PDB-4qas: 1.27 A resolution structure of CT263-D161N (MTAN) from Chlamydia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qas

タイトル

1.27 A resolution structure of CT263-D161N (MTAN) from Chlamydia trachomatis

要素

CT263

キーワード

HYDROLASE / Chlamydia / quinones nucleosidase / futalosine pathway / substrate-bound

機能・相同性

nucleoside metabolic process / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase superfamily / catalytic activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Nucleoside phosphorylase domain-containing protein / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Barta, M.L. / Thomas, K. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Schramm, V.L. / Hefty, P.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Chlamydia trachomatis Hypothetical Protein CT263 Supports That Menaquinone Synthesis Occurs through the Futalosine Pathway.
著者: Barta, M.L. / Thomas, K. / Yuan, H. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Schramm, V.L. / Hefty, P.S.

履歴

登録	2014年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qas.cif.gz	237.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qas.ent.gz	197.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qas.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qas_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qas_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	4qas_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	4qas_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qas ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qas	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qaqC 4qarC 4qatC 4qfbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qar-1 2p9y-d 2owd-d 6sge-2 3n9t-d 2p9z-d 4b6c-d 4q9a-d 6r4s-1 2oz1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CT263

B: CT263

ヘテロ分子

44.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CT263

ヘテロ分子

B: CT263

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.442, 104.153, 58.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	CT263 分子量: 22350.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア) 株: 434/Bu / ATCC VR-902B / 遺伝子: CTL0515 / プラスミド: pT7HmT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0B7H9, UniProt: A0A0H3MBV9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate trihydrate (pH 4.6) and 30% (w/v) PEG 2K MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月12日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→104.15 Å / Num. all: 110407 / Num. obs: 110407 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 16.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 5413 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
JDirector		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo-CT263

解像度: 1.25→33.371 Å / FOM work R set: 0.8626 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1921	5516	5 %	RANDOM
R_work	0.1742	-	-	-
all	0.1751	110400	-	-
obs	0.1751	110323	99.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 187.29 Å² / B_iso mean: 27.64 Å² / B_iso min: 11.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→33.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2980	0	5	352	3337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3128
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.01	4283
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.022	1151

