PDB-4qaq: 1.58 A resolution structure of CT263 (MTAN) from Chlamydia trachomatis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qaq

タイトル

1.58 A resolution structure of CT263 (MTAN) from Chlamydia trachomatis

要素

CT263

キーワード

HYDROLASE / Chlamydia / quinones / nucleosidase / futalosine pathway

機能・相同性

nucleoside metabolic process / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase superfamily / catalytic activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Nucleoside phosphorylase domain-containing protein / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Barta, M.L. / Thomas, K. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Schramm, V.L. / Hefty, P.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Chlamydia trachomatis Hypothetical Protein CT263 Supports That Menaquinone Synthesis Occurs through the Futalosine Pathway.
著者: Barta, M.L. / Thomas, K. / Yuan, H. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Schramm, V.L. / Hefty, P.S.

履歴

登録	2014年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qaq.cif.gz	166.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qaq.ent.gz	133.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qaq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qaq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qaq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qarC 4qasC 4qatC 4qfbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qas-d 4qat-d 4qar-d 6exo-d 2q99-d 6lg2-d 3s6s-d 6czd-1 5xnb-6 4bs6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CT263

B: CT263

ヘテロ分子

44.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.961, 104.475, 58.315
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	CT263 分子量: 22351.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア) 株: 434/Bu / ATCC VR-902B / 遺伝子: CTL0515 / プラスミド: pT7HmT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0B7H9, UniProt: A0A0H3MBV9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate trihydrate (pH 4.6) and 30% (w/v) PEG 2K MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月24日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→55.77 Å / Num. all: 56011 / Num. obs: 56011 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 20.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.58→1.618 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2751 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
JDirector		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.58→40.951 Å / FOM work R set: 0.867 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1987	2840	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1656	-	-	-
all	0.1673	55973	-	-
obs	0.1673	55951	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.2 Å² / B_iso mean: 33.34 Å² / B_iso min: 14.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→40.951 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2951	0	10	224	3185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3070
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.026	4201
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	529
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.55	1104

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.58-1.6072	0.2737	140	0.2598	2635	2775
1.6072-1.6365	0.2893	142	0.2476	2589	2731
1.6365-1.6679	0.2759	154	0.2399	2627	2781
1.6679-1.702	0.2693	150	0.2226	2591	2741
1.702-1.739	0.1988	127	0.2075	2654	2781
1.739-1.7795	0.2274	150	0.1932	2606	2756
1.7795-1.824	0.2032	131	0.1872	2642	2773
1.824-1.8733	0.2007	157	0.1824	2619	2776
1.8733-1.9284	0.2067	133	0.1713	2622	2755
1.9284-1.9906	0.2478	142	0.1768	2623	2765
1.9906-2.0618	0.1921	132	0.1677	2664	2796
2.0618-2.1443	0.2126	122	0.167	2663	2785
2.1443-2.2419	0.2078	137	0.1612	2656	2793
2.2419-2.3601	0.1725	133	0.1586	2660	2793
2.3601-2.508	0.2097	174	0.1597	2602	2776
2.508-2.7016	0.2059	138	0.1626	2682	2820
2.7016-2.9734	0.1846	147	0.1645	2677	2824
2.9734-3.4034	0.1867	139	0.1613	2712	2851
3.4034-4.2872	0.1846	153	0.1412	2706	2859
4.2872-40.9648	0.1795	139	0.1563	2881	3020

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4568	0.2145	0.2109	1.4706	0.0423	2.1135	-0.109	0.147	-0.0773	-0.3322	0.0849	0.1697	0.3984	-0.2689	0.0701	0.2714	-0.0935	-0.04	0.167	0.0044	0.1824	96.7049	27.6689	115.5755
2	2.3415	2.3819	-0.5672	3.0919	-0.3764	0.3953	-0.0262	-0.0552	-0.1442	-0.1361	-0.073	-0.0695	0.0771	0.0487	0.1396	0.193	0.0191	0.0052	0.1881	0.0071	0.2026	104.8278	21.109	130.192
3	2.8599	3.8436	-0.1892	7.1753	3.1316	5.6713	0.0835	-0.7401	0.327	0.8702	-0.2798	0.3318	0.7222	0.0724	0.2214	0.3412	0.0142	0.0318	0.315	0.0142	0.2112	99.7209	28.3236	140.1134
4	1.6404	0.8051	0.3702	2.0487	-0.3395	2.9046	-0.1924	0.0732	-0.1049	-0.2795	0.1671	0.0135	0.1193	0.0157	0.0057	0.1724	-0.0225	-0.0031	0.1643	0.0044	0.155	101.8533	29.8494	123.0366
5	3.649	-0.6626	1.0813	3.9517	0.0362	2.8307	0.0655	0.0801	-0.0769	0.0542	-0.012	-0.1031	-0.0518	-0.0066	-0.0113	0.0965	-0.0011	-0.0207	0.1463	-0.0109	0.1464	75.8443	3.3055	127.0697
6	3.9121	-0.2377	1.6035	3.5913	-0.0526	3.1302	0.1601	0.1289	-0.1101	-0.0526	-0.1041	-0.0482	0.2275	-0.0252	-0.0516	0.143	0.0129	0.0013	0.1865	-0.021	0.1842	73.3494	-1.4418	122.774
7	3.4593	-0.3043	-1.6788	3.6862	-0.1849	9.7232	-0.1973	-0.2335	-0.8454	0.2682	-0.1067	0.1861	1.0008	-0.0515	0.129	0.3342	-0.0102	-0.0081	0.2407	0.0101	0.4171	81.7172	-9.2678	130.6702
8	2.6337	-0.2622	-0.7226	1.944	0.9204	3.4889	0.005	-0.2735	-0.0135	0.1028	0.0526	-0.2029	-0.0642	0.2929	-0.0741	0.1125	0.0067	-0.0164	0.1891	-0.0043	0.2013	87.7379	7.3345	138.2391
9	0.2361	-1.0342	-0.4256	5.9198	3.9568	4.5894	0.1335	-1.1228	-0.2603	1.2761	-0.3603	0.1974	0.5825	-0.0785	0.1814	0.3698	-0.0364	-0.0114	0.5091	0.0403	0.2809	85.4029	4.1864	151.2978
10	1.6043	-2.0183	-2.1162	5.7102	5.7992	7.6499	-0.1197	-0.0832	-0.29	0.1955	-0.0045	0.0776	0.503	-0.0751	0.0431	0.1682	0.0253	0.0102	0.1812	0.002	0.2448	86.5946	-3.9714	136.8201
11	2.4491	-1.8649	-2.3271	3.2505	3.1855	4.0181	-0	-0.284	-0.0173	0.0985	0.0731	-0.199	0.0149	0.1419	0.0838	0.1498	0.0124	-0.0083	0.2214	-0.0041	0.1941	82.0016	6.5498	141.3136
12	3.4783	0.1002	-2.0504	2.5825	1.0695	2.4319	0.0291	0.2598	0.0355	-0.2312	-0.0323	-0.1053	-0.3149	-0.353	0.0498	0.1478	0.0178	-0.0112	0.1809	-0.022	0.1641	75.7634	11.6055	132.4221

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 84 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 119 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 120 through 133 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 134 through 195 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 20 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 48 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 49 through 65 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 66 through 119 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 120 through 133 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 134 through 149 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 150 through 166 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 167 through 194 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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