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- PDB-4pwy: Crystal structure of a Calmodulin-lysine N-methyltransferase fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pwy
タイトルCrystal structure of a Calmodulin-lysine N-methyltransferase fragment
要素Calmodulin-lysine N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / methyl transferase / Structural Genomics Consortium / SGC / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


calmodulin-lysine N-methyltransferase / calmodulin-lysine N-methyltransferase activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / protein methylation / Protein methylation / heat shock protein binding / mitochondrion organization / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Golgi apparatus / protein-containing complex ...calmodulin-lysine N-methyltransferase / calmodulin-lysine N-methyltransferase activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / protein methylation / Protein methylation / heat shock protein binding / mitochondrion organization / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Golgi apparatus / protein-containing complex / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Calmodulin-lysine N-methyltransferase / Calmodulin-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.60) family profile. / Lysine methyltransferase / Lysine methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Calmodulin-lysine N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tempel, W. / Hong, B.S. / Walker, J.R. / Li, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a Calmodulin-lysine N-methyltransferase fragment
著者: Tempel, W. / Hong, B.S. / Walker, J.R. / Li, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2014年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-lysine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,69124
ポリマ－30,0201
非ポリマー67123
水1,910106
1
A: Calmodulin-lysine N-methyltransferase
ヘテロ分子

A: Calmodulin-lysine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,38148
ポリマ－60,0402
非ポリマー1,34146
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5210 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.935, 80.935, 121.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-422-

MLI

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Calmodulin-lysine N-methyltransferase / CLNMT / CaM KMT


分子量: 30020.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMKMT, C2orf34, CLNMT / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) V2R-pRARE
参照: UniProt: Q7Z624, calmodulin-lysine N-methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 129分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 19 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7
詳細: 2.0 M malonate, pH 6.7, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 32722 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.474 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.9313.70.93916111.4791100
1.93-1.9713.80.7816051.4071100
1.97-2.0113.80.67115811.3831100
2.01-2.0513.80.56716111.441100
2.05-2.0913.80.52916111.5711100
2.09-2.1413.90.43816081.4441100
2.14-2.19140.38116001.4781100
2.19-2.2513.90.31916301.6191100
2.25-2.32140.28216081.5711100
2.32-2.39140.23616071.4871100
2.39-2.4814.10.23316151.5191100
2.48-2.5814.10.20916201.4941100
2.58-2.714.10.1716391.5631100
2.7-2.8414.10.13416311.5341100
2.84-3.0214.10.10316491.4821100
3.02-3.2514.10.07816421.4661100
3.25-3.5814.10.05616621.4711100
3.58-4.09140.04216751.5141100
4.09-5.1613.80.03116951.3381100
5.16-5012.70.0318221.217199.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FFAS03/SCWRL-modified models of PDB entries 4lec, 3bzb, 4lg1, 4mtl

4lec

3bzb

4lg1

4mtl


解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.1665 / WRfactor Rwork: 0.1432 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.876 / SU B: 2.156 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1004 / SU Rfree: 0.1008 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Arp/Warp was used for map improvement and automated model building. COOT was used for interactive model building. Model geometry was evaluated with MOLPROBITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1914 1573 4.8 %RANDOM
Rwork0.1599 ---
obs0.1614 32627 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.03 Å2 / Biso mean: 22.9872 Å2 / Biso min: 12.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1979 0 64 106 2149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192246
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.9633068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82234874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0665293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.52123.932117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.41215394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0271518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5552.241055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5562.241054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6453.3251325
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 116 -
Rwork0.227 2238 -
all-2354 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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