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万見
- PDB-4q52: 2.60 Angstrom resolution crystal structure of a conserved unchara... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q52
タイトル2.60 Angstrom resolution crystal structure of a conserved uncharacterized protein from Chitinophaga pinensis DSM 2588
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / conserved uncharacterized protein
機能・相同性Inclusion body protein / Uncharacterised protein family PixA/AidA / PixA-like superfamily / Inclusion body protein / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / beta-D-glucopyranose / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Chitinophaga pinensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Minasov, G. / Jedrzejczak, R. / Shuvalova, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.60 Angstrom resolution crystal structure of a conserved uncharacterized protein from Chitinophaga pinensis DSM 2588
著者: Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Minasov, G. / Jedrzejczak, R. / Shuvalova, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2014年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0307
ポリマ－82,4894
非ポリマー5403
水4,125229
1
A: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6054
ポリマ－41,2452
非ポリマー3602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4253
ポリマ－41,2452
非ポリマー1801
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.712, 85.549, 88.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 23 - 197 / Label seq-ID: 10 - 184

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 20622.350 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-197 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chitinophaga pinensis (バクテリア)
株: DSM 2588 / 遺伝子: Cpin_5099 / プラスミド: pMCSG87 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic (SeMet) / 参照: UniProt: C7PQX8
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein: 7.8 mg/mL in 10 mM Tris/HCl, 500 mM NaCl, 5 mM BME crystallization: the PACT Suite (C11: 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % (w/v) PEG 6000) cryo: 25 % glucose, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: protein: 7.8 mg/mL in 10 mM Tris/HCl, 500 mM NaCl, 5 mM BME crystallization: the PACT Suite (C11: 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % (w/v) PEG 6000) cryo: 25 % glucose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月3日 / 詳細: Be lenses
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 22847 / Num. obs: 22847 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 44.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1110 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 9.709 / SU ML: 0.204 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21529 1167 5.1 %RANDOM
Rwork0.16869 ---
obs0.17114 21649 99.53 %-
all-21649 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.912 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å2-0 Å20.64 Å2
2---2.67 Å2-0 Å2
3---1.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5306 0 36 229 5571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.025480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025033
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.967502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.057311615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5395680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.11625.268224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.37715775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg33.075158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021228
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A93700.08
12B93700.08
21A96110.08
22C96110.08
31A88900.09
32D88900.09
41B94140.08
42C94140.08
51B90550.07
52D90550.07
61C91110.08
62D91110.08
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.672 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 80 -
Rwork0.216 1524 -
obs-1524 96.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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