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- PDB-2noj: Crystal structure of Ehp / C3d complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2noj
タイトルCrystal structure of Ehp / C3d complex
要素
  • Complement C3
  • Efb homologous protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / complement binding / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 ...C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / complement binding / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement receptor mediated signaling pathway / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / fatty acid metabolic process / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / secretory granule lumen / G alpha (i) signalling events / blood microparticle / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / inflammatory response / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Extracellular fibrinogen binding protein, C-terminal / Efb, C-terminal domain superfamily / Extracellular fibrinogen binding protein C terminal / Sbi, C3 binding domain IV / Sbi, C3 binding domain IV / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment ...Extracellular fibrinogen binding protein, C-terminal / Efb, C-terminal domain superfamily / Extracellular fibrinogen binding protein C terminal / Sbi, C3 binding domain IV / Sbi, C3 binding domain IV / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Glycosyltransferase - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Arc Repressor Mutant, subunit A / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibrinogen-binding protein / Complement C3 / Fibrinogen-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hammel, M. / Geisbrecht, B.V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Characterization of Ehp, a Secreted Complement Inhibitory Protein from Staphylococcus aureus.
著者: Hammel, M. / Sfyroera, G. / Pyrpassopoulos, S. / Ricklin, D. / Ramyar, K.X. / Pop, M. / Jin, Z. / Lambris, J.D. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2006年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C3
B: Efb homologous protein
C: Complement C3
D: Efb homologous protein
E: Complement C3
F: Efb homologous protein
G: Complement C3
H: Efb homologous protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,9608
ポリマ－170,9608
非ポリマー00
水1,27971
1
A: Complement C3
B: Efb homologous protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7402
ポリマ－42,7402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Complement C3
D: Efb homologous protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7402
ポリマ－42,7402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Complement C3
F: Efb homologous protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7402
ポリマ－42,7402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Complement C3
H: Efb homologous protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7402
ポリマ－42,7402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.894, 91.025, 122.595
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a tetramer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
Complement C3


分子量: 33143.879 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 996-1287 / 変異: C1010A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C3 / プラスミド: pT7- / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質
Efb homologous protein


分子量: 9596.170 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 30-109 / 変異: N63E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV1155 / プラスミド: pT7HMT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q99UV2, UniProt: A0A0H3JUX1*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.2
詳細: 0.2M LiSO4, 25% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl pH 8.2, additive: CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月16日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.699→50 Å / Num. obs: 33242 / % possible obs: 80.8 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.189

