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- PDB-4qag: Structure of a dihydroxycoumarin active-site inhibitor in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qag
タイトルStructure of a dihydroxycoumarin active-site inhibitor in complex with the RNASE H domain of HIV-1 reverse transcriptase
要素Reverse transcriptase/ribonuclease H
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / RNASE H INHIBITOR / STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN / ACTIVE SITE / TRANSFERASE / DIHYDROXYCOUMARIN ANALOGS / DIHYDROXY-BENZOPYRONE DERIVATIVES / DIVALENT CATION CHELATOR / AIDS / REVERSE TRANSCRIPTASE / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(7,8-dihydroxy-2-oxo-2H-chromen-4-yl)acetic acid / : / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.712 Å
データ登録者Himmel, D.M. / Ho, W.C. / Arnold, E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of a Dihydroxycoumarin Active-Site Inhibitor in Complex with the RNase H Domain of HIV-1 Reverse Transcriptase and Structure-Activity Analysis of Inhibitor Analogs.
著者: Himmel, D.M. / Myshakina, N.S. / Ilina, T. / Van Ry, A. / Ho, W.C. / Parniak, M.A. / Arnold, E.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase with the Inhibitor beta-Thujaplicinol Bound at the RNase H Active Site
著者: Himmel, D.M. / Maegley, K.A. / Pauly, T.A. / Bauman, J.D. / Das, K. / Dharia, C. / Clark Jr., A.D. / Ryan, K. / Hickey, M.J. / Love, R.A. / Hughes, S.H. / Bergqvist, S. / Arnold, E.
#2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Synthesis, Activity, and Structural Analysis of Novel ALPHA-HYDROXYTROPOLONE INHIBITORS OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE-ASSOCIATED RIBONUCLEASE H
著者: Chung, S. / Himmel, D.M. / Jiang, J. / Wojtak, K. / Bauman, J.D. / Rausch, J.W. / Wilson, J.A. / Beutler, J.A. / Thomas, C.J. / Arnold, E. / Le Grice, S.F.J.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: HIGH-RESOLUTION STRUCTURES OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE/TMC278 COMPLEXES: STRATEGIC FLEXIBILITY EXPLAINS POTENCY AGAINST RESISTANCE MUTATIONS
著者: Das, K. / Bauman, J.D. / Clark Jr., A.D. / Frenkel, Y.V. / Lewi, P.J. / Shatkin, A.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#4: ジャーナル: ACS CHEM.BIOL. / 年: 2006
タイトル: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE STRUCTURE WITH RNASE H INHIBITOR DIHYDROXY BENZOYL NAPHTHYL HYDRAZONE BOUND AT A NOVEL SITE
著者: Himmel, D.M. / Sarafianos, S.G. / Dharmasena, S. / Hossain, M.M. / McCoy-Simandle, K. / Ilina, T. / Clark Jr., A.D. / Knight, J.L. / Julias, J.G. / Clark, P.K. / Krogh-Jespersen, K. / Levy, R. ...著者: Himmel, D.M. / Sarafianos, S.G. / Dharmasena, S. / Hossain, M.M. / McCoy-Simandle, K. / Ilina, T. / Clark Jr., A.D. / Knight, J.L. / Julias, J.G. / Clark, P.K. / Krogh-Jespersen, K. / Levy, R.M. / Hughes, S.H. / Parniak, M.A. / Arnold, E.
履歴
登録2014年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年6月4日ID: 4JE2
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22014年7月9日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H
B: Reverse transcriptase/ribonuclease H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1218
ポリマ－29,4292
非ポリマー6926
水3,171176
1
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0614
ポリマ－14,7151
非ポリマー3463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Reverse transcriptase/ribonuclease H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0614
ポリマ－14,7151
非ポリマー3463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.164, 51.164, 112.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT


分子量: 14714.667 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1024-1156 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / プラスミド: pLysS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-F95 / (7,8-dihydroxy-2-oxo-2H-chromen-4-yl)acetic acid


分子量: 236.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 100 mM Bicine pH 8.2, 10 mM Manganese Sulfate, 1 mM Sodium Azide, 9% PEG 3350, combined with equal volume of 10 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl, 20 mg/mL (1.34 mM) RNase H, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 100 mM Bicine pH 8.2, 10 mM Manganese Sulfate, 1 mM Sodium Azide, 9% PEG 3350, combined with equal volume of 10 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl, 20 mg/mL (1.34 mM) RNase H, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.8 % / 数: 272419 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1 / D res high: 1.71 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 34856 / % possible obs: 98.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.684010.0881.00417.5
2.923.6810.0821.00110.1
2.552.9210.0851.0048.4
2.322.5510.1011.0038
2.152.3210.1281.0017.6
2.032.1510.1631.0037.2
1.932.0310.2361.0056.1
1.841.9310.3115.3
1.771.8410.4250.9984.2
1.711.7710.4511.0052.9
反射解像度: 1.71→40 Å / Num. all: 35387 / Num. obs: 34856 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -0.4 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 34.341 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.71-1.772.90.4512.431741.00589.5
1.77-1.844.20.4253.134350.99897.6
1.84-1.935.30.314.83538199.3
1.93-2.036.40.2366.434881.00599.5
2.03-2.157.20.1639.335311.00399.7
2.15-2.327.60.12811.635531.00199.7
2.32-2.5580.10114.935431.00399.7
2.55-2.928.40.0851835091.00499.8
2.92-3.6810.10.08221.435471.001100
3.68-4017.50.08829.135381.00499.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 38.45 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å14.77 Å
Translation3.5 Å14.77 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.8_1066精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IG1

3ig1


解像度: 1.712→28.565 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.88 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1901 946 2.72 %RANDOM
Rwork0.1823 ---
all0.1826 34739 --
obs0.1826 34739 98.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 159.53 Å2 / Biso mean: 56.6933 Å2 / Biso min: 30.35 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.712→28.565 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2076 0 38 176 2290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9422930
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.122798
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.712-1.80220.44031220.37144420.044564456491
1.8022-1.91510.28471460.273148310.0244977497799
1.9151-2.06290.21331440.205549100.0185054505499
2.0629-2.27040.18221340.173148990.01650335033100
2.2704-2.59880.20321250.178448980.01850235023100
2.5988-3.27340.19071250.193649200.01750455045100
3.2734-28.56910.17031500.162948930.01450435043100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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