PDB-4qaa: X-RAY STRUCTURE OF ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN (ACHBP) IN COMPL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qaa

タイトル

X-RAY STRUCTURE OF ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN (ACHBP) IN COMPLEX WITH 6-(4-Methoxyphenyl)-N4-octylpyrimidine-2,4-diamine

要素

Acetylcholine-binding protein

キーワード

Acetylcholine-Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic cleft / response to nicotine / neuron projection / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Kaczanowska, K. / Harel, M. / Radic, Z. / Changeux, J.-P. / Finn, M.G. / Taylor, P.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for cooperative interactions of substituted 2-aminopyrimidines with the acetylcholine binding protein.
著者: Kaczanowska, K. / Harel, M. / Radic, Z. / Changeux, J.P. / Finn, M.G. / Taylor, P.

履歴

登録	2014年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月13日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qaa.cif.gz	417.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qaa.ent.gz	350.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qaa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qaa_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qaa_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	4qaa_validation.xml.gz	55.6 KB	表示
CIF形式データ	4qaa_validation.cif.gz	74.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qaa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qabC 4qacC 1uv6 1uw6 1ux2 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5j5g-1 5j5i-1 5j5g-2 5j5f-2 5j5f-1 5j5i-2 4zjt-2 4qab-1 4qac-2 5j5h-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

F: Acetylcholine-binding protein

G: Acetylcholine-binding protein

H: Acetylcholine-binding protein

I: Acetylcholine-binding protein

J: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

255 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Acetylcholine-binding protein

G: Acetylcholine-binding protein

H: Acetylcholine-binding protein

I: Acetylcholine-binding protein

J: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.414, 129.934, 122.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Acetylcholine-binding protein / ACh-binding protein / AchBP

分子量: 24746.338 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / プラスミド: pFLAG-CMV3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S-GNT1 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P58154

#2: 化合物

ChemComp-KK1 / 6-(4-methoxyphenyl)-N~4~-octylpyrimidine-2,4-diamine / N′-オクチル-6-(4-メトキシフェニル)ピリミジン-2,4-ジアミン

分子量: 328.452 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₈N₄O

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

分子量: 94.971 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.26 M ammonium phosphate monobasic, 35% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月7日
放射	モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→50 Å / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.153 / R_sym value: 0.153 / Net I/σ(I): 11.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→49.65 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	3486	5.06 %
R_work	0.193	-	-
obs	0.197	68911	99.8 %
all	-	68911	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16675	0	451	161	17287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	17515
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.216	23827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.822	6496
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	2672
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3041

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.737	0.3426	139	0.2438	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.737-2.7761	0.3398	147	0.2485	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7761-2.8175	0.3244	148	0.2433	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8175-2.8615	0.3034	134	0.2255	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8615-2.9084	0.3326	132	0.2284	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9084-2.9586	0.3262	129	0.2312	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9586-3.0124	0.3242	138	0.2178	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0124-3.0703	0.3112	135	0.2032	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0703-3.133	0.3041	132	0.2167	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.133-3.2011	0.3282	132	0.2159	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2011-3.2755	0.32	162	0.2138	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2755-3.3574	0.2734	135	0.2089	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3574-3.4482	0.3173	136	0.1993	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4482-3.5496	0.2654	129	0.1908	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5496-3.6642	0.2277	134	0.1815	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6642-3.7951	0.2688	151	0.1896	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7951-3.947	0.2442	131	0.1844	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.947-4.1265	0.301	146	0.1867	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1265-4.344	0.2421	157	0.1748	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
4.344-4.6159	0.2521	139	0.1723	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6159-4.972	0.2067	157	0.1616	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
4.972-5.4718	0.2344	136	0.1756	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4718-6.2623	0.2267	139	0.1835	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2623-7.8847	0.2434	142	0.1911	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8847-49.6604	0.2001	126	0.1971	2688	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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