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- PDB-5nvk: Crystal structure of the human 4EHP-GIGYF1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nvk
タイトルCrystal structure of the human 4EHP-GIGYF1 complex
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
  • GRB10-interacting GYF protein 1
キーワードTRANSLATION / translational regulation / cap-binding protein / 4EHP-binding protein / GRB10-interacting GYF protein 1
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / translation factor activity, RNA binding / mRNA cap binding / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / RNA 7-methylguanosine cap binding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / rescue of stalled cytosolic ribosome ...RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / translation factor activity, RNA binding / mRNA cap binding / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / RNA 7-methylguanosine cap binding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / rescue of stalled cytosolic ribosome / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / translational initiation / P-body / ISG15 antiviral mechanism / negative regulation of translation / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / GYF domain / GYF-like domain superfamily / GYF domain / GYF domain profile. / Contains conserved Gly-Tyr-Phe residues / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. ...: / GYF domain / GYF-like domain superfamily / GYF domain / GYF domain profile. / Contains conserved Gly-Tyr-Phe residues / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2 / GRB10-interacting GYF protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Peter, D. / Valkov, E.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2017
タイトル: GIGYF1/2 proteins use auxiliary sequences to selectively bind to 4EHP and repress target mRNA expression.
著者: Peter, D. / Weber, R. / Sandmeir, F. / Wohlbold, L. / Helms, S. / Bawankar, P. / Valkov, E. / Igreja, C. / Izaurralde, E.
履歴
登録2017年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
B: GRB10-interacting GYF protein 1
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
D: GRB10-interacting GYF protein 1
E: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
F: GRB10-interacting GYF protein 1
G: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
H: GRB10-interacting GYF protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,8488
ポリマ－122,8488
非ポリマー00
水00
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
B: GRB10-interacting GYF protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7122
ポリマ－30,7122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
2
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
D: GRB10-interacting GYF protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7122
ポリマ－30,7122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
3
E: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
F: GRB10-interacting GYF protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7122
ポリマ－30,7122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12530 Å2
手法PISA
4
G: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
H: GRB10-interacting GYF protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7122
ポリマ－30,7122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.320, 135.320, 60.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

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要素

#1: タンパク質
Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2 / eIF4E type 2 / Eukaryotic translation initiation factor 4E homologous protein / Eukaryotic ...eIF4E type 2 / Eukaryotic translation initiation factor 4E homologous protein / Eukaryotic translation initiation factor 4E-like 3 / eIF4E-like protein 4E-LP / mRNA cap-binding protein 4EHP / h4EHP / mRNA cap-binding protein type 3


分子量: 21979.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the first residue of the coordinate sequence of chain G belongs to the expression tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E2, EIF4EL3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: O60573
#2: タンパク質
GRB10-interacting GYF protein 1 / PERQ amino acid-rich with GYF domain-containing protein 1


分子量: 8732.963 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GIGYF1, CDS2, PERQ1, PP3360 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: O75420

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350 0.2 M KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99981 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.843 Å / Num. obs: 24699 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 1782 / Rsym value: 0.647 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NVL

5nvl


解像度: 2.9→47.843 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.07
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2538 1218 4.93 %Random selection
Rwork0.2042 ---
obs0.2067 24694 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.843 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7833 0 0 0 7833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49410834
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4554839
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.01620.32061300.28872564X-RAY DIFFRACTION100
3.0162-3.15350.35211280.25982628X-RAY DIFFRACTION100
3.1535-3.31970.32821420.25782555X-RAY DIFFRACTION100
3.3197-3.52760.28861470.2382582X-RAY DIFFRACTION100
3.5276-3.79990.27121390.21522607X-RAY DIFFRACTION100
3.7999-4.18210.24521390.1962572X-RAY DIFFRACTION100
4.1821-4.78680.20281320.16732625X-RAY DIFFRACTION99
4.7868-6.02890.21541380.1752621X-RAY DIFFRACTION100
6.0289-47.84930.2231230.17892722X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2925-0.0402-0.0741.5824-0.06650.38050.03660.09950.0666-0.1059-0.01330.19340.0238-0.11340.00260.4310.026-0.01540.46770.0190.1218-10.992316.3599-38.3102
22.1754-0.8313-0.18351.801-0.33121.5434-0.1559-0.13380.08620.28260.11660.1999-0.0965-0.27110.02790.5145-0.04630.04510.3997-0.01860.1786-14.053424.4844-28.238
32.99980.0895-0.54352.33130.43292.98290.1877-0.06070.4891-0.04370.0364-0.3584-0.51570.13-0.14680.45490.00340.08810.3089-0.04580.31645.841748.6068-28.1842
42.7799-0.04210.50391.46460.6771.57070.21150.04980.25580.24860.0391-0.4911-0.0930.115-0.30350.5794-0.04910.01630.4683-0.00170.31717.761338.7647-35.1999
51.4576-0.112-0.1192.28940.03831.5892-0.144-0.35860.05840.48190.18590.3288-0.1073-0.30060.09970.51690.09620.03860.6521-0.08260.191619.42976.7465-1.2315
61.0252-0.13480.46730.40510.27680.9839-0.255-0.27160.33050.61890.0819-0.1172-0.22840.273-0.10170.66780.0605-0.07590.5816-0.10330.265630.375481.668-6.0963
72.7707-0.06250.29480.2239-0.04751.1649-0.10670.1509-0.2906-0.05650.1239-0.01920.15230.05260.00050.4384-0.00430.01850.3824-0.06640.182650.509357.9738-10.0165
82.2787-0.44140.22550.4524-0.05191.50260.0174-0.4758-0.50280.0976-0.05890.1580.2921-0.04290.06250.5198-0.03530.04620.52430.05140.232842.254955.25380.2461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 52 through 232)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 36 through 103)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 52 through 219)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 30 through 103)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 52 through 219)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 37 through 103)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 51 through 233)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 38 through 103)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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