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- PDB-2a3n: Crystal structure of a putative glucosamine-fructose-6-phosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a3n
タイトルCrystal structure of a putative glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase (stm4540.s) from salmonella typhimurium lt2 at 1.35 A resolution
要素putative glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / carbohydrate derivative binding / protein N-linked glycosylation / fructose 6-phosphate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Fructosamine deglycase FrlB / Fructosamine deglycase FrlB, SIS domain 1 / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase (16423107) from SALMONELLA TYPHIMURIUM LT2 at 1.35 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4002
ポリマ－41,3381
非ポリマー621
水8,611478
1
A: putative glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase
ヘテロ分子

A: putative glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8004
ポリマ－82,6762
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area23070 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)81.220, 102.610, 49.296
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-391-

HOH

21A-535-

HOH

31A-812-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 putative glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase


分子量: 41338.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: 16423107 / プラスミド: HK100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZJX7
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.4 %
結晶化温度: 273 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 8.2
詳細: 0.2M Na3Citrate, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 8.2, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 273K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97932, 0.97920
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979321
30.97921
反射解像度: 1.23→28.33 Å / Num. obs: 74674 / % possible obs: 76.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value% possible all
1.23-1.2620.3861.912540.38617.3
1.26-1.32.20.3421.519350.34227.6
1.3-1.332.40.272.726430.2738.5
1.33-1.382.60.2433.132720.24349.5
1.38-1.422.70.2183.440030.21862.3
1.42-1.472.90.1933.847310.19376.3
1.47-1.533.40.1724.255810.17292.8
1.53-1.593.70.1554.657790.155100
1.59-1.663.70.1325.455190.132100
1.66-1.743.70.125.653050.12100
1.74-1.833.80.1056.550550.105100
1.83-1.943.80.091747620.091100
1.94-2.083.80.0768.344950.076100
2.08-2.253.80.0649.841960.064100
2.25-2.463.80.0639.938410.063100
2.46-2.753.80.0629.934870.062100
2.75-3.183.80.05212.230620.052100
3.18-3.893.80.04613.326050.046100
3.89-5.53.80.04611.420340.046100
5.5-28.333.70.0548.611150.05499.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.23→28.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.175 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.041
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS THE NOMINAL RESOLUTION IS 1.35 A WITH 7019 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 1.35-1.23 (29.6% COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14 3724 5 %RANDOM
Rwork0.112 ---
all0.113 ---
obs0.113 70950 76.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.369 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å2-0.41 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→28.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2684 0 4 478 3166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.9474073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89536257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5075399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.00623.836146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.37515523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7191521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.22667
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.21455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21711
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3830.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.340.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.52531906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.443721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.06752916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.29381320
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.307111127
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.59936441
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.1933481
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.55235544
LS精密化 シェル解像度: 1.23→1.262 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 62 -
Rwork0.218 1192 -
obs--17.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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