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万見
- PDB-2mkl: Solution structure of the fourth constant immunoglobulin domain o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mkl
タイトルSolution structure of the fourth constant immunoglobulin domain of nurse shark IgNAR
要素Novel antigen receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig domain / IgNAR
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Novel antigen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hennig, J. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: The structural analysis of shark IgNAR antibodies reveals evolutionary principles of immunoglobulins.
著者: Feige, M.J. / Grawert, M.A. / Marcinowski, M. / Hennig, J. / Behnke, J. / Auslander, D. / Herold, E.M. / Peschek, J. / Castro, C.D. / Flajnik, M. / Hendershot, L.M. / Sattler, M. / Groll, M. / Buchner, J.
履歴
登録2014年2月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Novel antigen receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8321
ポリマ－11,8321
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Novel antigen receptor


分子量: 11832.433 Da / 分子数: 1
断片: the fourth constant immunoglobulin domain (UNP residues 454-556)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q90544
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D HBHA(CO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY aliphatic
11213D 1H-13C NOESY aromatic
11322D 1H-13C HSQC aliphatic
11432D 1H-15N HSQC
11533D HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1300-500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 2 mM potassium phosphate, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2300-500 uM [U-10% 13C] protein, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 2 mM potassium phosphate, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
3300-500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 2 mM potassium phosphate, 0.02 % sodium azide, 10 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
uMentity-1[U-100% 13C; U-100% 15N]300-5001
137 mMsodium chloride-21
2.7 mMpotassium chloride-31
10 mMsodium phosphate-41
2 mMpotassium phosphate-51
0.02 %sodium azide-61
uMentity-7[U-10% 13C]300-5002
137 mMsodium chloride-82
2.7 mMpotassium chloride-92
10 mMsodium phosphate-102
2 mMpotassium phosphate-112
0.02 %sodium azide-122
uMentity-13[U-100% 13C; U-100% 15N]300-5003
137 mMsodium chloride-143
2.7 mMpotassium chloride-153
10 mMsodium phosphate-163
2 mMpotassium phosphate-173
0.02 %sodium azide-183
10 mg/mLPf1 phage-193
試料状態pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7502
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgeswater refinement
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1265 / NOE intraresidue total count: 756 / NOE long range total count: 429 / NOE medium range total count: 80
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.007 Å / Distance rms dev error: 0.002 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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