.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア) 株: 434/Bu / ATCC VR-902B / 遺伝子: CTL0515 / プラスミド: pT7HmT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0B7H9, UniProt: A0A0H3MBV9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE 分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate trihydrate (pH 4.6) and 30% (w/v) PEG 2K MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月12日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→104.26 Å / Num. all: 15194 / Num. obs: 15179 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.98 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 15179 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
JDirector		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo-CT263

解像度: 1.75→43.624 Å / FOM work R set: 0.8522 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1941	2069	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1645	-	-	-
all	0.1661	-	-	-
obs	0.1661	-	99.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 204.99 Å² / B_iso mean: 35.12 Å² / B_iso min: 14.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.624 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2973	0	20	221	3214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3123
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.103	4281
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	538
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.749	1126

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.75-1.7907	0.2926	127	0.2723	2560	2687
1.7907-1.8355	0.2664	130	0.2416	2573	2703
1.8355-1.8851	0.2566	122	0.2161	2572	2694
1.8851-1.9406	0.2735	122	0.1977	2595	2717
1.9406-2.0032	0.2231	140	0.1908	2576	2716
2.0032-2.0748	0.2345	127	0.179	2570	2697
2.0748-2.1579	0.2059	138	0.1681	2579	2717
2.1579-2.2561	0.2067	139	0.166	2594	2733
2.2561-2.375	0.1935	112	0.1593	2618	2730
2.375-2.5238	0.1916	136	0.1612	2605	2741
2.5238-2.7187	0.2238	147	0.169	2578	2725
2.7187-2.9922	0.215	157	0.1677	2603	2760
2.9922-3.425	0.2237	141	0.1615	2642	2783
3.425-4.3146	0.142	153	0.1358	2640	2793
4.3146-43.6374	0.1614	178	0.1502	2762	2940

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.515	0.2447	-0.0721	2.411	-0.1826	2.5213	-0.0685	0.1884	-0.1273	-0.4647	0.1192	0.2997	0.5466	-0.4892	0.0061	0.3276	-0.1149	-0.0727	0.2454	0.0125	0.2377	30.7304	131.9399	-1.0678
2	2.8974	2.1485	-2.9555	1.2505	-1.9285	3.2749	-0.027	-0.1589	-0.0114	-0.0145	-0.1803	0.1237	0.013	0.0703	0.2611	0.23	-0.0111	-0.0031	0.2082	-0.0119	0.2484	35.5285	123.6923	16.4585
3	2.7112	1.6186	0.2356	5.265	0.3663	3.7591	-0.0604	-0.1514	-0.2123	-0.0928	0.0042	0.1722	0.4343	-0.1365	0.0729	0.2158	-0.01	-0.0136	0.149	0.0422	0.1738	35.5851	127.7517	11.9525
4	2.5975	-0.0954	-0.2663	3.776	0.8643	6.8039	-0.0722	0.2392	0.0795	-0.2881	0.0859	-0.0264	-0.351	-0.0565	-0.0105	0.1398	-0.0561	-0.0451	0.1585	0.0172	0.1456	37.2339	140.2486	5.6089
5	3.91	-2.0825	0.9298	5.5241	-0.7716	2.8076	0.0043	0.0733	0.0004	0.075	0.0349	-0.1406	-0.078	0.019	-0.0558	0.1016	-0.0128	-0.0087	0.1326	-0.0125	0.1358	9.7152	107.7013	10.5306
6	4.9409	0.2563	0.9749	6.6716	-2.6572	3.499	0.1705	0.2481	-0.0635	-0.2812	-0.1324	0.0173	0.2556	0.2047	0.0126	0.1093	0.0026	0.0211	0.1679	-0.0286	0.1387	7.3987	103.0943	6.5541
7	2.9391	-1.348	-2.8309	2.4872	2.5338	3.5691	-0.3403	-0.103	-0.3114	0.2261	0.0871	0.2459	1.2366	0.2528	0.1874	0.3223	0.018	0.032	0.2155	0.0361	0.3464	13.1283	94.0292	20.4877
8	2.0602	-0.9254	-0.5375	4.3694	2.2256	4.6201	-0.0231	-0.1026	0.0217	0.1575	0.1505	-0.1891	0.1202	0.1119	-0.0918	0.0715	0.0106	0.0013	0.1543	-0.0049	0.1816	17.4526	108.4769	18.6036
9	2.7004	-0.0769	-0.8799	3.8417	0.4656	4.7275	-0.1052	-0.4732	-0.0869	0.464	0.1258	-0.2862	0.2242	0.2708	-0.0402	0.1776	0.038	-0.0428	0.2838	-0.0359	0.2706	22.8711	109.1762	25.5234
10	1.4634	-1.6277	-1.6199	3.6212	2.6688	3.1578	-0.0532	-0.173	0.0539	0.1352	0.1758	-0.2811	0.1825	0.0657	-0.1445	0.1584	0.0187	-0.0111	0.204	-0.0215	0.2194	18.4625	105.5628	22.0136
11	5.0762	0.8578	-3.5712	3.3978	-0.5638	2.8544	-0.089	0.4416	0.1009	-0.1532	0.0707	-0.1404	-0.0767	-0.6127	0.0581	0.1602	0.0154	-0.0145	0.182	-0.0203	0.1685	9.6064	115.8555	15.8887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 84 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 105 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 159 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 160 through 195 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 20 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 48 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 49 through 57 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 58 through 84 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 85 through 133 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 134 through 166 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 167 through 194 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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