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.25-1.2642	0.3136	170	0.2938	3453	3623	100
1.2642-1.2791	0.3262	164	0.2919	3447	3611	100
1.2791-1.2947	0.3099	161	0.2721	3502	3663	100
1.2947-1.3111	0.3016	179	0.2667	3473	3652	100
1.3111-1.3283	0.2815	188	0.2585	3417	3605	100
1.3283-1.3465	0.2487	180	0.2535	3474	3654	100
1.3465-1.3658	0.265	188	0.2518	3449	3637	100
1.3658-1.3861	0.2951	173	0.2411	3507	3680	100
1.3861-1.4078	0.2795	173	0.2318	3415	3588	100
1.4078-1.4309	0.1947	183	0.2279	3510	3693	100
1.4309-1.4556	0.2272	172	0.2223	3482	3654	100
1.4556-1.482	0.233	185	0.206	3454	3639	100
1.482-1.5105	0.2328	201	0.2046	3454	3655	100
1.5105-1.5414	0.2195	200	0.1996	3420	3620	100
1.5414-1.5749	0.2202	177	0.1975	3486	3663	100
1.5749-1.6115	0.2047	200	0.1863	3475	3675	100
1.6115-1.6518	0.1975	191	0.194	3466	3657	100
1.6518-1.6965	0.1931	155	0.1856	3494	3649	100
1.6965-1.7464	0.1871	180	0.1774	3487	3667	100
1.7464-1.8028	0.1947	178	0.1798	3497	3675	100
1.8028-1.8672	0.1953	187	0.1742	3507	3694	100
1.8672-1.9419	0.1793	197	0.1711	3480	3677	100
1.9419-2.0303	0.1949	186	0.1689	3487	3673	100
2.0303-2.1373	0.172	189	0.1623	3523	3712	100
2.1373-2.2712	0.1784	174	0.1584	3524	3698	100
2.2712-2.4465	0.1605	197	0.1535	3495	3692	100
2.4465-2.6926	0.1996	170	0.1615	3565	3735	100
2.6926-3.082	0.1852	196	0.1666	3549	3745	100
3.082-3.8821	0.1644	201	0.1585	3595	3796	100
3.8821-33.3825	0.1878	221	0.1575	3720	3941	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0006	0.0901	0.1188	1.7386	0.5333	2.8764	-0.0355	0.109	-0.0779	-0.1412	-0.0005	0.2211	0.2884	-0.3759	0.0238	0.139	-0.0498	-0.0179	0.1629	0.0069	0.1582	30.6075	131.7456	-1.2116
2	2.114	1.7674	-1.8663	1.448	-1.2113	2.4601	0.022	-0.1898	-0.0773	0.0583	-0.2156	0.1253	0.1731	0.044	0.19	0.1574	-0.0072	0.0127	0.1664	-0.0106	0.1946	35.424	123.6614	16.438
3	2.2825	1.0295	0.0826	4.6992	0.5799	3.8431	0.0279	-0.2082	-0.005	0.3792	-0.0236	0.0631	0.1862	-0.0122	-0.0171	0.1287	0.0174	-0.0218	0.116	0.0343	0.1097	37.693	130.3396	15.9836
4	1.3381	0.3925	0.0387	2.2491	-0.0641	2.81	-0.0526	0.0514	-0.124	-0.1461	0.0638	0.0036	0.1274	-0.0212	-0.0053	0.0742	-0.0018	-0.0113	0.1238	0.0071	0.1222	35.8152	133.743	5.7274
5	3.5612	-1.2632	0.5136	5.3366	0.0066	3.9776	0.0955	0.1226	-0.0747	-0.0523	-0.0015	-0.0271	-0.0426	0.0542	-0.0781	0.0735	-0.0098	-0.0174	0.0893	-0.0079	0.0888	9.6855	107.4848	10.4774
6	6.2162	1.7518	-0.657	6.5613	-2.3418	5.0524	0.1434	0.264	-0.1553	-0.4263	-0.2349	-0.0957	0.3197	0.1262	0.1109	0.1411	0.0297	-0.0053	0.1573	-0.0152	0.0982	5.9199	103.385	3.4366
7	7.1642	1.0752	-3.5012	8.6693	-5.6916	4.9369	-0.0678	-0.1311	-0.3598	0.1076	-0.3054	-0.1677	0.1267	0.1837	0.1745	0.0953	-0.0198	-0.0177	0.1174	-0.017	0.1328	9.8384	101.2257	11.079
8	6.541	0.184	-1.234	5.0913	1.5438	4.552	-0.2268	-0.3099	-0.7217	0.2146	-0.0412	0.1727	0.9234	-0.083	0.2693	0.2026	0.0321	-0.0014	0.1425	-0.0095	0.2501	15.4459	94.7863	14.7642
9	2.5692	-0.9623	-1.6075	3.3332	2.2465	3.6947	0.0253	-0.3054	0.1498	0.1318	0.0843	-0.2355	-0.1062	0.183	-0.1478	0.1146	0.0024	-0.0105	0.1316	-0.0135	0.1472	19.1637	112.3436	22.7877
10	5.3297	-1.6465	0.8195	6.5156	-1.8696	7.7453	-0.1302	-0.4337	-0.2434	0.1479	0.1824	-0.3523	0.4442	0.351	0.0454	0.0943	0.0168	-0.0097	0.1752	-0.0162	0.1768	25.7847	107.8681	19.6571
11	4.2425	1.2691	-0.2565	5.7016	0.1978	4.8132	0.1437	-0.8443	-0.2737	0.6628	-0.2205	-0.1704	0.2885	0.086	-0.0528	0.1535	0.0006	-0.0299	0.2865	-0.0133	0.1495	19.9111	108.6604	30.7652
12	2.0531	-2.36	-2.2599	4.356	3.5657	4.2838	-0.0958	-0.1478	-0.0675	0.2136	0.1019	-0.1247	0.2292	0.0848	-0.0303	0.1044	0.0041	-0.0111	0.1331	-0.0108	0.1518	18.2767	105.3607	22.0706
13	5.0632	0.0619	-3.9023	2.8154	0.9039	7.6484	-0.0378	0.2415	0.0684	-0.1981	0.0294	-0.1331	-0.1586	-0.1516	0.0176	0.1039	0.0111	-0.0044	0.0827	-0.0119	0.1069	9.5072	115.5778	16.1252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 84 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 105 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 133 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 134 through 196 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 20 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 37 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 38 through 48 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 49 through 65 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 66 through 93 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 94 through 112 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 113 through 133 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 134 through 166 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 167 through 194 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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