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GOX

2gox


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 31.446 / SU ML: 0.308 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.466 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1655 5 %RANDOM
Rwork0.291 ---
obs0.29 31582 80.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20 Å2-0.33 Å2
2---2.81 Å20 Å2
3---1.77 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4829 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9697 0 0 71 9768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0229882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.93213494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.11251322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.74724.457368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.184151363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4811533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2950.25707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3320.27138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2870.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.230.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.881.56676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.196210436
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29333206
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4814.53058
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 123 -
Rwork0.334 2087 -
obs--73.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3120.42570.17411.24840.32260.108-0.0341-0.01870.0789-0.0359-0.02370.09610.10070.03540.05780.0842-0.018-0.00870.09070.02440.114430.98052.49155.6254
20.71170.79521.00371.24790.45032.66970.0152-0.0551-0.0551-0.39570.1753-0.06810.05870.0296-0.19040.14070.006-0.01680.0026-0.01550.071233.6484-11.905145.6855
30.342-0.250.52450.2057-0.21182.0904-0.4651-0.2304-0.2177-0.8530.26720.0609-0.4312-0.03430.19790.3532-0.1206-0.08430.0137-0.0459-0.082927.9195-7.682633.7678
41.1486-0.71561.13460.4476-0.75382.3655-0.061-0.2637-0.1495-0.237-0.2670.3384-0.27180.34620.3280.2104-0.0849-0.22570.0197-0.02930.077520.61963.355939.0698
51.2935-1.44671.54991.618-1.73341.85710.39730.02370.7217-0.3507-0.1466-0.56060.0899-0.0451-0.25070.0702-0.04120.05110.0682-0.00070.16647.74119.076749.3375
61.5595-3.15140.2866.4867-0.16951.46160.21050.1072-0.0895-0.5746-0.0896-0.0678-0.2563-0.0139-0.1210.1133-0.0069-0.02630.01360.03990.145939.464316.447949.9148
70.5353-0.7163-0.78691.46921.24851.2316-0.2825-0.2378-0.1678-0.07390.33290.10990.12160.0011-0.05040.05460.01010.00850.0705-0.05890.130144.619115.707758.0551
80.9841-0.07660.61890.4696-0.19390.4351-0.025-0.10760.0276-0.1007-0.0927-0.05960.0211-0.07070.11760.07190.01330.01980.0702-0.02290.127636.797439.97095.7878
90.9660.35160.50051.1637-0.98161.56690.122-0.0238-0.1430.13830.01670.0711-0.00660.0128-0.13870.09570.0471-0.04730.05190.05820.108234.618325.135315.7439
100.71160.75210.24471.37890.96560.94-0.12870.0417-0.31030.60730.1727-0.1303-0.101-0.0637-0.0440.27670.0446-0.10130.13730.1918-0.115639.875629.439527.4675
110.02660.08590.29562.57121.60843.4758-0.20130.3693-0.43610.4109-0.3214-0.1564-0.6646-0.05110.52270.1358-0.0457-0.12940.10130.10350.053347.480240.869421.9919
127.78811.9714-12.5531.5046-16.657130.4393-0.8242-0.68390.5102-0.14140.27690.6456-0.59-0.58660.5473-0.03180.16740.18670.0246-0.04170.085116.154452.834614.0057
131.74631.7045-0.44261.82990.05351.531-0.0374-0.08220.11240.16550.03830.11310.0810.1198-0.00090.080.0093-0.03190.0315-0.03510.163226.016254.086110.7411
140.18250.3818-0.3590.799-0.75120.7062-0.6215-0.07710.154-0.31720.39330.05350.15130.06910.2282-0.0021-0.0280.0070.1205-0.03280.193624.652454.78822.2382
150.0333-0.12310.02391.42030.3580.2237-0.0326-0.011-0.0508-0.02790.03060.0888-0.0070.07080.00210.06490.0205-0.01190.07850.01590.1278-1.941-1.96576.565
162.62881.12760.11830.65770.55991.4946-0.0802-0.18680.40810.1897-0.03110.29570.1679-0.08890.11130.12060.0696-0.01560.0241-0.04480.1262-3.573211.698516.0308
170.4240.6295-0.51831.4462-0.0831.555-0.15370.15610.19880.96410.0250.26530.20020.15170.12870.30110.09070.16880.0938-0.0657-0.0677-8.79363.808626.6818
181.00431.3205-0.33942.4754-2.67576.8387-0.17390.16640.26970.3782-0.25080.21460.2031-0.14910.42470.17570.16080.10650.0605-0.05150.0077-12.2844-4.42216.307
193.02645.1794-0.381244.77446.26971.3823-1.3018-0.8552-0.28641.95521.9157-0.82041.41240.3448-0.6140.09750.1169-0.14670.0680.03850.107218.2319-15.786713.6471
201.24111.03680.93121.5679-0.70043.8129-0.1101-0.28630.0530.00520.07350.01760.12180.06290.03660.10590.04930.041-0.02410.02130.14437.7785-17.408310.8681
210.98092.11680.82624.56841.78310.6959-0.21510.40290.11310.03820.4150.19350.09580.1394-0.19990.05470.0188-0.0130.0627-0.00990.15859.8841-17.32062.4964
224.3309-3.89760.65794.2746-1.11160.45180.02410.1494-0.214-0.1548-0.09730.2262-0.38810.40240.0732-0.0140.0027-0.06610.1072-0.01270.174410.4111-40.271358.1189
231.056-0.3013-0.24120.5923-0.04380.0802-0.0849-0.0093-0.0536-0.0640.10240.10070.0208-0.0233-0.01750.0984-0.0015-0.00710.0404-0.0250.13961.9856-41.145254.679
240.8673-0.5099-0.71440.42110.43820.59120.06940.13390.2335-0.166-0.08-0.00750.0161-0.13060.01060.05880.0063-0.02690.12670.11390.110.2211-26.939141.5433
250.09660.3566-0.01041.6706-0.81651.7096-0.2167-0.49160.2571-0.65490.0395-0.08260.49190.1720.17720.2277-0.06180.15240.03570.08150.034613.8282-37.856337.5048
269.2563-16.953714.211331.052-26.029221.8188-0.5112-0.57440.0948-2.66962.7131-0.1251.9019-1.5448-2.2019-0.0237-0.1383-0.0708-0.0264-0.01390.2972-17.6989-53.575247.7128
272.4068-1.43691.20720.8837-0.97623.12930.0049-0.08560.3731-0.33110.4345-0.37530.5723-0.2349-0.43940.0928-0.02150.05350.0108-0.05780.1155-5.231-57.430250.1626
281.2712-2.20180.55983.8278-0.84071.4063-0.2884-0.04740.07660.06460.2124-0.2399-0.1396-0.13760.076-0.0052-0.02930.00930.09690.0160.1834-10.7463-53.132457.3727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1001 - 109711 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2AA1098 - 1156108 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3AA1157 - 1228167 - 238
4X-RAY DIFFRACTION4AA1229 - 1286239 - 296
5X-RAY DIFFRACTION5BB52 - 6723 - 38
6X-RAY DIFFRACTION6BB68 - 8439 - 55
7X-RAY DIFFRACTION7BB85 - 10956 - 80
8X-RAY DIFFRACTION8CC1001 - 109811 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9CC1099 - 1154109 - 164
10X-RAY DIFFRACTION10CC1155 - 1228165 - 238
11X-RAY DIFFRACTION11CC1229 - 1287239 - 297
12X-RAY DIFFRACTION12DD52 - 5923 - 30
13X-RAY DIFFRACTION13DD60 - 8731 - 58
14X-RAY DIFFRACTION14DD88 - 10959 - 80
15X-RAY DIFFRACTION15EE997 - 11117 - 121
16X-RAY DIFFRACTION16EE1112 - 1155122 - 165
17X-RAY DIFFRACTION17EE1156 - 1260166 - 270
18X-RAY DIFFRACTION18EE1261 - 1287271 - 297
19X-RAY DIFFRACTION19FF52 - 5923 - 30
20X-RAY DIFFRACTION20FF60 - 8631 - 57
21X-RAY DIFFRACTION21FF87 - 10958 - 80
22X-RAY DIFFRACTION22GG997 - 10197 - 29
23X-RAY DIFFRACTION23GG1020 - 109730 - 107
24X-RAY DIFFRACTION24GG1098 - 1193108 - 203
25X-RAY DIFFRACTION25GG1194 - 1286204 - 296
26X-RAY DIFFRACTION26HH52 - 6023 - 31
27X-RAY DIFFRACTION27HH61 - 8132 - 52
28X-RAY DIFFRACTION28HH82 - 10953 - 80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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