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- PDB-4q97: IgNAR antibody domain C1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q97
タイトルIgNAR antibody domain C1
要素Novel antigen receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / protein evolution / antibody structure / protein folding
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Novel antigen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Feige, J.M. / Graewert, M.A. / Marcinowski, M. / Hennig, J. / Behnke, J. / Auslaender, D. / Herold, E.M. / Peschek, J. / Castro, C.D. / Flajnik, M.F. ...Feige, J.M. / Graewert, M.A. / Marcinowski, M. / Hennig, J. / Behnke, J. / Auslaender, D. / Herold, E.M. / Peschek, J. / Castro, C.D. / Flajnik, M.F. / Hendershot, L.M. / Sattler, M. / Groll, M. / Buchner, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: The structural analysis of shark IgNAR antibodies reveals evolutionary principles of immunoglobulins.
著者: Feige, M.J. / Grawert, M.A. / Marcinowski, M. / Hennig, J. / Behnke, J. / Auslander, D. / Herold, E.M. / Peschek, J. / Castro, C.D. / Flajnik, M. / Hendershot, L.M. / Sattler, M. / Groll, M. / Buchner, J.
履歴
登録2014年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Novel antigen receptor
B: Novel antigen receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2052
ポリマ－24,2052
非ポリマー00
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.250, 41.250, 98.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 1000
2111B1 - 1000

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999995, 0.002885, -0.000963), (0.002886, -0.999995, 0.001453), (-0.000958, -0.001456, -0.999999)-0.22491, 142.86618, -32.58533

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要素

#1: タンパク質 Novel antigen receptor / IgNAR antibody


分子量: 12102.545 Da / 分子数: 2 / 断片: C1 domain (UNP residues 137-243) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: Q90544
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1 M tri-sodium citrate; 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年12月16日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 7313 / Num. obs: 7190 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IND

1ind


解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 29.129 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28389 360 5 %RANDOM
Rwork0.26538 ---
obs0.26634 6830 98.43 %-
all-7190 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.378 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20.79 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----2.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1662 0 0 41 1703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1811.9432316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6585214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09923.63666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.89415284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4281510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211264
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.40231702
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.006519
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.58751684
Refine LS restraints NCS数: 831 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 2.12 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 26 -
Rwork0.361 499 -
obs--98.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4580.44730.74830.50230.63933.0898-0.00060.0247-0.0775-0.03590.0917-0.10710.1123-0.0412-0.09110.0993-0.01840.00180.0675-0.02880.034516.775563.6846-13.4919
20.4564-0.4542-0.4210.60640.06691.20880.0303-0.05320.05320.01650.0636-0.0369-0.16760.0415-0.09390.0974-0.00460.01170.0736-0.00850.015116.755579.1984-19.224
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A134 - 241
2X-RAY DIFFRACTION2B134 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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