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- PDB-5j5g: X-Ray Crystal Structure of Acetylcholine Binding Protein (AChBP) ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5j5g | ||||||
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Title | X-Ray Crystal Structure of Acetylcholine Binding Protein (AChBP) in Complex with 6-(4-methoxyphenyl)-N4,N4-bis[(pyridin-2-yl)methyl]pyrimidine-2,4-diamine | ||||||
![]() | Acetylcholine-binding protein | ||||||
![]() | ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic cleft / response to nicotine / neuron projection / synapse / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kaczanowska, K. / Harel, M. / Camacho Hernandez, A.G. / Taylor, P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Substituted 2-Aminopyrimidines Selective for alpha 7-Nicotinic Acetylcholine Receptor Activation and Association with Acetylcholine Binding Proteins. Authors: Kaczanowska, K. / Camacho Hernandez, G.A. / Bendiks, L. / Kohs, L. / Cornejo-Bravo, J.M. / Harel, M. / Finn, M.G. / Taylor, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 470.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 390.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 94.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 130.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5j5fC ![]() 5j5hC ![]() 5j5iC ![]() 4qacS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 24859.496 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Chemical | ChemComp-6GF / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 0.26 M ammonium phosphate monobasic, 35% v/v glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 15, 2015 / Details: 3 x 3 CCD array | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(220) Asymmetric cut single crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.04→50 Å / Num. obs: 154549 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 24.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 1.068 / Net I/av σ(I): 21.667 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 1146080 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4QAC Resolution: 2.036→49.54 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 90.28 Å2 / Biso mean: 27.7174 Å2 / Biso min: 9.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.036→49.54 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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